Guide relatif 2025 à la désignation des sites Natura 2000
Auteur moral
Natura 2000
Auteur secondaire
Résumé
"Découvrez le nouveau guide relatif à la désignation des sites Natura 2000 ! Constitué d'un ensemble de sites naturels, terrestres et marins, le réseau Natura 2000 vise à assurer la survie à long terme des espèces et des habitats particulièrement menacés, à forts enjeux de conservation en Europe. Ce document de référence compile désormais l'ensemble des textes relatifs à la création ou à la modification des sites Natura 2000, tout en prenant compte des évolutions liées à la décentralisation de la gestion des sites exclusivement terrestres. Bien que le réseau Natura 2000 soit globalement stabilisé sur le territoire national, ce guide rappelle que des créations de sites restent possibles et pertinentes pour améliorer la couverture de certains enjeux ciblés. Les évolutions de périmètre permettent également d'améliorer la lisibilité du périmètre pour les acteurs locaux, de renforcer la cohérence écologique des sites, d'améliorer leur gestion ou encore d'intégrer de nouveaux enjeux environnementaux. A destination de tous les professionnels impliqués dans la désignation des sites Natura 2000, leur gestion ou l'évolution du réseau Natura 2000, ce guide est un outil indispensable pour continuer de préserver la biodiversité à l'échelle européenne. "
Editeur
Natura 2000
Descripteur Urbamet
ressources naturelles
Descripteur écoplanete
protection de l'environnement
;site Natura 2000
;droit
Thème
Administration publique
;Nature
Texte intégral
Guide relatif
à la désignation
des sites
Natura 2000
2 0 2 5
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
2
? Circulaire DNP/SDEN n°2104 du 21 novembre
2001 relative à la procédure de désignation des
sites Natura 2000.
? Circulaire DNP/SDEN n°2004-2 du 23 novembre
2004 relative à l?achèvement du réseau Natura
2000 et à la relance du processus de désignation.
? Circulaire DNP/SDEN n°2005/1 du 4 février 2005
relative aux instructions techniques pour les pro-
cédures de proposition des sites Natura 2000
et les modifications de données concernant les
sites déjà proposés.
? Circulaire DAJ/SD/D2P n°2005-020403 et DNP/
SDEN n°2005/3 du 4 avril 2005 relative à l?achè-
vement du réseau Natura 2000 et à la procédure
particulière pour les projets comprenant des ter-
rains militaires.
? Circulaire DNP/SDEN n°2007 du 20 novembre
2007 relative aux compléments à apporter au
réseau Natura 2000 en mer et aux instructions
pour la désignation des sites.
? Circulaire DNP/SDEN n°2008/1 du 06 mai 2008
relative aux évolutions du réseau Natura 2000 (hors
marin) et aux instructions pour la proposition de
sites nouveaux ou la modification de sites existants.
? Note du 4 janvier 2012 relative à la désignation
des sites Natura 2000.
? Guide méthodologique de Saisie des Formulaires
Standards de Données des sites Natura 2000,
(PatriNat 2015).
? Instruction du Gouvernement du 15 juillet 2016
relative au processus de désignation des sites
Natura 2000 complémentaires au-delà de la mer
territoriale.
Liste des documents
fusionnés et abrogés
dans ce guide :
Glossaire et liste
des abréviations :
ARP : Analyse risque pêche
CE : Commission européenne
COMZT : Commandant de zone terre
CZM : Commandant de zone maritime
Consultation du public arrêté Natura
2000 : étape réalisée sur le projet d?arrêté
publié sur le site officiel des consultations
publiques. La période de consultation des
projets d?arrêté Natura 2000 est de 21 jours
durant laquelle les citoyens peuvent donner
leur avis, poser des questions et soumettre
des suggestions concernant le projet. Cette
étape est réalisée par le ministère en charge
de l?environnement.
DEB : Direction de l?eau et de la biodiversité
Directive « Habitats-Faune-Flore » : aus-
si appelée directive 92/43/CEE du 21 mai
1992 modifiée par la directive 97/62/CEE,
elle concerne la conservation des habitats
naturels ainsi que de la faune et de la flore
sauvages
Directive « Oiseaux » : aussi appelée direc-
tive 2009/147/CE du 30 novembre 2009,
c?est une directive prise par l'Union euro-
péenne afin de promouvoir la protection
et la gestion des populations d'espèces
d'oiseaux sauvages du territoire européen
EIC : Espèce d?intérêt communautaire
EIN : Evaluation d?incidences Natura 2000
Espèce non-significative : les espèces rare-
ment observées dans un site Natura 2000
sont évaluées en présence non-significative.
