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Pays-de-la-Loire. Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement

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Résumé

L'objectif de cette publication est de décrire la démarche scientifique permettant de définir des zones à enjeu pour la conservation de la biodiversité, sur la base du calcul d'un indicateur SCAP et de l'expertise régionale du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN).<br /><br />En s'appuyant sur ce travail , un atlas des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire a été réalisé et mis en ligne en septembre 2014 sur le site de la DREAL des Pays de la Loire.

Editeur

DREAL Pays de la Loire

Descripteur Urbamet

milieu naturel ;biodiversité ;espace naturel ;indicateur ;méthode ;protection de la nature ;cartographie

Descripteur écoplanete

conservation in situ ;conservation de la nature ;exploitation de données ;recueil de données ;traitement de données

Thème

Environnement - Nature ;Nature

Texte intégral

Juillet 2015 Stratégie de création d'aires protégées Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Service ressources naturelles et paysages Service connaissance des territoires et évaluation n° 51 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Table des matières 1 Introduction.......................................................................................................................................4 2 Objectif..............................................................................................................................................6 3 Critères...............................................................................................................................................6 4 Détermination de la liste régionale des espèces SCAP......................................................................6 5 Consolidation et bancarisation des données....................................................................................7 5.1 Collecte des données......................................................................................................................7 5.2 Livrables attendus...........................................................................................................................8 5.2.1 Tronc commun des données attributaires...................................................................................8 5.3 Consolidation des données............................................................................................................8 5.3.1 Sélection des données à consolider............................................................................................8 5.3.1.1 Lots de données consolidés au format fichier..........................................................................8 5.3.1.2 Données non consolidées au format fichier...........................................................................10 5.3.2 Agrégation des données par type de géométrie.......................................................................10 5.4 Création d'une base de données régionale dans le Système de gestion de base de données....10 5.4.1 Méthodologie............................................................................................................................10 5.4.2 Alimentation..............................................................................................................................11 5.4.3 Consolidation spécifique pour les données oiseaux.................................................................11 6 Traitements intermédiaires préalables au calcul de l'indicateur.....................................................12 6.1 Traitements...................................................................................................................................12 6.1.1 Objectif......................................................................................................................................12 6.1.2 Requête......................................................................................................................................13 6.1.3 Résultat......................................................................................................................................14 6.1.4 Calculs de distribution à effectuer.............................................................................................14 6.1.4.1 Recensement des espèces par maille.....................................................................................14 6.1.4.2 Cas particuliers.......................................................................................................................15 6.1.4.3 Nombre de mailles vides........................................................................................................15 6.1.4.4 Priorité des espèces par mailles-espèces...............................................................................15 7 Calcul de l'indicateur SCAP..............................................................................................................15 7.1 Composition de l'indicateur.........................................................................................................16 7.2 Calculer le nombre d'espèces à faible occurrence dans chaque maille.......................................16 7.2.1 Quelles sont les espèces à faible occurrence ?.........................................................................16 7.2.1.1 Sélection des espèces avec une occurrence inférieure à 100................................................16 7.2.1.2 Suppression des doublons......................................................................................................16 7.2.1.3 Création de la liste des espèces à faible occurrence..............................................................17 7.2.1.4 Résultat...................................................................................................................................17 7.2.2 Calculer le nombre d'espèces à faible occurrence pour chaque maille....................................17 7.2.2.1 Création d'une vue avec les espèces à faible occurrence......................................................17 7.2.2.2 Calcul du nombre d'occurrence d'espèce de faible occurrence par maille...........................17 7.2.2.3 Résultat et interprétation.......................................................................................................18 7.3 Calculer le nombre d'espèces présentes dans chaque maille.....................................................18 7.4 Calculer le nombre d'espèces de priorité 1 présentes dans chaque maille.................................18 7.5 Calculer un indice de synthèse.....................................................................................................19 7.5.1 Création des tables intermédiaires............................................................................................19 7.5.1.1 Création d'une table grille-espèces de faible occurrence......................................................19 7.5.1.2 Création d'une table grille-espèces SCAP...............................................................................19 7.5.1.3 Création d'une table grille-espèces SCAP de priorité 1..........................................................19 7.5.1.4 Agrégation des trois tables précédentes................................................................................19 2 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 7.5.2 Calcul de l'indicateur dans la table............................................................................................20 7.5.2.1 Méthode 1 : avec PostGIS.......................................................................................................20 7.5.2.2 Méthode 2 : avec GéoKettle...................................................................................................20 7.5.2.3 Résultat...................................................................................................................................21 8 Production de la carte des secteurs SCAP retenus..........................................................................22 8.1 Sélection automatique de mailles................................................................................................22 8.2 Sélection de mailles à dire d'expert.............................................................................................23 8.3 Création des secteurs retenus......................................................................................................24 8.3.1 Agrégation des mailles retenues...............................................................................................24 8.3.2 Définition d'un tampon.............................................................................................................25 8.4 Résultat final.................................................................................................................................26 9 Remerciements................................................................................................................................28 10 Annexes..........................................................................................................................................29 10.1 Annexe 1 : Liste des espèces SCAP en Pays de la Loire..............................................................29 10.2 Annexe 2 : Transformation GeoKettle pour agréger les données ponctuelles...........................31 10.3 Annexe 3 : Dictionnaire des données - tables de la base...........................................................32 10.4 Annexe 4 : Dictionnaire des données - vues de la base.............................................................34 10.5 Annexe 5 : Tableau du nombre d'occurrence des espèces par mailles-espèces........................35 10.6 Annexe 6 : Liste des espèces de faible occurrence.....................................................................38 Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 3 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 1 Introduction Le constat est alarmant : la perte de biodiversité se poursuit en dépit des mesures déjà prises et ce déclin rapide compromet gravement la possibilité d'un développement durable de l'humanité. Associés aux impacts du changement climatique, ces effets pourraient nous priver complètement des services que nous offrent les espèces vivantes et les écosystèmes. La SCAP (stratégie nationale de création d'aires protégées), chantier prioritaire du Grenelle de l'environnement, est une des réponses à cette préoccupation. Cette stratégie vise à améliorer la qualité du réseau d'aires protégées et permet d'éclairer les projets de création d'aires protégées régionaux de manière à répondre aux enjeux nationaux en matière de protection de la biodiversité. L'objectif est ainsi de dynamiser le développement du réseau des aires protégées en plaçant, d'ici 2019, 2 % au moins du territoire terrestre métropolitain sous protection forte (coeur de parc national, arrêté de protection de biotope ou de géotope, réserve naturelle nationale et régionale, réserve biologique). La SCAP s'intéresse également aux autres outils de protection qui doivent être intégrés à la réflexion. Le travail de priorités nationales établies pour la création de nouvelles aires doit être décliné à l'échelle régionale. Il est donc demandé à chaque région, sur la base d'une liste régionale, de définir de nouveaux projets d'aires protégées en choisissant l'outil de protection adapté. La circulaire du 13 août 2010 indique la méthode de déclinaison au travers d'une liste régionale d'espèces, d'habitats