Le critère de « présence significative » rem-
place la classe « D » du champ « Popula-
tion », évaluant la représentativité des es-
pèces et des habitats au sein du Formulaire
standard de données.
ET5 : Bureau des outils territoriaux de la
biodiversité
FSD : Formulaire standard de données
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
33
Habitat non-significatif : les habitats sont évalués
comme non-significatifs lorsqu?ils sont « à faible va-
leur de conservation » et ne peuvent pas être restau-
rés. Le critère de « présence significative » remplace
la classe « D » du champ « Population », évaluant la
représentativité des espèces et des habitats.
HIC : Habitat d?intérêt communautaire
NAF : Note des autorités françaises, note de la France
transmise à la Commission européenne
PatriNat : assure des missions d?expertise et de ges-
tion des connaissances sur la biodiversité et la géo-
diversité pour ses quatre tutelles : l?Office français de
la biodiversité (OFB), le Muséum national d?Histoire
naturelle (MNHN), le Centre national de la recherche
scientifique (CNRS) et l'Institut pour la recherche et
le développement (IRD)
pSIC : Proposition de site d?intérêt communautaire.
Le Ministre chargé de l?environnement notifie les
propositions de sites d?importance communau-
taire (pSIC) auprès de la Commission européenne.
Après évaluation communautaire, les sites retenus
deviennent des Sites d?Importance Communautaire
(SIC). L?État doit alors les désigner en droit français
sous le nom de Zone Spéciale de Conservation (ZSC).
SIC : Site d?intérêt communautaire. La Directive Ha-
bitats, Faune, Flore n° 92/43/CEE a motivé la désigna-
tion des Sites d?Importance Communautaire (SIC).
Site majoritairement marin : Site dont la surface
marine est supérieure à 50%
Site majoritairement terrestre : Site dont la surface
terrestre est supérieure à 50%
Site mixte : Site composé de surface marine et ter-
restre
SNAP : Stratégie nationale des aires protégées
ZPS : Zone de protection spéciale
ZSC : Zone spéciale de conservation
Zone tampon : espace physique, situé à l?intérieur
du site, entre les milieux naturels abritant les espèces
ou les habitats justifiant la désignation du site et une
source de pressions extérieure au site Natura 2000,
et dont l?utilité pour préserver ces habitats et es-
pèces de l?effet des pressions extérieures est avérée.
Il peut s?agir d?une zone permettant d?atténuer ou
de supprimer directement l?impact des pressions,
via des processus physiques ou naturels intrinsèques
aux éléments de biodiversité présents (par exemple
bande enherbée, linéaire boisé), ou de sur-
faces au sein desquelles la mise en oeuvre
de la politique Natura 2000 est susceptible
de modifier les pratiques impactantes (par
exemple régulation de la fréquentation, limi-
tation de l?emploi d?intrants agricoles).
Restauration des habitats : processus in-
tentionnel visant à permettre la récupéra-
tion, de façon pérenne, d?un habitat ayant
subi des dégradations et ciblant un état de
référence, défini par un état approprié de
l'ensemble de ses composantes (biotiques,
abiotiques et fonctionnelles) garantissant
son intégrité à long terme. La restauration
correspond à un ensemble d?interventions
intégrant deux volets, selon le niveau de dé-
gradation et ses causes : (i) s?assurer que les
pressions ayant mené aux dégradations sont
levées ou atténuées à un niveau permettant
la récupération naturelle de l?écosystème, (ii)
si l?intervention sur les pressions en cause ne
suffit pas au regard de l?objectif de restaura-
tion, mettre en oeuvre des interventions sur
les composantes de l'habitat dégradé pour
assister voire accélérer sa récupération.