et de sites d'intérêt géologique comme base de travail pour la création d'aires protégées. Le travail national a souffert d'un manque de connaissance. Il s'agit donc de pouvoir utiliser des sources régionales pour affiner le diagnostic et définir des territoires potentiels avant d'entamer une concertation au niveau des territoires. Suite à une étude menée par les services de la DREAL avec l'aide du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN), les services de l'Etat ont construit un atlas régional des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité. A partir d'une liste « scientifiquement fondée » des enjeux régionaux (espèces), cet atlas met en évidence des territoires prioritaires. Une première version de cet atlas a été présentée à l'ensemble des partenaires régionaux le 26 septembre 2015 et a été mise en ligne sur le site internet de la DREAL à l'adresse suivante : http://www.donnees.pays-de-la-loire.developpement-durable.gouv.fr/. Dans un premier temps, il est indispensable de faire un inventaire des données espèces et habitats naturels disponibles aux niveaux régional ou infra-régional. Les données de répartition des espèces appartenant à la liste régionale SCAP sont souvent éclatées entre différents acteurs de connaissance du patrimoine naturel. L'agrégation de l'ensemble de ces informations (en tenant compte des limites liées aux méthodes de collecte, d'enregistrement de l'information, de l'historique) doit être la base de travail pour définir des territoires susceptibles de justifier la création de nouvelles aires protégées. Il faut donc réaliser un état des lieux des données disponibles auprès de différents partenaires, créer une base de données SCAP (cf. 3 Bancarisation et consolidation des données) pour ensuite analyser les données et réaliser des exploitations spatiales (cf. 4 Calcul de l'indicateur SCAP). 4 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement http://www.donnees.pays-de-la-loire.developpement-durable.gouv.fr/ Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Figure 1 : Espaces Naturels Protégés (ENP) et sites classés et inscrits existants en Pays de la Loire Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, juin 2015. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 5 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 2 Objectif L'objectif de cette publication est de décrire la démarche scientifique permettant de définir des zones à enjeu pour la conservation de la biodiversité, sur la base du calcul d'un indicateur SCAP et de l'expertise régionale du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN). C'est en s'appuyant sur ce travail qu'a été créé l'atlas des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire. 3 Critères Le critère retenu est la présence ou non, dans chaque territoire à enjeu pour la conservation de la biodiversité, d'espèces appartenant à la liste régionale SCAP. Compte tenu du niveau de connaissance faible des habitats naturels à l'échelle de la région (en dehors de certains sites et notamment ceux du réseau Natura 2000), le CSRPN a proposé de travailler dans un second temps sur le critère « présence ou non d'habitats naturels » dans les territoires identifiés au titre de la SCAP (part des habitats de la liste régionale SCAP présents ou potentiels sur les zones retenues). Les données d'habitats n'ont donc pas été utilisées dans le cadre de ce travail. La méthodologie retenue s'appuie donc sur le principe d'une carte maillée de répartition régionale des espèces appartenant à la liste régionale SCAP (données géoréférencées de précision infra-communale). 4 Détermination de la liste régionale des espèces SCAP Les espèces faisant partie de la liste régionale SCAP ont été sélectionnées sur la base de deux critères : ? menacées ou pour lesquelles la responsabilité patrimoniale de la France est forte en terme de protection, ? et pour lesquelles un outil spatial de protection est pertinent. La responsabilité patrimoniale biogéographique ou régionale particulière n'a pas été prise en compte dans l'élaboration de cette liste. Ces espèces ont été classées selon trois niveaux de priorité : ? Priorité 1 : espèces pour lesquelles l'expertise a mis en avant les insuffisances du réseau national actuel qui sont à pallier par la création d'aires protégées répondant à « l'objectif 2% » du territoire sous protection forte (coeur de parc national, arrêté de protection de biotope ou de géotope, réserve naturelle nationale et régionale, réserve biologique). ? Priorité 2 : espèces dont l'expertise a relevé la présence dans le réseau existant d'aires protégées mais pour lesquelles l'effort est à poursuivre en termes de création d'espaces protégés qu'ils soient de nature réglementaire, foncière ou contractuelle pour améliorer l'efficacité du réseau national. ? Priorité 3 : espèces pour lesquelles la couverture du réseau national d'aires protégées a été jugée satisfaisante et pour lesquelles il n'a pas été identifié, à l'échelle nationale, de lacunes spécifiques. La liste des espèces retenue en Pays de la Loire est présentée dans l'annexe 1. 6 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire État du réseau national Pas ou très peu d'aires protégées Présence significative d'aires protégées Insuffisance qualitative du réseau national Suffisance qualitative du réseau Niveau de priorité Priorité 1 Priorité 2 Priorité 3 Figure 2 : Typologie synthétique des priorités retenues Les priorités de création présentées dans cette annexe sont issues d'expertises conduites : ? dans un premier temps, à l'échelle nationale, sous la coordination scientifique du Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), ? dans un deuxième temps, à l'échelle régionale, sous la coordination du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturelle (CSRPN). 5 Consolidation et bancarisation des données Figure 3 : Synoptique de la collecte à la consolidation des données 5.1 Collecte des données Dans l'attente de la mise en place du Système d'Information sur la Nature et le Paysage (SINP), la DREAL Pays de la Loire s'est appuyée sur une base de données spatiales concernant les espèces de la liste régionale SCAP. En effet, la DREAL, au travers des politiques de connaissance et de protection des espèces et milieux naturels, a un patrimoine de données conséquent (ZNIEFF, Natura 2000, RNN...). Cependant les partenaires de la DREAL possèdent également des données intéressantes en particulier pour certaines espèces SCAP non visées par les précédentes politiques de protection. Ainsi, la DREAL a sollicité plusieurs partenaires susceptibles de disposer de données relatives aux espèces de la liste régionale SCAP qu'ils pourraient mettre à disposition pour enrichir la base de données actuelle. Il a été demandé en particulier des données cataloguées sous GÉOPAL concernant la localisation à l'échelle de l'unité d'observation infra-communale (données ponctuelles) ou, à défaut, à l'échelle communale. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 7 Collecte des données Consolidation des données: Sélection des données à consolider Modification des attributs Agrégation des données par type de géométrie Création d'une base de données régionale dans le Système de gestion de base de données (SGBD) OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 5.2 Livrables attendus Il s'agit ici de créer une base la plus exhaustive possible en fonction de l'état de la connaissance en région Pays de la Loire et de l'adhésion des partenaires à la démarche. Par convention, les espèces seront intégrées dans les mêmes lots de données, lorsqu'il existe les champs descriptifs permettant de différencier les données (en dehors de la géométrie des objets). L'identification des taxons s'appuie sur l'utilisation du référentiel TAXREF de l'INPN : http://inpn.mnhn.fr/programme/referentiel-taxonomique-taxref . La saisie de cet identifiant est donc obligatoire. 5.2.1 Tronc commun des données attributaires Le tronc commun de données attributaires présenté dans le tableau ci-dessous était demandé aux partenaires lorsque cela n'engageait pas de travaux de consolidation trop chronophages : Nom du champ Définition Type natura_id Identifiant du site Natura 2000 concerné Caractère (9) taxref_id Code TAXREF de l'espèce Caractère (6) nom_latin Nom latin de l'espèce Caractère (50) observateur Nom de l'observateur Caractère (60) organisme Organisme de l'observateur Caractère (65) date Date de l'observation Date nature Nature de l'observation Caractère (65) Figure 4 : Tableau des données attributaires des livrables géomatiques 5.3 Consolidation des données 5.3.1 Sélection des données à consolider L'objectif est ici de lister l'ensemble des lots de données consolidés ainsi que les opérations de consolidations complémentaires éventuellement effectuées. Les lots de données source non modifiés ont été stockés dans un répertoire T:geomatiquePROJETSSRNP_SCAPDONNEES_SCAP_SOURCES avec un sous-répertoire par producteur. Une version consolidée de ces lots a été produite, lorsque c'était possible, et stockée dans le répertoire T:geomatiquePROJETSSRNP_SCAPDONNEES_SCAP_CONSOLIDEES toujours avec un sous-répertoire par producteur. Les opérations de consolidation suivantes ont été effectuées : ? vérification de la qualité des géométries avec correction des erreurs ou suppression des objets non localisables avec certitude, ? intégration du tronc commun de données attributaires (cf. tableau ci-dessus) si nécessaire. 5.3.1.1 Lots de données consolidés au format fichier Conservatoire Botanique National de Brest (CBNB) : Les lots de données transmis constituent une extraction de la base Calluna, système d'information sur la flore vasculaire. L'identifiant TAXREF a été ajouté pour certaines espèces à partir de TAXREF v8 (requête sur le nom scientifique de l'espèce). 8 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement http://inpn.mnhn.fr/programme/referentiel-taxonomique-taxref Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP) : Les lots de données proviennent d'une extraction du SIG du CBNBP et de la Base de données bryophytes de Gérard Hunault. Les identifiants TAXREF ont été ajoutés dans la table d'objets ponctuels. GIP Loire-Estuaire : Il s'agit de données d'inventaire Natura 2000 consolidées. Groupe d'étude des invertébrés armoricains (GRETIA) : Les points sans aucune donnée attributaire ont été supprimés. Coordination Régionale LPO (Ligue pour la Protection des Oiseaux) Pays de la Loire : On utilise une table R_ESPECES_SCAP_FAUNE_LPO_R52.TAB qui contient les données suivantes : ? amphibiens, ? reptiles, ? mammifères, ? oiseaux. Pour le calcul de l'indicateur SCAP 2015, la distinction Passage/Nidification pour les données sur les oiseaux s'effectue grâce au champ « type_donnees » présent dans les données sources : ? Passage = 5 ? Nidification = 4 Il est nécessaire de refaire le travail de consolidation pour ces données afin de pouvoir effectuer cette distinction dans le calcul de l'indicateur. En dehors de ce dernier point, le travail de consolidation a été effectué sur la couche LPO. Natura 2000 : On utilise ici les données des différents inventaires réalisés sur les périmètres des sites Natura 2000 ou sur des périmètres d'études les englobant. Suite à l'inventaire des cartographies réalisées et de leur qualité, il en ressort que : ? les données sont extrêmement hétérogènes quant aux formats et aux projections utilisés, aux méthodologies utilisées pour les constituer, à leur degré de précision, ? les métadonnées sont quasi-systématiquement absentes. On pose comme principe de base que les observations d'espèces seront intégrées dans des tables par classe ou par ordre (selon le degré de description de l'espèce) ainsi que par type de géométrie (ponctuel, linéaire, surfacique). De plus (prioritairement pour les espèces migratrices), les données devront comporter le statut de l'observation en relation avec le cycle biologique de l'espèce (reproducteur, jeune, hivernage, site de reproduction...). Parc Naturel Régional (PNR) de Brière : La plupart des données ont été consolidées et sont exploitables dans le Système de gestion de base de données (SGBD). Les données sont différentes de celles issues de Natura 2000 sauf pour Cerambyx cerdo et Osmoderma eremita qui n'ont pas été conservées. Parc Naturel Régional (PNR) Loire-Anjou-Touraine : Les données ont été consolidées pour ne garder que les petits polygones "fins" qui correspondent à la réalité du terrain. En revanche, les polygones des zones d'étude ont été écartés car trop imprécis. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 9 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Observatoire du Marais Poitevin (OMP) : Le lot de données a été retravaillé afin de différencier les statuts « nidification » et « passage » pour les oiseaux. Les données ont également été consolidées pour qu'elles soient homogènes en termes de tri (données en relation avec le statut de l'espèce) avec celles de la LPO. Lors d'une prochaine collecte de données, il faudra s'assurer que le type d'observation (nidification, passage) soit précisé pour les oiseaux. Enfin, les observations de la LPO ont été retirées afin d'éviter les doublons. Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS) : Il s'agit des périmètres des réserves de chasse et de faune sauvage, inexploitables dans ce contexte. Toutefois, les données Loutre et Castor auraient pu être récupérées via CARMEN. Dans ce cas, il aurait fallu sélectionner les items « Présence probable » et « Présence certaine » (« Présence certaine » seule si l'espèce est sur-représentée) pour l'intégration dans le calcul de l'indicateur. 5.3.1.2 Données non consolidées au format fichier Fédération de pêche de Loire-Atlantique : Seules les données réelles hors protocole et sous protocole ont été utilisées et consolidées avec PostGIS. Les données issues des fronts de colonisation n'ont pas été conservées car cela aurait occasionné une sur-représentation des poissons. Natura 2000 Vallée du Loir : Ce lot de données a été consolidé ultérieurement dans les tables Natura 2000 avec PostGIS. 5.3.2 Agrégation des données par type de géométrie Si la méthodologie employée pour créer les données et leur qualité (saisie des attributs) le permet, les jeux de données des différents producteurs, consolidés, seront agrégés dans des couches régionales par type de géométrie dans la base PostGIS. On ne conservera que les taxons de la liste régionale des espèces SCAP. 5.4 Création d'une base de données régionale dans le Système de gestion de base de données 5.4.1 Méthodologie Le calcul de l'indicateur SCAP 2013 a été réalisé en utilisant les logiciels MapInfo et MS Access. Pour le calcul de l'indicateur SCAP 2015, les outils suivants ont été utilisés : ? le SIG bureautique QGIS : pour la visualisation des lots de données et tests, ? l'ETL (Extract, Transform, Load) GeoKettle : pour la consolidation, l'agrégation des lots de données et l'alimentation de PostGIS, ? le Système de gestion de base de données (SGBD) PostGreSQL/PostGIS : pour le stockage des lots de données et les traitements. La base de données contient les éléments suivants : ? dans les tables : ? les lots de données consolidées ou non décrites précédemment, 10 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire ? la liste régionale des espèces SCAP (cf.annexe 1), ? le référentiel TAXREF v8 téléchargé via http://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/referentielTaxo et injecté dans PostGreSQL (base « projets », table « scap ») en utilisant GeoKettle (fichier TXT, délimitateur TAB avec double quote). ? dans les vues : les traitements intermédiaires du calcul de l'indicateur. Il existe deux cas particuliers : ? pour les oiseaux : deux statuts sont utilisés (« nidification » et « passage »), ? pour les odonates : l'ensemble des données a été pris en compte car il n'y a pas suffisamment de connaissance pour distinguer les différents statuts et ainsi juger de l'autochtonie locale. 5.4.2 Alimentation Une grille régionale composée de mailles hexagonales de 1500 mètres de côté a été créée en utilisant QGIS (cf. http://anitagraser.com/2012/03/04/mapping-density-with-hexagonal-grids/). On effectue un comptage intermédiaire du nombre de mailles hexagonales dans la grille régionale : 22882 mailles sont recensées. Les lots de données par producteur et par géométrie sont chargés sous forme de tables avec GeoKettle. Les lots par géométrie ont été consolidés sous forme de tables avec GeoKettle (cf. Annexe 2 : transformation GeoKettle pour agréger les données ponctuelles) : ? r_taxons_scap_l_r52 ? r_taxons_scap_p_r52 ? r_taxons_scap_s_r52 Les éventuelles erreurs de géométrie pour les données surfaciques sont ensuite corrigées avec la création d'un tampon de 0 mètres sur les objets en utilisant la requête suivante sous PostGIS : CREATE TABLE scap.r_taxons_scap_s_buffer_r52 AS SELECT natura_id, taxref_id, nom_latin, nom_vernaculaire, observateur, organisme, date, nature, type, ST_Buffer(r_taxons_scap_s_r52.the_geom,0) AS the_geom FROM scap.r_taxons_scap_s_r52; L'ancienne table est archivée et la nouvelle renommée en scap.r_taxons_scap_s_r52. On effectue des comptages intermédiaires afin de vérifier la cohérence des traitements : ? nombre d'objets ponctuels identifiant des taxons SCAP : 34782 ? nombre d'objets linéaires identifiant des taxons SCAP : 70 ? nombre d'objets surfaciques identifiant des taxons SCAP : 1055 5.4.3 Consolidation spécifique pour les données oiseaux Les observations provenant de la LPO disposent d'un champ « type » permettant de différencier « nidification » (4) et « passage » (5). Afin d'obtenir ultérieurement un traitement homogène, il est nécessaire de consolider les données oiseaux transmises par d'autres organismes (données Natura 2000 principalement). Faute de connaissance du statut, on appliquera par défaut la valeur de « passage » (5) à ces observations. Les valeurs du champ « type » ont été mises à jour dans la table des taxons avec une sélection des oiseaux via une plage d'identifiant TAXREF. Dans la plage sélectionnée une espèce d'araignée (identifiée via la liste régionale) est présente : on l'exclut donc du traitement. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 11 http://anitagraser.com/2012/03/04/mapping-density-with-hexagonal-grids/ http://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/referentielTaxo OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Exemple de requête avec les observations ponctuelles : UPDATE scap.r_taxons_scap_p_r52 SET type=5 WHERE type IS NULL AND taxref_id BETWEEN 1957 AND 4222 AND taxref_id <> 2108; 6 Traitements intermédiaires préalables au calcul de l'indicateur 6.1 Traitements Tous les traitements sont effectués dans des vues dans la base de données PostGIS. Celles-ci sont numérotées en r_xx afin de faciliter l'enchaînement des requêtes. 6.1.1 Objectif On croise les données d'espèces ponctuelles, linéaires et surfaciques validées avec la couche maillée à l'échelle régionale dans le SGBD PostGIS : la présence d'un taxon dans une maille est l'information recherchée d'où la nécessité de supprimer les doublons. Les mailles vides ne sont pas conservées dans cette requête. 12 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Figure 5 : Schéma présentant l'opération d'intersection taxons/mailles 6.1.2 Requête On effectue ici une intersection des lots de données observations consolidées par type de géométrie avec les mailles de la grille dans une vue unique r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 AS (SELECT DISTINCT grid.id_maille, taxons_p.taxref_id FROM scap.r_grille_hexagonale_1500m_r52 grid, scap.r_taxons_scap_p_r52 taxons_p WHERE st_intersects(grid.the_geom, taxons_p.the_geom) UNION SELECT DISTINCT grid.id_maille, taxons_l.taxref_id FROM scap.r_grille_hexagonale_1500m_r52 grid, scap.r_taxons_scap_l_r52 taxons_l WHERE st_intersects(grid.the_geom, taxons_l.the_geom)) UNION SELECT DISTINCT grid.id_maille, taxons_s.taxref_id FROM scap.r_grille_hexagonale_1500m_r52 grid, scap.r_taxons_scap_s_r52 taxons_s Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 13 Attribution d'un identifiant unique à chaque maille: Croisement avec chaque couche d'information pertinente pour obtenir un fichier de ce type: Consolidation des taxons avec un identifiant TAXREF: OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 WHERE st_intersects(grid.the_geom, taxons_s.the_geom); Puis un comptage intermédiaire du nombre total de couples maille/espèce sans doublons : 11775 couples maille/espèce sont recensés. 6.1.3 Résultat La table r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52 est produite avec la structure attributaire suivante : Identifiant de la maille id_maille Identifiant TAXREF de l'espèce taxref_id Type de données type Figure 6 : Structure de la table résultant de l'intersection taxons/mailles Les intersections mailles-espèces donnent les résultats suivants : ? objets linéaires : 110, ? objets linéaires distincts : 79, ? objets ponctuels : 35116, ? objets ponctuels distincts : 10572, ? objets surfaciques : 2090, ? objets surfaciques distincts : 935. Une vérification complémentaire pourrait être effectuée en calculant le nombre de taxons par producteur. 6.1.4 Calculs de distribution à effectuer 6.1.4.1 Recensement des espèces par maille Le nombre d'occurences d'espèce par maille est calculée dans une vue r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52 AS SELECT r_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id, count(r_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id) AS nb_occurrence, r_grid_taxons_scap_distincts_r52.type FROM scap.r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 r_grid_taxons_scap_distincts_r52 GROUP BY r_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id, r_grid_taxons_scap_distincts_r52.type ORDER BY r_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id, r_grid_taxons_scap_distincts_r52.type; On effectue une jointure avec la liste régionale pour obtenir le tableau de comptage intermédiaire r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52 AS SELECT liste_regionale_scap_sp.flore_invertebres_vertebres, liste_regionale_scap_sp.groupe, liste_regionale_scap_sp.id_taxref, liste_regionale_scap_sp.nom_scientifique, liste_regionale_scap_sp.nom_vernaculaire, liste_regionale_scap_sp.priorite, r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52.taxref_id, r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52.nb_occurrence, r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52.type FROM scap.liste_regionale_scap_sp LEFT JOIN scap.r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52 ON liste_regionale_scap_sp.id_taxref = r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52.taxref_id ORDER BY liste_regionale_scap_sp.flore_invertebres_vertebres, liste_regionale_scap_sp.groupe; Cela permet de vérifier la cohérence avec le calcul précédent de l'indicateur. 14 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 6.1.4.2 Cas particuliers Concernant les oiseaux, dans la plupart des cas, les observations de passage sont supérieures en nombre (voire largement supérieures) aux observations de nidification. L'inverse peut toutefois se produire notamment pour le taxon suivant : Oedicnème criard (Burhinus oedicnemus). 6.1.4.3 Nombre de mailles vides Le calcul effectué est le suivant : nombre de mailles hexagonales dans la grille régionale - nombre de lignes dans la vue r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 soit 22882 ? 11775 = 11107 6.1.4.4 Priorité des espèces par mailles-espèces Pour obtenir cette information complémentaire, il faut au préalable faire une jointure avec la liste régionale pour récupérer l'information sur la priorité. 7 Calcul de l'indicateur SCAP F i Figure 7 : Synoptique de l'enchaînement des calculs nécessaires à l'élaboration de l'indicateur SCAP Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 15 Calcul du nombre d'espèces à faible occurrence pour chaque maille Calcul du nombre d'espèces à faible occurrence dans chaque maille: Sélection des espèces avec une occurrence inférieure à 100 Suppression des doublons Création de la liste des espèces à faible occurrence Calcul du nombre d'espèces présentes dans chaque maille Calcul du nombre d'espèces de priorité 1 présentes dans chaque maille Calcul de l'indice de synthèse = indicateur SCAP OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 7.1 Composition de l'indicateur L'indicateur est calculé à partir des variables suivantes : ? ß : nombre d'espèces à faible occurrence dans chaque maille, ? ? : nombre d'espèces présentes dans chaque maille, ? ? : nombre d'espèces de priorité 1 présentes dans chaque maille. La formule suivante est utilisée pour calculer l'indicateur : i2 = ß * 50 + ? + ?*20 Il faut donc au préalable déterminer la valeur des variables pour chaque maille de la grille régionale. 7.2 Calculer le nombre d'espèces à faible occurrence dans chaque maille Deux étapes sont nécessaires : ? déterminer quelles sont les espèces à faible occurrence, ? calculer le nombre d'espèces à faible occurrence dans chaque maille. 7.2.1 Quelles sont les espèces à faible occurrence ? Si une espèce est présente dans moins de 100 mailles de la grille régionale, on considère qu'elle est de faible occurrence. Le critère de 100 a été déterminé par rapport à la distribution (il sera à réévaluer par le CSRPN lors de la prochaine mise à jour de l'indicateur SCAP). 7.2.1.1 Sélection des espèces avec une occurrence inférieure à 100 Dans un premier temps, on n'effectue pas de groupement par espèce pour conserver les différents types d'observations pour les oiseaux (nidification, passage) dans le tableau (pour garder la possibilité d'effectuer une détermination manuelle par la suite pour certaines espèces). On crée la vue r_03_liste_sp_scap_faible_occurrence_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_03_liste_sp_scap_faible_occurrence_2015_r52 AS SELECT r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.flore_invertebres_vertebres, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.groupe, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.id_taxref, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.nom_scientifique, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.nom_vernaculaire, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.priorite, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.taxref_id, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.nb_occurence, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.type FROM scap.r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52 r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52 WHERE r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.nb_occurence < 100 OR r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.nb_occurence IS NULL ORDER BY r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.flore_invertebres_vertebres, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.groupe, r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52.id_taxref; Cette vue comporte 118 enregistrements. 7.2.1.2 Suppression des doublons On effectue ensuite un groupement par espèce pour supprimer les doublons chez les oiseaux dans la vue r_04_group_by_sp_scap_faible_occurence_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_04_group_by_sp_scap_faible_occurence_2015_r52 AS SELECT r_03_liste_sp_scap_faible_occurrence_2015_r52.id_taxref FROM scap.r_03_liste_sp_scap_faible_occurrence_2015_r52 GROUP BY r_03_liste_sp_scap_faible_occurrence_2015_r52.id_taxref; Cette vue comporte 102 enregistrements. 16 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 7.2.1.3 Création de la liste des espèces à faible occurrence Enfin, on effectue une jointure avec la liste régionale pour créer la vue r_05_liste_sp_scap_faible_occurence_group_by_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_05_liste_sp_scap_faible_occurence_group_by_2015_r52 AS SELECT liste_regionale_scap_sp.flore_invertebres_vertebres, liste_regionale_scap_sp.groupe, liste_regionale_scap_sp.id_taxref, liste_regionale_scap_sp.nom_scientifique, liste_regionale_scap_sp.nom_vernaculaire, liste_regionale_scap_sp.priorite FROM scap.liste_regionale_scap_sp RIGHT JOIN scap.r_04_group_by_sp_scap_faible_occurence_2015_r52 ON liste_regionale_scap_sp.id_taxref = r_04_group_by_sp_scap_faible_occurence_2015_r52.id_taxref ORDER BY liste_regionale_scap_sp.flore_invertebres_vertebres, liste_regionale_scap_sp.groupe, liste_regionale_scap_sp.id_taxref; 7.2.1.4 Résultat A partir de la vue r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52, on dénombre 102 espèces de faible occurrence (après récupération des espèces pour lesquelles nous ne disposons pas de données). 7.2.2 Calculer le nombre d'espèces à faible occurrence pour chaque maille Dans chaque maille, on calcule ensuite le nombre d'espèces à faible occurrence. D'après le premier calcul de l'indicateur, il y a au maximum 6 espèces de faible occurence dans une même maille ce qui donne le constat suivant : 0 <= ß <6 7.2.2.1 Création d'une vue avec les espèces à faible occurrence Elle permet de connaître le nombre de maille par espèce pour les espèces à faible occurence. On sélectionne les couples mailles-espèces de faible occurrence distincts dans la vue r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52 AS SELECT DISTINCT r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille, r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id, r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.type FROM scap.r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 RIGHT JOIN scap.r_05_liste_sp_scap_faible_occurence_group_by_2015_r52 ON r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id = r_05_liste_sp_scap_faible_occurence_group_by_2015_r52.id_taxref; 7.2.2.2 Calcul du nombre d'occurrence d'espèce de faible occurrence par maille On compte le nombre d'espèces de faible occurrence par maille de la grille régionale dans une vue r_07_nb_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_07_nb_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52 AS SELECT r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.id_maille, count(r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.taxref_id) AS nb_occurence FROM scap.r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52 WHERE r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.type = 4::double precision OR r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.type IS NULL OR r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.taxref_id = 4184::double precision GROUP BY r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.id_maille ORDER BY r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts_r52.id_maille; Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 17 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 7.2.2.3 Résultat et interprétation On aboutit au constat suivant : 0 <= ß < 8 Une espèce peut être nicheuse sur une maille et de passage sur une autre ou nicheuse et de passage sur une même maille : on ne prend en compte que les observations de nidification dans le calcul du nombre d'espèces à faible occurrence par maille (ß), on prendra toutes les observations en compte dans le calcul du nombre d'espèces par maille (?). Au préalable il a été nécessaire de consolider pour les oiseaux les données de type « passage » en qualifiant de la sorte celles qui sont de type « Non précisé ». Cf. point 3.1.2.3 Il reste une exception n'ayant que des observations de type « passage » : le Phragmite aquatique (Acrocephalus paludicola). Ce résultat est logique, l'espèce étant de passage en août et nichant en Europe de l'Est. Son statut de protection justifie une exception : toutes les observations de passage la concernant seront prise en compte. Il est donc considéré comme une espèce de faible occurrence. 7.3 Calculer le nombre d'espèces présentes dans chaque maille Pour l'indicateur 2013, on observait au maximum 21 espèces différentes par maille : 0 <= ? < 21 On calcule le nombre d'occurrence d'espèces SCAP par maille de la grille régionale (cette fois sans distinction de faible occurrence) dans une vue r_08_nb_sp_par_maille_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_08_nb_sp_par_maille_2015_r52 AS SELECT r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille, count(r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id) AS nb_occurrence FROM scap.r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 GROUP BY r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille ORDER BY r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille; On obtient 4888 lignes avec un maximum de 20 espèces par maille : 0 <= ? <20 7.4 Calculer le nombre d'espèces de priorité 1 présentes dans chaque maille Pour l'indicateur 2013, on observait un maximum de 10 espèces de priorité 1 par maille : 0 <= ? <10 Les opérations suivantes seront effectuées dans la même requête : ? jointure avec la liste régionale pour obtenir l'information sur la priorité via l'identifiant TAXREF, ? sélection des espèces de priorité 1 présentes, ? calcul du nombre d'espèces de priorité 1 dans chaque maille. Une nouvelle vue est créée r_09_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 : CREATE OR REPLACE VIEW scap.r_09_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 AS SELECT r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille, count(r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id) AS nb_occurence FROM scap.r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52, scap.liste_regionale_scap_sp WHERE r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.taxref_id = liste_regionale_scap_sp.id_taxref AND liste_regionale_scap_sp.priorite = 1::double precision GROUP BY r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille ORDER BY r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52.id_maille; On obtient 1721 enregistrements avec un maximum de 12 espèces de priorité 1 par maille : 0 <= ? <12 18 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 7.5 Calculer un indice de synthèse 7.5.1 Création des tables intermédiaires Pour accélérer les traitements et pouvoir visualiser plus facilement les résultats, des tables intermédiaires sont créées dans la base de données PostGIS pour chacune des variables utilisées pour le calcul de l'indicateur par jointure avec la grille régionale. 