Un habitat dont la restauration ne serait
pas réalisable doit être documenté par le
constat qu?aucune mesure de restauration
ne peut être appliquée pour restaurer l?ha-
bitat et ses processus. Par exemple, lorsque
sa détérioration est causée par des transfor-
mations inévitables mondiales ou régionales
en cours, ou par une action ou une absence
d?action de pays tiers qui n?est pas imputable
à l?État membre concerné. Mais aussi lorsque
le rapport coût-bénéfices de telles mesures
ne serait ni efficace ni viable, compte tenu
de l?état de dégradation de l?habitat, du
temps nécessaire pour atteindre son état de
référence et des avantages pour la biodiver-
sité et les services écosystémiques résultant
de sa potentielle restauration. Aussi, dans le
cas d'un habitat prioritaire ou d?un habitat
singulier en raison de sa rareté dans la région
biogéographique ou situé en dehors de son
aire de répartition naturelle, sa superficie
au sein du site et la représentativité du site
pour cet habitat à l?échelle biogéographique
doit également être considérée, en plus des
raisons pour lesquelles sa restauration n?est
pas possible.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
4
SOMMAIRE
4
C H A P I T R E 1 p.7
Avant-propos p.8
C H A P I T R E 2 p.10
Habitats et espèces justifiant la désignation d?un site Natura 2000 p.12
PARTIE 1 - Choix des habitats et espèces justifiant la désignation d?un site Natura 2000 p.12
PARTIE 2 - Habitats et espèces justifiant la désignation
et évaluation d?incidences Natura 2000 p.13
C H A P I T R E 3 p.15
Les différents cas de désignation de site Natura 2000 p.16
PARTIE 1 - Procédure générale : création ou modification de site Natura 2000 p.17
PARTIE 2 - Procédure générale avec prise en compte de retrait de surface :
modification de site Natura 2000 p.17
A. Le critère « correction d?une erreur scientifique » p.18
B. Le critère « évolution naturelle » p.18
C. Le critère « application de l?article 6, paragraphe 4 de la directive « Habitats » p.19
PARTIE 3 - Procédure d?ajustement de périmètre p.20
PARTIE 4 - Procédure de fusion/scission de site Natura 2000 p.20
C H A P I T R E 4 p.22
Procédures à suivre p.24
PARTIE 1 - Procédure générale de création ou modification de site Natura 2000 p.24
Étape 1 : La décision de créer ou de modifier un site Natura 2000 p.24
Étape 2 : La validation scientifique du projet (obligatoire lors de retrait de surface) p.25
A. Informations nécessaires à l?avis p.26
B. Cartographie nécessaire à l?avis p.26
C. Données écologiques, résultats d?inventaires et publications nécessaires à l?avis p.26
Étape 3 : Les concertations et consultations p.28
A. La consultation des autorités militaires p.28
B. Cartographie nécessaire à l?avis p.28
C. Données écologiques, résultats d?inventaires et publications nécessaires à l?avis p.28
D. La fiche de synthèse p.30
Étape 4 : Envoi et instruction des dossiers à la DEB et à PatriNat p.30
Étape 5 : Transmission des dossiers à la CE p.33
A. Transmission CE et application contrats et charte p.34
B. Transmission CE et application des évaluations d?incidences Natura 2000 p.34
Étape 6 : Rédaction et publication des arrêtés ministériel p.35
PARTIE 2 - Procédure d?ajustement de périmètre p.35
PARTIE 3 - Procédure de fusion/scission de site Natura 2000 p.36
A. Fusion de sites p.36
B. Scission de sites p.36
PARTIE 4 - Changement de nom de site Natura 2000 p.36
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
5
C H A P I T R E 5 p.39
Mise à jour des informations scientifiques du FSD p.40
PARTIE 1 - Fonctionnement p.40
PARTIE 2 - Arrêtés balais p.41
C H A P I T R E 6 p.44
Annexes p.44
Avant-propos
C H A P I T R E 1
7
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
8
CHAPITRE 1
Avant-propos
Le réseau Natura 2000 est un réseau européen de sites naturels destiné à protéger des espèces et
des habitats remarquables à l?échelle européenne. Les sites Natura 2000 sont issus de deux direc-
tives européennes, la directive 92/43/CEE de 1992 aussi appelée directive « Habitats-Faune-Flore »
et la directive 2009/147/CE de 2009 (dont la première adoption date de 1979) aussi appelée di-
rective « Oiseaux ». Leurs dispositions ont été transposées en droit français aux articles L.414-1 et
suivants et R.414-1 et suivants du code de l?environnement.
Le réseau des sites Natura 2000 contribue significativement à la politique française de protection
des espaces naturels, telle que notamment matérialisée par la Stratégie nationale pour les aires
protégées (SNAP) prévue au L.110-4 du code de l?environnement.
Le réseau français Natura 2000 est considéré comme globalement suffisant et stabilisé depuis 2018,
à la suite d?un effort considérable impliquant plus de 400 nouvelles propositions de sites terrestres
et marins transmises à la Commission européenne. L?année 2016 a été marquée pour le réseau
Natura 2000 français par de nouvelles insuffisances constatées par la Commission européenne,
concernant majoritairement le milieu marin. Ainsi, le réseau Natura 2000 marin, plus récent, a
connu une large extension avec notamment la désignation des sites aux larges en 2018. Des exten-
sions ou créations supplémentaires sont toutefois attendues afin de compléter la suffisance du ré-
seau et améliorer la couverture de certains enjeux ciblés pour lesquels la Commission européenne
constate des insuffisances résiduelles.
La loi 3DS du 21 février 2022 a partiellement décentralisé la compétence de gestion des sites Na-
tura 2000. Ainsi, le rôle d'autorité administrative des sites exclusivement terrestres relève, depuis le
1er janvier 2023, de la compétence des conseils régionaux, ou en Corse, de la Collectivité de Corse.
Par ailleurs, en vertu de l'article 33 de la loi n°2020-1508 (ou DADDUE), les régions assument aussi le
rôle d'autorité de gestion des fonds européens. À ce titre, elles financent les actions de gestion de
tous les sites Natura 2000 exclusivement terrestres et les parties terrestres des sites mixtes. L'État
demeure autorité administrative des sites mixtes et marins et assure les missions de désignation
des sites, de rapportage à la Commission européenne et d'instruction des évaluations des inci-
dences Natura 2000 (EIN).
Même globalement stabilisé, le réseau Natura 2000 français continue d?évoluer et doit faire face à
des enjeux nouveaux.
En premier lieu, certains périmètres de sites désignés de longue date peuvent ne plus s?avérer perti-
nents du fait de la progression des outils de cartographie et des connaissances. Il peut alors s?avérer
nécessaire de les étendre, les scinder ou encore les fusionner pour améliorer la gestion des sites et
mieux répondre aux objectifs de conservation définis initialement.
Ensuite, des extensions ou créations de sites Natura 2000 peuvent découler de la mise en oeuvre
des stratégies nationales (stratégie nationale pour la biodiversité 2030, stratégie nationale pour
les aires protégées et plans d?action territoriaux). La modification de sites Natura 2000 peut éga-
lement être une conséquence des dernières demandes de la Commission européenne d?améliora-
tion de la suffisance du réseau.
https://www.legifrance.gouv.fr/codes/section_lc/LEGITEXT000006074220/LEGISCTA000006176524/#LEGISCTA000006176524
https://www.legifrance.gouv.fr/codes/section_lc/LEGITEXT000006074220/LEGISCTA000006176885/#LEGISCTA000006176885
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
99
Ce document se présente comme un guide technique à l?attention de tous les agents de l?adminis-
tration centrale ou des services déconcentrés impliqués dans le processus de désignation de sites
Natura 2000 et à visée informative pour d?autres acteurs, notamment les agents des conseils régio-
naux impliqués dans la compétence Natura 2000, ainsi que les animateurs de site Natura 2000. Ce
guide a été élaboré sous le pilotage du bureau des outils territoriaux de la biodiversité de la Direc-
tion de l?eau et de la biodiversité, en association étroite avec les services des DREAL, des régions,
le bureau en charge de Natura 2000 au sein du ministère des armées et PatriNat.
Ainsi, les objectifs de ce guide sont de :
? rassembler en un seul document l?ensemble des textes (notes, circulaires, etc.) relatifs à la créa-
tion ou à la modification des sites Natura 2000, qu?ils soient terrestres, mixtes ou marins.
? actualiser la procédure, pour prendre en compte les dernières évolutions en matière de contrôle
des évolutions de périmètre des sites Natura 2000 par la Commission européenne.
? prendre en compte les modifications engendrées par la décentralisation de la gestion des sites
Natura 2000 exclusivement terrestres aux conseils régionaux et à la Collectivité de Corse (appli-
cation de la limite terre-mer, consultation du conseil régional, etc.).
? prendre en compte l?actualisation par le ministère des armées de la procédure de consultation
des autorités militaires.
La procédure de désignation de création ou de modification de site s?articule différemment selon
la directive à laquelle le site est rattaché. Les zones spéciales de conservation (ZSC) sont issues de
la directive « Habitats-Faune-Flore » tandis que les zones de protection spéciales (ZPS) sont issues
de la directive « Oiseaux ».