7.5.1.1 Création d'une table grille-espèces de faible occurrence CREATE TABLE scap.r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52 AS SELECT r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille, r_07_nb_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.nb_occurence AS beta, r_grille_hexagonale_1500m_r52.the_geom FROM scap.r_grille_hexagonale_1500m_r52 FULL JOIN scap.r_07_nb_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52 ON r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille = r_07_nb_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.id_maille ORDER BY r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille; 7.5.1.2 Création d'une table grille-espèces SCAP CREATE TABLE scap.r_indicateur_sp_par_maille_2015_r52 AS SELECT r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille, r_08_nb_sp_par_maille_2015_r52.nb_occurence AS alpha, r_grille_hexagonale_1500m_r52.the_geom FROM scap.r_grille_hexagonale_1500m_r52 FULL JOIN scap.r_08_nb_sp_par_maille_2015_r52 ON r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille = r_08_nb_sp_par_maille_2015_r52.id_maille ORDER BY r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille; 7.5.1.3 Création d'une table grille-espèces SCAP de priorité 1 CREATE TABLE scap.r_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 AS SELECT r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille, r_09_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52.nb_occurence AS alpha, r_grille_hexagonale_1500m_r52.the_geom FROM scap.r_grille_hexagonale_1500m_r52 FULL JOIN scap.r_09_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 ON r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille = r_09_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52.id_maille ORDER BY r_grille_hexagonale_1500m_r52.id_maille; 7.5.1.4 Agrégation des trois tables précédentes On agrège les données des trois tables précédentes dans une nouvelle table par une jointure : CREATE TABLE scap.r_agregation_indicateurs_sp_scap_2015_r52 AS SELECT r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.id_maille, r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.beta, r_indicateur_sp_par_maille_2015_r52.alpha, scap.r_indicateur_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52.sigma, r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.the_geom FROM scap.r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52 FULL JOIN scap.r_indicateur_sp_par_maille_2015_r52 ON r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.id_maille = r_indicateur_sp_par_maille_2015_r52.id_maille FULL JOIN scap.r_indicateur_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 19 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 ON r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.id_maille = r_indicateur_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52.id_maille ORDER BY r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r52.id_maille; Les valeurs NULL présentes pour les mailles vides empêchent le bon déroulement du calcul, il faut donc les remplacer au préalable par 0 via GeoKettle pour produire une table scap.r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52. 7.5.2 Calcul de l'indicateur dans la table L'indicateur est calculé par maille dans la table suivant la formule : i2 = ß * 50 + ? + ?*20 ou indicateur = (nombre d'espèces à faible occurrence présentes dans chaque maille * 50) + nombre d'espèces présentes dans chaque maille + (nombre d'espèces de priorité 1 présentes dans chaque maille * 20) Les pondérations s'expliquent ainsi : ? 50 : la pondération a été augmentée pour faire ressortir davantage les espèces floristiques à faible occurrence, ? 20 : ce niveau de pondération a été validé par le CSRPN. 7.5.2.1 Méthode 1 : avec PostGIS CREATE TABLE scap.r_indicateur_scap_postgis_2015_r52 AS SELECT r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52.id_maille, r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52 .alpha AS nb_sp, r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52 .sigma nb_sp_priorite_1, r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52 .beta AS nb_sp_faible_occurrence, ((r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52 .beta*50)+r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52.alpha+ (r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52.sigma*20)) AS indicateur, r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52.the_geom FROM scap.r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r52 ; 7.5.2.2 Méthode 2 : avec GéoKettle Figure 8 : Chaîne de traitement élaborée dans l'outil ETL (Extract, Transform, Load) GeoKettle La décomposition du calcul en plusieurs étapes permet d'observer les résultats intermédiaires et surtout de ne pas surcharger le serveur pendant les traitements. 20 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 7.5.2.3 Résultat Figure 9 : Distribution des valeurs d'un indicateur SCAP en Pays de la Loire (en l'état de la connaissance) Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, décembre 2012. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 21 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 8 Production de la carte des secteurs SCAP retenus L'objectif est la production d'une carte maillée de l'indice synthétique avec QGIS. On sélectionne les mailles par rapport à la valeur de l'indicateur (celles qui passent la valeur retenue) pour les agréger et constituter des secteurs retenus dans le cadre de la SCAP. 8.1 Sélection automatique de mailles Figure 10 : Premiers secteurs intéressants pour la SCAP en Pays de la Loire (en l'état de la connaissance) Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, décembre 2012. 22 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire On effectue un premier travail d'analyse de mailles sur la base la valeur de l'indicateur SCAP. Sont automatiquement sélectionnées : ? les mailles dont la valeur de l'indicateur est supérieure à 100, ? les mailles dont la valeur de l'indicateur est supérieure à 70 (qui sont moins prioritaires). Les seuils de 70 et 100 ont été fixés en fonction de la distribution de l'indicateur. La déclinaison de la SCAP étant réalisée à l'échelle des Pays de la Loire, les mailles hors région issues de la sélection automatique n'ont pas été retenues. 8.2 Sélection de mailles à dire d'expert A partir de la sélection automatique de mailles, le CSRPN a travaillé à dire d'expert en suivant une logique de fonctionnalité écologique sur chacun des territoires à moyenne échelle : ? certaines mailles issues de la sélection automatique ont été retirées (à la fois des mailles avec une valeur de l'indicateur supérieure à 100 ou comprise entre 70 et 100) ? des mailles au cas par cas sans données : cette réflexion a été menée dans l'objectif d'obtenir une fonctionnalité écologique cohérente pour chaque secteur SCAP Au regard de la liste des espèces SCAP et des enjeux départementaux ou régionaux pour certaines d'entre elles, on s'aperçoit que certaines ne sont pas suffisamment prises en compte par la sélection automatique. Dans un deuxième temps, on sélectionne : ? les mailles où Lycopodiella inundata est présente (à l'échelle de la région), ? toutes les stations de Luronium natans sur la Mayenne. Dans un troisième temps, on effectue une analyse sur les espèces de faible occurrence inférieure à 15. Parmi celles-ci, on sélectionne des mailles au cas par cas. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 23 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Figure 11 : Mailles de faible occurrence d'occurence inférieure à 15 et stations de Luronium natans en Mayenne Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, décembre 2012. 8.3 Création des secteurs retenus 8.3.1 Agrégation des mailles retenues On procède ensuite à la création de secteurs par l'agrégation des mailles retenues dans les étapes précédentes. 24 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Figure 12 : Processus d'élaboration des secteurs retenus Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, décembre 2012. 8.3.2 Définition d'un tampon Une zone tampon de 150 mètres est créée autour des secteurs retenus afin de mieux prendre en compte les espèces situées en limite de maille. La superposition de secteurs adjacents est également nettoyée à partir de la grille hexagonale régionale. Le nettoyage s'effectue par un découpage des polygones avec le tampon des secteurs SCAP en s'appuyant sur les limites de la grille hexagonale. Cela permet de supprimer les superpositions de tampons. Dans QGIS, on utilisera la fonctionnalité « Numérisation avancée » > « Séparer les entités ». Il ne faut pas oublier de redécouper les secteurs adjacents impactés par les modifications. Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 25 Détermination des territoires potentiels Localisation des territoires potentielsTravail de validation des territoires à enjeux à dire d'experts par retrait, ajout de territoires DREAL Experts DREAL Carte maillée de l'indice synthétique OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Figure 13 : Exemple de création de tampon Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, décembre 2012. 8.4 Résultat final On produit ainsi une carte des secteurs SCAP retenus représentant les territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire. C'est sur la base de ce travail qu'a été créé l'atlas des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire. En particulier, en vue de la mise à jour des données de la base SCAP, il faudra veiller à faire valider en amont le pas de temps de pertinence des données pour chacune des espèces. Cet atlas constitue un résultat au regard des données mises à disposition. Il sera donc amené à être réactualisé dans le temps au fur et à mesure de l'état d'avancement de la connaissance. De plus, une réflexion sur la prise en compte des habitats pour ces territoires à enjeu biodiversité sera à mener. Un travail de consolidation des données constituera une première étape. 26 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Création du tampon de 150 mètres Découpage des secteurs limitrophes en s'appuyant sur la grille régionale Résultat final après nettoyage des scories Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Figure 14 : Secteurs retenus dans le cadre de la SCAP en Pays de la Loire Sources : IGN GEOFLA®, DREAL Pays de la Loire, décembre 2012. 8.5 Bilan 8.5.1 Des réussistes... ? La production d'un véritable diagnostic patrimonial régional et d'une hiérarchisation des enjeux sur la base d'une expertise scientifique ? Un groupe de travail ? issu du CSRPN ? dynamique sur toute la durée du projet ? Une production en régie permettant une bonne appropriation du sujet et un travail par itération entre le service thématique (Service ressources naturelles et paysages) et le service technique (Service connaissance des territoires et évaluation) ? Une approche empirique sur la méthodologie ? Une base de données importante, tant au niveau de la diversité en terme d'espèces que du nombre d'observations Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 27 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 ? Une bonne articulation avec les autres outils (Schéma régional de cohérence écologique, Plans nationaux d'action...) 8.5.2 ...et quelques difficultés ? Une fragilité due au travail en régie ? Une collecte des données plus longue en raison de l'absence de Système d'information sur la nature et les paysages en Pays de la Loire ? Une première analyse basée sur les ZNIEFF trop imprécise et non exploitée ? Un diagnostic pertinent uniquement au regard des données utilisées qui peut laisser de côté certains secteurs insuffisament prospectés 9 Remerciements La DREAL Pays de la Loire tient à remercier, dans un premier temps les membres du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel ainsi que l'ensemble des experts qui ont participé activement à la réalisation de cet outil (Bertrand JARRI, Bertrand TROLLIET, Didier DESMOTS, Franck HERBRECHT, Gilles MOURGAUD, Hugues DES TOUCHES, Jean-Guy ROBIN, Jeanne VALLET, Pascal LACROIX, Benjamin MEME LAFOND, Didier MONTFORT, Cécile MESNAGE, Jean-Pierre GUERET et Fabrice NORMAND). La DREAL Pays de la Loire remercie également l'ensemble des partenaires (l'Observatoire du Marais Poitevin, la Coordination régionale LPO, le Conservatoire Botanique National de Brest et du Bassin Parisien, le Parc Naturel Régional Loire Anjou Touraine, le GIP Loire-Estuaire, la Fédération de pêche de Loire Atlantique, l'ONCFS, le Parc Naturel Régional de Brière, le GRETIA et le Conservatoire des Espaces Naturels Sarthois) qui ont accepté de mettre à disposition leurs données sans lesquelles nous n'aurions pu réaliser ce travail. Les auteurs tiennent enfin à remercier tout particulièrement Nathalie Morvan, précédemment chargée de mission à la Division Observation, Études et Statistiques au Service Connaissance des Territoires et Évaluation de la DREAL Pays de la Loire qui a élaboré la première version de cette méthodologie. 