Du fait de l?intervention de plusieurs catégories d?acteurs, la procédure peut se révéler complexe à
mettre en place. Ce guide a pour objectif de décomposer pas à pas chaque étape de la procédure
pour une meilleure compréhension de la démarche. Avant de détailler ces étapes, il convient de
se familiariser avec le schéma global de la procédure de désignation de site ZSC et ZPS disponible
en annexe I. La répartition des rôles entre les différents services est détaillée dans la section IV.
Procédures à suivre.
Enfin, le périmètre du guide concerne la procédure de désignation depuis la décision de création
ou d?extension d?un site Natura 2000 jusqu?à la prise d?un arrêté ministériel ou interministériel.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
10
Habitats
et espèces
justifiant
la désignation
d?un site
Natura 2000
C H A P I T R E 2
10
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
11
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
12
La désignation d?un site Natura 2000 implique en premier lieu d?en déterminer le périmètre. Ce
périmètre résulte de la présence d?habitats ou d?espèces propres à justifier la désignation du site.
Les annexes I et II de la directive « Habitats-Faune-Flore », ainsi que l?annexe I et la liste des migra-
teurs hors annexe I de la directive « Oiseaux », comportent respectivement les listes des habitats,
des espèces animales et végétales et de certaines espèces d?oiseaux dont la conservation nécessite
la désignation de sites Natura 2000, avec l?indication, pour la directive Habitats, des habitats et
espèces prioritaires1.
1 Types d'habitats et d?espèces naturels pour lesquels l?Union européenne porte une responsabilité particulière compte tenu de l'impor-
tance de la part de leur aire de répartition naturelle (article premier de la directive Habitats-Faune-Flore)
PARTIE 1
Choix des habitats et espèces justifiant
la désignation d?un site Natura 2000
La désignation des espèces et habitats qui justi-
fient la délimitation du site Natura 2000 porte
sur des données scientifiques obtenues majo-
ritairement par des inventaires naturalistes et
historiquement par dire d?expert.
Les directives Nature, les éléments de doctrine
de la Commission européenne et le nouveau
format de remplissage des FSD adopté en 2024
impliquent que l?ensemble des espèces et des
habitats présents dans le périmètre du site, et
considérés comme d?intérêt communautaire,
doivent être mentionnés dans le FSD (dès lors
que des données de présence existent) et sont
l?objet de la désignation du site, que ces espèces
ou habitats soient ou non jugés « significatifs » :
Concernant les sites ZSC, ces textes requièrent
donc d?inclure toutes les espèces et habitats
présents sur le site et appartenant aux annexes
I et II de la directive Habitats.
Pour les sites ZPS, ces textes requièrent donc
d?inclure toutes les espèces annexe I de la di-
rective Oiseaux et les migrateurs non annexe I
présents sur le site.
Ces informations sont à compléter dans le FSD
sur l?application : https://fsd-natura2000.mnhn.
fr. Pour toute question concernant le remplis-
sage des champs, il convient de se référer au
guide méthodologique de saisie des FSD Natura
2000 paru en 2025.
Si une espèce ou un habitat est identifié comme
« non significatif », le champ du FSD correspon-
dant devra être renseigné en conséquence. Les
espèces et habitats dont la présence est jugée
non significative figurant dans les annexes des
directives natures justifient la désignation du
site Natura 2000. Néanmoins, leur inscription
CHAPITRE 2
Habitats et espèces
justifiant la désignation
d?un site Natura 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
PARTIE 1
PARTIE 2
Habitats et espèces justifiant la désignation
et évaluation d?incidences Natura 2000
au FSD et arrêté ministériel n'entraîne pas né-
cessairement la mise en place de mesures de
gestion ni la réalisation d'une évaluation d'in-
cidence.
L?ensemble de ces éléments sera repris pour
réaliser l?annexe à l?arrêté ministériel de la liste
d?espèces et habitats justifiant la désignation
du site Natura 2000.
Le code de l?environnement (article L.414-4)
prévoit que lorsque des documents de plani-
fication, activités ou projets sont susceptibles
d'affecter de manière significative un site Natu-
ra 2000, individuellement ou en raison de leurs
effets cumulés, une évaluation des incidences
Natura 2000 (EIN) est à réaliser ou pour le cas
particulier de la pêche maritime, une analyse
risque pêche (ARP). Ces EIN (ou ARP) sont effec-
tuées au regard des objectifs de conservation
du site. Néanmoins, il convient de préciser que
seuls les espèces ou types d?habitats justifiant
la désignation du site et dont la présence sur le
site est significative au sens du FSD doivent obli-
gatoirement faire l?objet d?une évaluation d?in-
cidences Natura 2000 ou d?une analyse risque
pêche. Cette précision provient du document
de la Commission européenne intitulé « Évalua-
tion des plans et projets relatifs aux sites Natura
2000 ? Guide de conseils méthodologiques de
l?article 6, paragraphes 3 et 4, de la directive
« Habitats » 92/43/CEE ». Dans ce communiqué,
il est précisé que seules les espèces significatives
sont soumises à évaluation d?incidences Na-
tura 2000 : « Les informations fournies dans le
formulaire standard des données Natura 2000
constituent le point de départ pour recenser les
types d?habitats et les espèces qui sont présents
de manière significative sur le site et qui pour-
raient être affectés par le plan ou le projet ».