28 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 10 Annexes 10.1 Annexe 1 : Liste des espèces SCAP en Pays de la Loire Flore / Invertébrés / Vertébrés Groupes Code Taxref (INPN) Nom scientifique Priorité Vertébrés Amphibiens 212 Bombina variegata (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Amphibiens 235 Pelobates cultripes (Cuvier, 1829) 1 Invertébrés Araignées 1820 Argyroneta aquatica (Clerck, 1758) 1 Invertébrés Araignées 1885 Dolomedes plantarius (Clerck, 1758) 1 Invertébrés Araignées 1944 Trochosa spinipalpis (F.O. P.-Cambridge, 1895) 1 Vertébrés Oiseaux 1958 Anas crecca (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 1975 Anas querquedula (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Araignées 2108 Icius subinermis (Simon, 1937) 1 Vertébrés Oiseaux 2473 Botaurus stellaris (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 2477 Ixobrychus minutus (Linnaeus, 1766) 1 Vertébrés Oiseaux 2481 Nycticorax nycticorax (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2486 Ardeola ralloides (Scopoli, 1769) 3 Vertébrés Oiseaux 2508 Ardea purpurea (Linnaeus, 1766) 1 Vertébrés Oiseaux 2514 Ciconia nigra (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 2522 Plegadis falcinellus (Linnaeus, 1766) 3 Vertébrés Oiseaux 2530 Platalea leucorodia (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2534 Philomachus pugnax (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2543 Gallinago gallinago (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2563 Limosa limosa (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2576 Numenius arquata (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2741 Anser anser (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2873 Circaetus gallicus (Gmelin, 1788) 2 Vertébrés Oiseaux 2878 Circus aeruginosus (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2881 Circus cyaneus (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2887 Circus pygargus (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3039 Porzana porzana (Linnaeus, 1766) 1 Vertébrés Oiseaux 3053 Crex crex (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3089 Tetrax tetrax (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 3112 Himantopus himantopus (Linnaeus, 1758) 3 Vertébrés Oiseaux 3116 Recurvirostra avosetta (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3120 Burhinus oedicnemus (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3142 Charadrius alexandrinus (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 3342 Sterna sandvicensis (Latham, 1787) 3 Vertébrés Oiseaux 3343 Sterna hirundo (Linnaeus, 1758) 3 Vertébrés Oiseaux 3350 Sterna albifrons (Pallas, 1764) 1 Vertébrés Oiseaux 3367 Chlidonias hybridus (Pallas, 1811) 2 Vertébrés Oiseaux 3371 Chlidonias niger (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3601 Picus canus (Gmelin, 1788) 1 Vertébrés Oiseaux 3619 Dendrocopos medius (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 4172 Locustella luscinioides (Savi, 1824) 2 Vertébrés Oiseaux 4184 Acrocephalus paludicola (Vieillot, 1817) 2 Vertébrés Oiseaux 4221 Sylvia undata (Boddaert, 1783) 2 Flore Bryophytes 4761 Dicranum spurium Hedw. 1 Flore Bryophytes 4910 Rhodobryum roseum (Hedw.) Limpr. 1 Flore Bryophytes 6613 Kurzia pauciflora (Dicks.) Grolle 1 Flore Bryophytes 6750 Sphagnum fuscum (Schimp.) H.Klinggr. 1 Invertébrés Coléoptères 9562 Graphoderus bilineatus (de Geer, 1774) 1 Invertébrés Coléoptères 10979 Osmoderma eremita (Scopoli, 1763) 2 Invertébrés Coléoptères 12336 Cerambyx cerdo (Linnaeus, 1758) 2 Invertébrés Coléoptères 12348 Rosalia alpina (Linnaeus, 1758) 2 Invertébrés Crustacés Décapodes 18419 Palaemonetes varians (Leach, 1814) 2 Invertébrés Crustacés Décapodes 18437 Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) 2 Invertébrés Lépidoptères 53248 Pyrgus cirsii (Rambur, 1839) 1 Invertébrés Lépidoptères 53621 Coenonympha oedippus (Fabricius, 1787) 1 Invertébrés Lépidoptères 53865 Euphydryas aurinia (Rottemburg, 1775) 2 Invertébrés Lépidoptères 53979 Lycaena dispar (Haworth, 1802) 2 Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 29 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Invertébrés Lépidoptères 54762 Eriogaster catax (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Lépidoptères 54837 Proserpinus proserpina (Pallas, 1772) 2 Vertébrés Mammifères 60295 Rhinolophus ferrumequinum (Schreber, 1774) 2 Vertébrés Mammifères 60313 Rhinolophus hipposideros (Bechstein, 1800) 1 Vertébrés Mammifères 60330 Rhinolophus euryale (Blasius, 1853) 1 Vertébrés Mammifères 60345 Barbastella barbastellus (Schreber, 1774) 2 Vertébrés Mammifères 60400 Myotis emarginatus (E. Geoffroy, 1806) 2 Vertébrés Mammifères 60418 Myotis myotis (Borkhausen, 1797) 2 Vertébrés Mammifères 60630 Lutra lutra (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Mammifères 61212 Castor fiber (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Mammifères 61258 Arvicola sapidus (Miller, 1908) 2 Invertébrés Mollusques 64140 Vertigo angustior (Jeffreys, 1830) 1 Invertébrés Gastéropodes 64141 Vertigo moulinsiana (Dupuy, 1849) 2 Invertébrés Mollusques 64435 Margaritifera margaritifera (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Odonates 65133 Coenagrion mercuriale (Charpentier, 1840) 2 Invertébrés Odonates 65205 Lestes macrostigma (Eversmann, 1836) 1 Invertébrés Odonates 65231 Gomphus graslini (Rambur, 1842) 1 Invertébrés Odonates 65236 Gomphus flavipes (Charpentier, 1825) 1 Invertébrés Odonates 65243 Ophiogomphus cecilia (Geoffroy in Fourcroy, 1785) 1 Invertébrés Odonates 65356 Leucorrhinia pectoralis (Charpentier, 1825) 1 Invertébrés Odonates 65361 Leucorrhinia caudalis (Charpentier, 1840) 1 Invertébrés Odonates 65366 Leucorrhinia albifrons (Burmeister, 1839) 1 Vertébrés Poissons 66315 Petromyzon marinus (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 66330 Lampetra fluviatilis (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 66333 Lampetra planeri (Bloch, 1784) 1 Vertébrés Poissons 66832 Anguilla anguilla (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 66967 Alosa alosa (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 66996 Alosa fallax (Lacepède, 1803) 1 Vertébrés Poissons 67420 Rhodeus amarus (Bloch, 1782) 1 Vertébrés Poissons 67506 Cobitis taenia (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 67606 Esox lucius (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 67765 Salmo salar (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 69182 Cottus gobio (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Reptiles 77600 Lacerta agilis (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Mammifères 79301 Myotis bechsteinii (Kuhl, 1817) 1 Flore Dicotylédones 82715 Angelica heterocarpa J.Lloyd, 1859 2 Flore Dicotylédones 89191 Caropsis verticillatinundata (Thore) Rauschert, 1982 1 Flore Monocotylédones 92171 Coleanthus subtilis (Tratt.) Seidl, 1817 1 Flore Monocotylédones 100739 Hammarbya paludosa (L.) Kuntze, 1891 1 Flore Monocotylédones 106807 Luronium natans (L.) Raf., 1840 1 Flore Ptéridophytes 106993 Lycopodiella inundata (L.) Holub, 1964 1 Flore Ptéridophytes 107407 Marsilea quadrifolia L., 1753 1 Flore Dicotylédones 109871 Oenanthe foucaudii Tess., 1884 1 Flore Ptéridophytes 110306 Ophioglossum azoricum C.Presl, 1845 1 Flore Monocotylédones 116352 Puccinellia foucaudii (Hack.) Holmb.,1928 1 Flore Dicotylédones 117139 Ranunculus nodiflorus L., 1753 1 Flore Dicotylédones 119582 Rumex rupestris Le Gall, 1850 1 Flore Monocotylédones 124699 Spiranthes aestivalis (Poir.) Rich., 1817 1 Flore Ptéridophytes 127178 Trichomanes speciosum Willd. 1 Flore Dicotylédones 134995 Genista tinctoria L. subsp. prostrata Corillion, Figureau & Godeau 1 Flore Dicotylédones 138164 Omphalodes littoralis Lehm. subsp. littoralis 1 Flore Dicotylédones 149523 Plantago holosteum Scop. var. littoralis (Rouy) Kerguélen, 1987 1 Invertébrés Coléoptères 159441 Limoniscus violaceus (P. W. J. Müller, 1821) 2 Invertébrés Lépidoptères 219788 Glaucopsyche arion (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Lépidoptères 219789 Glaucopsyche teleius (Bergsträsser, 1779) 1 Invertébrés Lépidoptères 219791 Glaucopsyche alcon (Denis & Schiffermüller, 1775) 1 Invertébrés Araignées 233873 Arctosa fulvolineata (Lucas, 1846) 1 Invertébrés Araignées 233879 Pardosa bifasciata (C. L. Koch, 1834) 1 Invertébrés Araignées 233892 Pirata uliginosus (Thorell, 1856) 1 Invertébrés Araignées 234095 Enoplognatha mordax (Thorell, 1875) 1 Invertébrés Araignées 304428 Neon valentulus (Falconer, 1912) 1 Invertébrés Lépidoptères 416963 Gortyna borelii (Freyer, 1839) 1 Flore Bryophytes 434203 Hennediella heimii (Hedw.) R.H.Zander 1 Flore Bryophytes 434378 Campyliadelphus elodes (Lindb.) Kanda 1 Vertébrés Amphibiens 444441 Pelophylax lessonae (Camerano, 1882) 1 30 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 10.2 Annexe 2 : Transformation GeoKettle pour agréger les données ponctuelles Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 31 Ex em pl e de tr ai te m en t e ffe ct ué a ve c l'o ut il ET L (E xt ra ct , T ra ns fo rm , L oa d) . OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 10.3 Annexe 3 : Dictionnaire des données - tables de la base Table Commentaires liste_regionale_scap_habitats Liste régionale des habitats SCAP retenus en Pays de la Loire liste_regionale_scap_sp Liste régionale des espèces SCAP retenues en Pays de la Loire r_agregation_indicateurs_sp_scap_2015_r52 Agrégation du nombre d'espèces de faible occurrence par maille, d'espèces par maille, d'espèces de priorité 1 par maille pour préparer le calcul de l'indicateur (non consolidé : présence de valeurs nulles). r_agregation_indicateurs_sp_scap_consolide_2015_r 52 Agrégation du nombre d'espèces de faible occurrence par maille, d'espèces par maille, d'espèces de priorité 1 par maille pour préparer le calcul de l'indicateur (consolidé via Geokettle : remplacement des valeurs nulles par 0). r_grille_hexagonale_1500m_r52 Grille hexagonale régionale composée d'hexagones de 1500 mètres de côté r_indicateur_scap_postgis_2015_r52 Indicateur SCAP calculé avec PostGIS. r_indicateur_scap_geokettle_2015_r52 Indicateur SCAP calculé avec GeoKettle. r_indicateur_sp_faible_occurence_par_maille_2015_ r52 Nombre d'espèces de faible occurrence par maille de la grille régionale r_indicateur_sp_par_maille_2015_r52 Nombre d'espèces par maille de la grille régionale r_indicateur_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 Nombre d'espèces de priorité 1 par maille de la grille régionale r_taxons_scap_cbnb_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournis par le CBNB (Conservatoire Botantique National de Brest) r_taxons_scap_cbnbp_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournis par le CBNBP (Conservatoire Botantique National du Bassin Parisien) r_taxons_scap_cbnbp_s_r52 Observations surfaciques de taxons fournis par le CBNBP (Conservatoire Botantique National du Bassin Parisien) r_taxons_scap_fdpm44_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournis par la FDPM 44. r_taxons_scap_gip_loire_estuaire_l_r52 Observations linéaires de taxons fournis par le GIP (Groupement d'Intérêt Public) Loire-Estuaire r_taxons_scap_gip_loire_estuaire_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournis par le GIP (Groupement d'Intérêt Public) Loire-Estuaire r_taxons_scap_gip_loire_estuaire_s_r52 Observations surfaciques de taxons fournis par le GIP (Groupement d'Intérêt Public) Loire-Estuaire r_taxons_scap_gretia_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournis par le GRETIA (GRoupe d'Etude des Invertébrés Armoricains) r_taxons_scap_l_r52 Agrégation des