Il peut arriver que le contenu des FSD évolue,
sans que les arrêtés ministériels de désignation
ne soient revus avant un certain temps. Dans
ce cas, il convient de considérer que le contenu
des FSD fait référence et de prendre en compte
les espèces et habitats des directives listés au
titre des enjeux « présents » sur le site.
13
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
15
Les différents
cas de
désignation
de site Natura
2000
C H A P I T R E 3
15
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
16
CHAPITRE 3
Les différents cas
de désignation de site
Natura 2000
La procédure de désignation des sites est encadrée pour la partie législative par l?article L.414-1 du
code de l?environnement, ainsi que, pour la partie réglementaire, par les articles R.414-3 à R.414-7.
Projet de site natura 2000
Modification
de périmètre
Extension
de site sans retrait
de surface
Modification
dans l?épaisseur
du trait
Extension
de site avec retrait
de surface
CONTRÔLE DES
RETRAITS SELON
LES 3 CRITÈRES
Procédure générale
de création ou
modification de
site Natura 2000
Fusion ou
scission de site
Procédure
de fusion/scission
de site Natura 2000
Procédure générale
avec prise en compte
de retrait de surface :
modification de site
Natura 2000
Procédure
générale
d?ajustement de
périmètre
03 03 03
III. 4III. 1
02
Création
de périmètre
02
02
III. 2
III. 3III. 1
Procédure générale de
création ou modification
de site Natura 2000
0404
01
040404
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
PARTIE 1
Procédure générale :
création ou modification
du site Natura 2000
PARTIE 2
Procédure générale
avec prise en compte
de retrait de surface :
modification de site
Natura 2000
Dans le contexte actuel, le réseau Natura 2000 est
globalement suffisant, même si des créations et
extensions permettent d?améliorer la cohérence
globale du réseau et visent à pallier les insuffisances
résiduelles qui persistent.
Il est recommandé de n?opérer d?éventuelles modi-
fications de périmètre qu?une fois le DOCOB vali-
dé ou approuvé afin d?assurer un meilleur suivi des
procédures en cours.
La procédure à suivre est détaillée dans le para-
graphe IV.1.
Comme mentionné précédemment, il subsiste des
cas qui peuvent justifier la désignation de nouveaux
sites Natura 2000 en création ou en extension :
Lorsque la modification d?un périmètre Na-
tura 2000 engendre des retraits de surfaces,
ces derniers sont encadrés et sont validés
au niveau du Ministère en charge de l?envi-
ronnement puis par la Commission euro-
péenne selon certains motifs. Ces retraits,
même s?ils sont compensés par des ajouts
de surface supérieurs, doivent toujours être
justifiés. Dans tous ces cas, un dossier doit
être constitué par les services de l'Etat et
un avis de PatriNat doit être rendu.
La procédure à suivre est détaillée dans le
paragraphe IV.1.
Les trois motifs de justification de retraits
sont les suivants :
? les évaluations de l?état de conservation
des habitats et espèces peuvent conduire à
renforcer le réseau pour certaines espèces
et habitats considérés comme dans un état
de conservation défavorable ;
? les insuffisances de désignation d?espèces
animales, végétales ou d?habitats dans le
cadre de précontentieux ou contentieux
avec l?Union Européenne ;
? l?acquisition de nouvelles connaissances
qui peuvent faire apparaître l?intérêt ma-
jeur de certains secteurs non retenus ini-
tialement dans le réseau (taxonomie ou
distribution des espèces et habitats) ;
? les mesures compensatoires ? au sens de
l?article 6-4 de la DHFF ? prises en contre-
partie de la réalisation de plans ou projets
ayant une incidence notable sur un site
Natura 2000, qui peuvent donner lieu à la
création de nouveaux sites. La désignation
d?un nouveau site Natura 2000 ne consti-
tue pas ici une mesure compensatoire,
mais la simple conséquence de cette me-
sure.
? correction d'une erreur scienti-
fique ;
? prise en compte d?une évolution
naturelle (par exemple, due au
changement climatique) ;
? application de l?article 6, para-
graphe 4 de la directive Habitats
(un projet porte atteinte à l?inté-
grité d?un site).
17
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
1818
B. LE CRITÈRE « ÉVOLUTION
NATURELLE »
Des évolutions naturelles peuvent faire dis-
paraître les habitats ou espèces présentes
lors de la désignation de certains sites, sans
possibilité de restauration par des actions
adaptées. Pour ce motif, il est nécessaire
de démontrer que les évolutions naturelles
ne sont pas engendrées directement par
l?homme (hors changement climatique),
qu?elles ne permettent plus le maintien des
habitats et espèces ayant justifié la dési-
gnation du site, et que tout a été mis en
oeuvre pour lutter contre cette évolution
naturelle. Ainsi les disparitions d?espèce ou
d?habitat par défaut de gestion, incluant
notamment la fermeture de milieux ouverts
d?intérêt écologique, ne constituent pas un
motif recevable.
Par exemple, l?érosion d?une zone de re-
production d?espèce d?intérêt communau-
taire due à la montée du niveau de la mer
constitue une situation justifiant le retrait
du secteur ou la suppression du site par le
critère d?évolution naturelle. En revanche,
si la disparition des espèces ou des habitats
est temporaire et si leur rétablissement est
envisageable, soit naturellement (exemple :
aléa climatique), soit à la suite d?interven-
tions humaines pertinentes, le secteur ou
le site doit être maintenu dans le réseau.
Dans le cas de retrait de surface important
ou de suppression de site, une nouvelle
création ou une extension de site permet-
tant de maintenir la cohérence et la suffi-
sance du réseau est à établir.
A . LE CRITÈRE « CORRECTION
D?UNE ERREUR SCIENTIFIQUE »
Les quatre conditions suivantes2 doivent être res-
pectées pour justifier des retraits de surface dans
le cas d?une erreur scientifique :
? « Il peut être scientifiquement prouvé que la zone
n'avait pas de valeur pour les habitats/espèces d'in-
térêt communautaire pour lesquels la désignation
du site Natura 2000 a été initialement proposée.
? Il peut être scientifiquement prouvé que la zone
n'est pas devenue entre-temps importante pour
les habitats/espèces d'intérêt communautaire -
non seulement ceux pour lesquels le site Natura
2000 a été initialement proposé pour désignation,
mais aussi d'autres (même s'ils n'ont pas encore
été mentionnés dans le formulaire de données
standard).
? La zone n'est pas nécessaire à l'intégrité du site
(par exemple, il ne s'agit pas d'une zone tampon,
d'une zone de restauration à venir ou d'une zone
remplissant d'autres fonctions importantes)(voir
glossaire).
? Elle n'a pas d'intérêt substantiel, y compris un
potentiel pour aider à atteindre les objectifs des
directives Nature, à la fois au niveau national et
au niveau de l'UE, en fournissant par exemple des
zones importantes pour la restauration ou la re-
création de types d'habitats ou d'habitats.» (Doc
Nadeg 19-05-03).
La justification d?absence d?habitat ou d?espèce
d?intérêt communautaire lors de la désignation ini-
tiale du site peut dans certains cas s?avérer com-
plexe dans la mesure où de nombreux sites ont été
désignés dans les années 2000 sur la base de dires
d?experts. Il convient de s?appuyer sur les inven-
taires naturalistes réalisés dans les premières années
des sites ou sur des photos aériennes pour justifier
de l?absence des habitats et/ou espèces d?intérêt
communautaire qui ont justifié la désignation du
site. En effet, il peut être démontrable grâce aux
photos aériennes que des zones retirées étaient
dans le même état au moment de la désignation.