observations linéaires de taxons 32 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire SCAP (avec les observations de passage consolidées pour les oiseaux) r_taxons_scap_lpo_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournis par la Coordination régionale LPO (Ligue de Protection des Oiseaux) Pays de la Loire r_taxons_scap_natura_2000_l_r52 Observations linéaires de taxons issues de l'agrégation des données issues de Natura 2000 r_taxons_scap_natura_2000_p_r52 Observations ponctuelles de taxons issues de l'agrégation des données issues de Natura 2000 r_taxons_scap_natura_2000_s_r52 Observations surfaciques de taxons issues de l'agrégation des données issues de Natura 2000 r_taxons_scap_omp_p_085 Observations ponctuelles de taxons fournies par l'OMP (Observatoire du Marais Poitevin) r_taxons_scap_p_r52 Agrégation des observations ponctuelles de taxons SCAP (avec les observations de passage consolidées pour les oiseaux) r_taxons_scap_pnr_briere_l_r52 Observations linéaires de taxons fournies par le Parc Naturel Régional de Brière r_taxons_scap_pnr_briere_p_r52 Observations ponctuelles de taxons fournies par le Parc Naturel Régional de Brière r_taxons_scap_pnr_briere_s_r52 Observations surfaciques de taxons fournies par le Parc Naturel Régional de Brière r_taxons_scap_pnr_lat_s_r52 Observations surfaciques de taxons fournies par le Parc Naturel Régional Loire-Anjou-Touraine r_taxons_scap_s_r52 Agrégation des observations surfaciques de taxons SCAP (avec les observations de passage consolidées pour les oiseaux et un tampon à 0 pour corriger les erreurs de géométrie) taxref_v8 Référentiel TAXREF version 8 de l'INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel) Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 33 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 10.4 Annexe 4 : Dictionnaire des données - vues de la base Ces vues présentent l'enchaînement des traitements effectués dans le SGBD. Vue Commentaires r_00_grid_taxons_scap_distincts_r52 Agrégation des observations de taxons ponctuelles, linéaires et surfaciques sans doublons. r_01_nb_mailles_par_sp_scap_2015_r52 Calcul du nombre de mailles concernées pour chaque espèce SCAP de la liste régionale r_02_liste_sp_scap_occurrence_2015_r52 Liste des espèces avec le nombre d'occurrence (nombre d'observations distinctes par maille) r_03_liste_sp_scap_faible_occurrence_2015_r52 Liste des espèces SCAP de faible occurrence (moins de 100 observations par maille). r_04_group_by_sp_scap_faible_occurence_2015_r 52 Regroupement des espèces de faible occurrence par leur identifiant TAXREF. r_05_liste_sp_scap_faible_occurence_group_by_2 015_r52 Liste des espèces SCAP de faible occurrence (moins de 100 observations par maille) sans doublons. r_06_grid_taxons_scap_faible_occurence_distincts _r52 Tableau croisant les mailles de la grille régionale et les espèces de faible occurrence. r_07_nb_sp_faible_occurence_par_maille_2015_r 52 Nombre d'espèces de faible occurrence par maille de la grille. r_08_nb_sp_par_maille_2015_r52 Nombre d'espèces par maille de la grille. r_09_nb_sp_priorite_1_par_maille_2015_r52 Nombre d'espèces de priorité 1 par maille de la grille. 34 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire 10.5 Annexe 5 : Tableau du nombre d'occurrence des espèces par mailles-espèces Flore / Invertébrés / Vertébrés Groupes Code Taxref (INPN) Nom scientifique Occurence Vertébrés Amphibiens 212 Bombina variegata (Linnaeus, 1758) 3 Vertébrés Amphibiens 235 Pelobates cultripes (Cuvier, 1829) 11 Invertébrés Araignées 1820 Argyroneta aquatica (Clerck, 1758) 2 Invertébrés Araignées 1885 Dolomedes plantarius (Clerck, 1758) 1 Invertébrés Araignées 1944 Trochosa spinipalpis (F.O. P.-Cambridge, 1895) 6 Vertébrés Oiseaux 1958 Anas crecca Linnaeus, 1758 577 Vertébrés Oiseaux 1958 Anas crecca Linnaeus, 1758 12 Vertébrés Oiseaux 1975 Anas querquedula Linnaeus, 1758 167 Vertébrés Oiseaux 1975 Anas querquedula Linnaeus, 1758 66 Invertébrés Araignées 2108 Icius subinermis (Simon, 1937) 2 Vertébrés Oiseaux 2473 Botaurus stellaris (Linnaeus, 1758) 35 Vertébrés Oiseaux 2477 Ixobrychus minutus (Linnaeus, 1766) 3 Vertébrés Oiseaux 2481 Nycticorax nycticorax (Linnaeus, 1758) 45 Vertébrés Oiseaux 2481 Nycticorax nycticorax (Linnaeus, 1758) 9 Vertébrés Oiseaux 2486 Ardeola ralloides (Scopoli, 1769) 1 Vertébrés Oiseaux 2508 Ardea purpurea Linnaeus, 1766 54 Vertébrés Oiseaux 2514 Ciconia nigra (Linnaeus, 1758) 9 Vertébrés Oiseaux 2522 Plegadis falcinellus (Linnaeus, 1766) 1 Vertébrés Oiseaux 2530 Platalea leucorodia Linnaeus, 1758 366 Vertébrés Oiseaux 2530 Platalea leucorodia Linnaeus, 1758 7 Vertébrés Oiseaux 2534 Philomachus pugnax (Linnaeus, 1758) 196 Vertébrés Oiseaux 2534 Philomachus pugnax (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2543 Gallinago gallinago (Linnaeus, 1758) 733 Vertébrés Oiseaux 2543 Gallinago gallinago (Linnaeus, 1758) 4 Vertébrés Oiseaux 2563 Limosa limosa (Linnaeus, 1758) 315 Vertébrés Oiseaux 2563 Limosa limosa (Linnaeus, 1758) 39 Vertébrés Oiseaux 2576 Numenius arquata (Linnaeus, 1758) 707 Vertébrés Oiseaux 2576 Numenius arquata (Linnaeus, 1758) 40 Vertébrés Oiseaux 2741 Anser anser (Linnaeus, 1758) 425 Vertébrés Oiseaux 2741 Anser anser (Linnaeus, 1758) 5 Vertébrés Oiseaux 2873 Circaetus gallicus (Gmelin, 1788) 13 Vertébrés Oiseaux 2878 Circus aeruginosus (Linnaeus, 1758) 126 Vertébrés Oiseaux 2878 Circus aeruginosus (Linnaeus, 1758) 48 Vertébrés Oiseaux 2881 Circus cyaneus (Linnaeus, 1758) 74 Vertébrés Oiseaux 2881 Circus cyaneus (Linnaeus, 1758) 26 Vertébrés Oiseaux 2887 Circus pygargus (Linnaeus, 1758) 271 Vertébrés Oiseaux 3039 Porzana porzana (Linnaeus, 1766) 35 Vertébrés Oiseaux 3039 Porzana porzana (Linnaeus, 1766) 8 Vertébrés Oiseaux 3053 Crex crex (Linnaeus, 1758) 142 Vertébrés Oiseaux 3089 Tetrax tetrax (Linnaeus, 1758) 26 Vertébrés Oiseaux 3112 Himantopus himantopus (Linnaeus, 1758) 254 Vertébrés Oiseaux 3116 Recurvirostra avosetta Linnaeus, 1758 282 Vertébrés Oiseaux 3116 Recurvirostra avosetta Linnaeus, 1758 58 Vertébrés Oiseaux 3120 Burhinus oedicnemus (Linnaeus, 1758) 761 Vertébrés Oiseaux 3120 Burhinus oedicnemus (Linnaeus, 1758) 83 Vertébrés Oiseaux 3120 Burhinus oedicnemus (Linnaeus, 1758) 57 Vertébrés Oiseaux 3142 Charadrius alexandrinus Linnaeus, 1758 49 Vertébrés Oiseaux 3342 Sterna sandvicensis Latham, 1787 3 Vertébrés Oiseaux 3342 Sterna sandvicensis Latham, 1787 Vertébrés Oiseaux 3343 Sterna hirundo Linnaeus, 1758 64 Vertébrés Oiseaux 3343 Sterna hirundo Linnaeus, 1758 Vertébrés Oiseaux 3343 Sterna hirundo Linnaeus, 1758 24 Vertébrés Oiseaux 3350 Sterna albifrons Pallas, 1764 32 Vertébrés Oiseaux 3350 Sterna albifrons Pallas, 1764 18 Vertébrés Oiseaux 3367 Chlidonias hybridus (Pallas, 1811) 15 Vertébrés Oiseaux 3367 Chlidonias hybridus (Pallas, 1811) Vertébrés Oiseaux 3371 Chlidonias niger (Linnaeus, 1758) 64 Vertébrés Oiseaux 3371 Chlidonias niger (Linnaeus, 1758) 10 Vertébrés Oiseaux 3601 Picus canus Gmelin, 1788 6 Vertébrés Oiseaux 3619 Dendrocopos medius (Linnaeus, 1758) 81 Vertébrés Oiseaux 4172 Locustella luscinioides (Savi, 1824) 31 Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 35 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 Vertébrés Oiseaux 4184 Acrocephalus paludicola (Vieillot, 1817) 25 Vertébrés Oiseaux 4221 Sylvia undata (Boddaert, 1783) 48 Flore Bryophytes 4761 Dicranum spurium Hedw. 0 Flore Bryophytes 4910 Rhodobryum roseum (Hedw.) Limpr. 0 Flore Bryophytes 6613 Kurzia pauciflora (Dicks.) Grolle 0 Flore Bryophytes 6750 Sphagnum fuscum (Schimp.) H.Klinggr. 0 Invertébrés Coléoptères 9562 Graphoderus bilineatus (de Geer, 1774) 0 Invertébrés Coléoptères 10979 Osmoderma eremita (Scopoli, 1763) 191 Invertébrés Coléoptères 12336 Cerambyx cerdo Linnaeus, 1758 317 Invertébrés Coléoptères 12348 Rosalia alpina (Linnaeus, 1758) 157 Invertébrés Crustacés Décapodes 18419 Palaemonetes varians (Leach, 1814) 0 Invertébrés Crustacés Décapodes 18437 Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) 79 Invertébrés Lépidoptères 53248 Pyrgus cirsii (Rambur, 1839) 0 Invertébrés Lépidoptères 53621 Coenonympha oedippus (Fabricius, 1787) 1 Invertébrés Lépidoptères 53865 Euphydryas aurinia (Rottemburg, 1775) 14 Invertébrés Lépidoptères 53979 Lycaena dispar (Haworth, 1802) 32 Invertébrés Lépidoptères 54762 Eriogaster catax (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Lépidoptères 54837 Proserpinus proserpina (Pallas, 1772) 12 Vertébrés Mammifères 60295 Rhinolophus ferrumequinum (Schreber, 1774) 130 Vertébrés Mammifères 60313 Rhinolophus hipposideros (Bechstein, 1800) 134 Vertébrés Mammifères 60330 Rhinolophus euryale Blasius, 1853 12 Vertébrés Mammifères 60345 Barbastella barbastellus (Schreber, 1774) 73 Vertébrés Mammifères 60400 Myotis emarginatus (E. Geoffroy, 1806) 101 Vertébrés Mammifères 60418 Myotis myotis (Borkhausen, 1797) 138 Vertébrés Mammifères 60630 Lutra lutra (Linnaeus, 1758) 641 Vertébrés Mammifères 61212 Castor fiber Linnaeus, 1758 195 Vertébrés Mammifères 61258 Arvicola sapidus Miller, 1908 124 Invertébrés Gastéropodes 64140 Vertigo angustior Jeffreys, 1830 1 Invertébrés Gastéropodes 64141 Vertigo moulinsiana (Dupuy, 1849) 10 Invertébrés Bivalve 64435 Margaritifera margaritifera (Linnaeus, 1758) 0 Invertébrés Odonates 65133 Coenagrion mercuriale (Charpentier, 1840) 361 Invertébrés Odonates 65205 Lestes macrostigma (Eversmann, 1836) 27 Invertébrés Odonates 65231 Gomphus graslinii Rambur, 1842 14 Invertébrés Odonates 65236 Gomphus flavipes (Charpentier, 1825) 88 Invertébrés Odonates 65243 Ophiogomphus cecilia (Geoffroy in Fourcroy, 1785) 23 Invertébrés Odonates 65356 Leucorrhinia pectoralis (Charpentier, 1825) 3 Invertébrés Odonates 65361 Leucorrhinia caudalis (Charpentier, 1840) 10 Invertébrés Odonates 65366 Leucorrhinia albifrons (Burmeister, 1839) 3 Vertébrés Poissons 66315 Petromyzon marinus Linnaeus, 1758 17 Vertébrés Poissons 66330 Lampetra fluviatilis (Linnaeus, 1758) 8 Vertébrés Poissons 66333 Lampetra planeri (Bloch, 1784) 13 Vertébrés Poissons 66832 Anguilla anguilla (Linnaeus, 1758) 542 Vertébrés Poissons 66967 Alosa alosa (Linnaeus, 1758) 9 Vertébrés Poissons 66967 Alosa alosa (Linnaeus, 1758) Vertébrés Poissons 66996 Alosa fallax (Lacepède, 1803) 5 Vertébrés Poissons 67420 Rhodeus amarus (Bloch, 1782) 235 Vertébrés Poissons 67506 Cobitis taenia Linnaeus, 1758 9 Vertébrés Poissons 67606 Esox lucius Linnaeus, 1758 314 Vertébrés Poissons 67765 Salmo salar Linnaeus, 1758 4 Vertébrés Poissons 69182 Cottus gobio Linnaeus, 1758 372 Vertébrés Reptiles 77600 Lacerta agilis Linnaeus, 1758 0 Vertébrés Mammifères 79301 Myotis bechsteinii (Kuhl, 1817) 57 Flore Dicotylédones 82715 Angelica heterocarpa J.Lloyd 80 Flore Dicotylédones 89191 Caropsis verticillatinundata (Thore) Rauschert 21 Flore Monocotylédones 92171 Coleanthus subtilis (Tratt.) Seidl 5 Flore Monocotylédones 100739 Hammarbya paludosa (L.) Kuntze 2 Flore Monocotylédones 106807 Luronium natans (L.) Raf., 1840 186 Flore Ptéridophytes 106993 Lycopodiella inundata (L.) Holub 31 Flore Ptéridophytes 107407 Marsilea quadrifolia L. 9 Flore Dicotylédones 109871 Oenanthe foucaudii Tess. 2 Flore Dicotylédones 110070 Omphalodes littoralis Lehm., 1818 84 Flore Ptéridophytes 110306 Ophioglossum azoricum C.Presl, 1845 2 Flore Monocotylédones 116352 Puccinellia foucaudii (Hack.) Holmb. 4 Flore Dicotylédones 117139 Ranunculus nodiflorus L. 4 Flore Dicotylédones 119582 Rumex rupestris Le Gall, 1850 58 36 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Flore Monocotylédones 124699 Spiranthes aestivalis (Poir.) Rich. 26 Flore Ptéridophytes 127178 Trichomanes speciosum Willd. 4 Flore Dicotylédones 134995 Genista tinctoria L. subsp. prostrata Corillion, Figureau & Godeau 2 Flore Dicotylédones 149523 Plantago holosteum Scop. var. littoralis (Rouy) Kerguélen 7 Invertébrés Coléoptères 159441 Limoniscus violaceus (P. W. J. Müller, 1821) 0 Invertébrés Lépidoptères 219788 Glaucopsyche arion (Linnaeus, 1758) 21 Invertébrés Lépidoptères 219789 Glaucopsyche teleius (Bergsträsser, 1779) 0 Invertébrés Lépidoptères 219791 Glaucopsyche alcon (Denis & Schiffermüller, 1775) 1 Invertébrés Araignées 233873 Arctosa fulvolineata (Lucas, 1846) 5 Invertébrés Araignées 233879 Pardosa bifasciata (C. L. Koch, 1834) 3 Invertébrés Araignées 233892 Pirata uliginosus (Thorell, 1856) 4 Invertébrés Araignées 234095 Enoplognatha mordax (Thorell, 1875) 19 Invertébrés Araignées 304428 Neon valentulus (Falconer, 1912) 2 Invertébrés Lépidoptères 416963 Gortyna borelii (Freyer, 1839) 0 Flore Bryophytes 434203 Hennediella heimii (Hedw.) R.H.Zander 0 Flore Bryophytes 434378 Campyliadelphus elodes (Lindb.) Kanda 1 Vertébrés Amphibiens 444441 Pelophylax lessonae (Camerano, 1882) 0 Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 37 OUTILS ET REPERES I N° 51 | Juillet 2015 10.6 Annexe 6 : Liste des espèces de faible occurrence Flore / Invertébrés / Vertébrés Groupes Code Taxref (INPN) Nom scientifique Priorité Vertébrés Amphibiens 212 Bombina variegata (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Amphibiens 235 Pelobates cultripes (Cuvier, 1829) 1 Invertébrés Araignées 1820 Argyroneta aquatica (Clerck, 1758) 1 Invertébrés Araignées 1885 Dolomedes plantarius (Clerck, 1758) 1 Invertébrés Araignées 1944 Trochosa spinipalpis (F.O. P.-Cambridge, 1895) 1 Vertébrés Oiseaux 1958 Anas crecca Linnaeus, 1758 2 Vertébrés Oiseaux 1975 Anas querquedula Linnaeus, 1758 1 Invertébrés Araignées 2108 Icius subinermis (Simon, 1937) 1 Vertébrés Oiseaux 2473 Botaurus stellaris (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 2477 Ixobrychus minutus (Linnaeus, 1766) 1 Vertébrés Oiseaux 2481 Nycticorax nycticorax (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2486 Ardeola ralloides (Scopoli, 1769) 3 Vertébrés Oiseaux 2508 Ardea purpurea Linnaeus, 1766 1 Vertébrés Oiseaux 2514 Ciconia nigra (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 2522 Plegadis falcinellus (Linnaeus, 1766) 3 Vertébrés Oiseaux 2530 Platalea leucorodia Linnaeus, 1758 2 Vertébrés Oiseaux 2534 Philomachus pugnax (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2543 Gallinago gallinago (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2563 Limosa limosa (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2576 Numenius arquata (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2741 Anser anser (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2873 Circaetus gallicus (Gmelin, 1788) 2 Vertébrés Oiseaux 2878 Circus aeruginosus (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 2881 Circus cyaneus (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3039 Porzana porzana (Linnaeus, 1766) 1 Vertébrés Oiseaux 3053 Crex crex (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3089 Tetrax tetrax (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 3116 Recurvirostra avosetta Linnaeus, 1758 2 Vertébrés Oiseaux 3142 Charadrius alexandrinus Linnaeus, 1758 1 Vertébrés Oiseaux 3342 Sterna sandvicensis Latham, 1787 3 Vertébrés Oiseaux 3343 Sterna hirundo Linnaeus, 1758 3 Vertébrés Oiseaux 3350 Sterna albifrons Pallas, 1764 1 Vertébrés Oiseaux 3367 Chlidonias hybridus (Pallas, 1811) 2 Vertébrés Oiseaux 3371 Chlidonias niger (Linnaeus, 1758) 2 Vertébrés Oiseaux 3601 Picus canus Gmelin, 1788 1 Vertébrés Oiseaux 3619 Dendrocopos medius (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Oiseaux 4172 Locustella luscinioides (Savi, 1824) 2 Vertébrés Oiseaux 4184 Acrocephalus paludicola (Vieillot, 1817) 2 Vertébrés Oiseaux 4221 Sylvia undata (Boddaert, 1783) 2 Flore Bryophytes 4761 Dicranum spurium Hedw. 1 Flore Bryophytes 4910 Rhodobryum roseum (Hedw.) Limpr. 1 Flore Bryophytes 6613 Kurzia pauciflora (Dicks.) Grolle 1 Flore Bryophytes 6750 Sphagnum fuscum (Schimp.) H.Klinggr. 1 Invertébrés Coléoptères 9562 Graphoderus bilineatus (de Geer, 1774) 1 Invertébrés Crustacés Décapodes 18419 Palaemonetes varians (Leach, 1814) 2 Invertébrés Crustacés Décapodes 18437 Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) 2 Invertébrés Lépidoptères 53248 Pyrgus cirsii (Rambur, 1839) 1 Invertébrés Lépidoptères 53621 Coenonympha oedippus (Fabricius, 1787) 1 Invertébrés Lépidoptères 53865 Euphydryas aurinia (Rottemburg, 1775) 2 Invertébrés Lépidoptères 53979 Lycaena dispar (Haworth, 1802) 2 Invertébrés Lépidoptères 54762 Eriogaster catax (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Lépidoptères 54837 Proserpinus proserpina (Pallas, 1772) 2 Vertébrés Mammifères 60330 Rhinolophus euryale Blasius, 1853 1 Vertébrés Mammifères 60345 Barbastella barbastellus (Schreber, 1774) 2 Invertébrés Gastéropodes 64140 Vertigo angustior Jeffreys, 1830 1 Invertébrés Gastéropodes 64141 Vertigo moulinsiana (Dupuy, 1849) 2 Invertébrés Bivalve 64435 Margaritifera margaritifera (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Odonates 65205 Lestes macrostigma (Eversmann, 1836) 1 Invertébrés Odonates 65231 Gomphus graslinii Rambur, 1842 1 38 | Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement Méthodologie de définition des territoires à enjeu pour la conservation de la biodiversité en Pays de la Loire Invertébrés Odonates 65236 Gomphus flavipes (Charpentier, 1825) 1 Invertébrés Odonates 65243 Ophiogomphus cecilia (Geoffroy in Fourcroy, 1785) 1 Invertébrés Odonates 65356 Leucorrhinia pectoralis (Charpentier, 1825) 1 Invertébrés Odonates 65361 Leucorrhinia caudalis (Charpentier, 1840) 1 Invertébrés Odonates 65366 Leucorrhinia albifrons (Burmeister, 1839) 1 Vertébrés Poissons 66315 Petromyzon marinus Linnaeus, 1758 1 Vertébrés Poissons 66330 Lampetra fluviatilis (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 66333 Lampetra planeri (Bloch, 1784) 1 Vertébrés Poissons 66967 Alosa alosa (Linnaeus, 1758) 1 Vertébrés Poissons 66996 Alosa fallax (Lacepède, 1803) 1 Vertébrés Poissons 67506 Cobitis taenia Linnaeus, 1758 1 Vertébrés Poissons 67765 Salmo salar Linnaeus, 1758 1 Vertébrés Reptiles 77600 Lacerta agilis Linnaeus, 1758 1 Vertébrés Mammifères 79301 Myotis bechsteinii (Kuhl, 1817) 1 Flore Dicotylédones 82715 Angelica heterocarpa J.Lloyd 2 Flore Dicotylédones 89191 Caropsis verticillatinundata (Thore) Rauschert 1 Flore Monocotylédones 92171 Coleanthus subtilis (Tratt.) Seidl 1 Flore Monocotylédones 100739 Hammarbya paludosa (L.) Kuntze 1 Flore Ptéridophytes 106993 Lycopodiella inundata (L.) Holub 1 Flore Ptéridophytes 107407 Marsilea quadrifolia L., 1753 1 Flore Dicotylédones 109871 Oenanthe foucaudii Tess., 1884 1 Flore Dicotylédones 110070 Omphalodes littoralis Lehm., 1818 1 Flore Ptéridophytes 110306 Ophioglossum azoricum C.Presl, 1845 1 Flore Monocotylédones 116352 Puccinellia foucaudii (Hack.) Holmb., 1928 1 Flore Dicotylédones 117139 Ranunculus nodiflorus L., 1753 1 Flore Dicotylédones 119582 Rumex rupestris Le Gall, 1850 1 Flore Monocotylédones 124699 Spiranthes aestivalis (Poir.) Rich. 1 Flore Ptéridophytes 127178 Vandenboschia speciosa (Willd.) Kunkel, 1966 1 Flore Dicotylédones 134995 Genista tinctoria L. subsp. prostrata Corillion, Figureau & Godeau 1 Flore Dicotylédones 149523 Plantago holosteum Scop. var. littoralis (Rouy) Kerguélen 1 Invertébrés Coléoptères 159441 Limoniscus violaceus (P. W. J. Müller, 1821) 2 Invertébrés Lépidoptères 219788 Glaucopsyche arion (Linnaeus, 1758) 1 Invertébrés Lépidoptères 219789 Glaucopsyche teleius (Bergsträsser, 1779) 1 Invertébrés Lépidoptères 219791 Glaucopsyche alcon (Denis & Schiffermüller, 1775) 1 Invertébrés Araignées 233873 Arctosa fulvolineata (Lucas, 1846) 1 Invertébrés Araignées 233879 Pardosa bifasciata (C. L. Koch, 1834) 1 Invertébrés Araignées 233892 Pirata uliginosus (Thorell, 1856) 1 Invertébrés Araignées 234095 Enoplognatha mordax (Thorell, 1875) 1 Invertébrés Araignées 304428 Neon valentulus (Falconer, 1912) 1 Invertébrés Lépidoptères 416963 Gortyna borelii (Freyer, 1839) 1 Flore Bryophytes 434203 Hennediella heimii (Hedw.) R.H.Zander 1 Flore Bryophytes 434378 Campyliadelphus elodes (Lindb.) Kanda 1 Vertébrés Amphibiens 444441 Pelophylax lessonae (Camerano, 1882) 1 Service ressources naturelles et paysages ? Services connaissance des territoires et évaluation | 39 Direction régionale de l'environnement , de l'aménagement et du logement Service Ressources Naturelles et Paysages / Service Connaissance des Territoires et Évaluation 5, rue Françoise Giroud CS 16326 44263 NANTES cedex22 Tél: 02 72 74 73 00 Directrice de publication: Annick Bonneville ISBN: 978-2-11-099538-4 Rédaction et mise en forme: Chloé Monfort chloe.monfort@developpement-durable.gouv.fr Ronan Vignard ronan.vignard@developpement-durable.gouv.fr mailto:chloe.monfort@developpement-durable.gouv.fr mailto:ronan.vignard@developpement-durable.gouv.fr  01 Page de garde_v2  02 Méthodologie de calcul de l'indicateur SCAP - mise en forme v10  1 Introduction  2 Objectif  3 Critères  4 Détermination de la liste régionale des espèces SCAP  5 Consolidation et bancarisation des données  5.1 Collecte des données  5.2 Livrables attendus  5.2.1 Tronc commun des données attributaires  5.3 Consolidation des données  5.3.1 Sélection des données à consolider  5.3.1.1 Lots de données consolidés au format fichier  5.3.1.2 Données non consolidées au format fichier  5.3.2 Agrégation des données par type de géométrie  5.4 Création d'une base de données régionale dans le Système de gestion de base de données  5.4.1 Méthodologie  5.4.2 Alimentation  5.4.3 Consolidation spécifique pour les données oiseaux  6 Traitements intermédiaires préalables au calcul de l'indicateur  6.1 Traitements  6.1.1 Objectif  6.1.2 Requête  6.1.3 Résultat  6.1.4 Calculs de distribution à effectuer  6.1.4.1 Recensement des espèces par maille  6.1.4.2 Cas particuliers  6.1.4.3 Nombre de mailles vides  6.1.4.4 Priorité des espèces par mailles-espèces  7 Calcul de l'indicateur SCAP  7.1 Composition de l'indicateur  7.2 Calculer le nombre d'espèces à faible occurrence dans chaque maille  7.2.1 Quelles sont les espèces à faible occurrence?  7.2.1.1 Sélection des espèces avec une occurrence inférieure à 100  7.2.1.2 Suppression des doublons  7.2.1.3 Création de la liste des espèces à faible occurrence  7.2.1.4 Résultat  7.2.2 Calculer le nombre d'espèces à faible occurrence pour chaque maille  7.2.2.1 Création d'une vue avec les espèces à faible occurrence  7.2.2.2 Calcul du nombre d'occurrence d'espèce de faible occurrence par maille  7.2.2.3 Résultat et interprétation  7.3 Calculer le nombre d'espèces présentes dans chaque maille  7.4 Calculer le nombre d'espèces de priorité 1 présentes dans chaque maille  7.5 Calculer un indice de synthèse  7.5.1 Création des tables intermédiaires  7.5.1.1 Création d'une table grille-espèces de faible occurrence  7.5.1.2 Création d'une table grille-espèces SCAP  7.5.1.3 Création d'une table grille-espèces SCAP de priorité 1  7.5.1.4 Agrégation des trois tables précédentes  7.5.2 Calcul de l'indicateur dans la table  7.5.2.1 Méthode 1: avec PostGIS  7.5.2.2 Méthode 2: avec GéoKettle  7.5.2.3 Résultat  8 Production de la carte des secteurs SCAP retenus  8.1 Sélection automatique de mailles  8.2 Sélection de mailles à dire d'expert  8.3 Création des secteurs retenus  8.3.1 Agrégation des mailles retenues  8.3.2 Définition d'un tampon  8.4 Résultat final  8.5 Bilan  8.5.1 Des réussistes...  8.5.2 ...et quelques difficultés  9 Remerciements  10 Annexes  10.1 Annexe 1: Liste des espèces SCAP en Pays de la Loire  10.2 Annexe 2: Transformation GeoKettle pour agréger les données ponctuelles  10.3 Annexe 3: Dictionnaire des données- tables de la base  10.4 Annexe 4: Dictionnaire des données- vues de la base  10.5 Annexe 5: Tableau du nombre d'occurrence des espèces par mailles-espèces  10.6 Annexe 6: Liste des espèces de faible occurrence  10 Quatrième de couverturev3