2 Doctrine de la Commission européenne transmise le 03/05/2019
lors du 12ème meeting du groupe d?expert sur les directives habitats
et oiseaux (NADEG expert group)
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
19
C. LE CRITÈRE « APPLICATION
DE L?ARTICLE 6, PAR AGR APHE 4
DE L A DIRECTIVE « HABITATS »
Lorsque des sites Natura 2000 ne sont plus en me-
sure d?atteindre des objectifs de conservation fa-
vorables en raison d?une application correcte de
l?article 6, paragraphe 4 de la directive Habitats,
Faune, Flore, le déclassement d?un site ou de cer-
taines zones d?un site peut être justifié: « Si, en
dépit de conclusions négatives de l'évaluation des
incidences sur le site et en l'absence de solutions
alternatives, un plan ou projet doit néanmoins être
réalisé pour des raisons impératives d'intérêt pu-
blic majeur, y compris de nature sociale ou écono-
mique (?), » Alors, la directive dispose que « l'État
membre prend toute mesure compensatoire né-
cessaire pour assurer que la cohérence globale de
Natura 2000 est protégée », ce qui peut impliquer
le déclassement de la zone concernée. Dans ce
cas, « L'État membre informe la Commission des
mesures compensatoires adoptées ». Néanmoins,
lorsque les retraits impactent de manière significa-
tive les objectifs de conservation du réseau Natura
2000, il convient, dans la mesure du possible, de
désigner de nouvelles surfaces comportant des
habitats et des espèces d?intérêt communautaire
similaires.
Le motif d?application de l?article 6, paragraphe 4
de la directive « Habitats » s?emploie lorsque des
projets ayant une incidence notable sur un site Na-
tura 2000 ont été acceptés pour des raisons d?inté-
rêt public majeur. Le déclassement du site est une
procédure qui s?étudie au cas par cas.
Enfin, il convient de préciser que
l?application de l?un de ces trois cri-
tères peut également amener à un
déclassement total du site. Ainsi,
sur la base des éléments remontés
par les services, la possibilité d?un
déclassement sera évaluée par Pa-
triNat et le Ministère en charge de
l?environnement. Dans ce cas, un
arrêté ministériel de suppression
de site est à prévoir. La procédure
de déclassement d?un site reprend
les étapes prévues pour la création
ou la modification d?un site.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
20
PARTIE 3
Procédure d?ajustement
de périmètre
Lors d?un projet de modification de périmètre de
site, il est nécessaire de distinguer la procédure
d?ajustement de la procédure de modification (III.2).
Les ajustements de périmètres correspondent à des
corrections purement techniques du tracé, géné-
ralement situées dans « l?épaisseur du trait ». Les
corrections de ce type peuvent donner l'impression
que certaines zones ont été retirées du site, alors
qu'en réalité, les zones protégées « sur le terrain »
restent exactement les mêmes.
L?ajustement ne peut être motivé par la volonté
d?inclure ou d?exclure de nouveaux habitats ou sta-
tions d?espèces d?intérêt communautaire. Bien que
cette correction n?exige pas de consultation des
collectivités locales, elle peut être engagée pour
ajuster le périmètre, sous réserve des conditions
suivantes :
? L?ajustement ne doit modifier qu?à la marge le
tracé du site et ne doit permettre que des recti-
fications mineures (par exemple pour coller à des
repères physiques ou cartographiques plus iden-
tifiables qui permettent d?améliorer la gestion du
site, ou à une évolution de la limite administra-
tive). Si la superficie totale reste inchangée, mais
que certaines zones semblent être supprimées
sans altérer les espaces protégés sur le terrain, il
s?agit bien d?un ajustement.
? L?ajustement ne peut concerner que des zones
exemptes d?espèces ou d?habitats d?intérêt com-
munautaire.
? La liste des communes concernées ne doit subir
aucune modification.
De nombreuses cartes de sites ont initialement
été définies au 1/50 000ème voire au 1/100 000ème,
elles sont à présent retravaillées au 1/25 000ème. Ce
changement d?échelle apporte des précisions sur
la limite des contours, ainsi des ajustements dans
« l?épaisseur du trait » permettent de s?appuyer sur
une limite physique (rivière, route, ligne de crête,
etc.) ou administrative (frontière entre pays, dé-
partements, communes, protection réglementaire
telle qu?un parc national ou une réserve naturelle,
etc.). Ils permettent également une mise
en cohérence avec le parcellaire cadastral.
Une procédure d?ajustement peut aussi être
mise en place lors d?erreurs de projection.
Ces ajustements doivent pouvoir être jus-
tifiés auprès des acteurs locaux comme ne
remettant pas en cause les choix de fonds
effectués au moment de la procédure de
consultation initiale sur le site et le cas
échéant, être justifiés devant les juridic-
tions administratives. Enfin, la procédure
d?ajustement n'entraîne pas la publication
d?un nouvel arrêté ministériel.
La procédure à suivre est détaillée dans le
paragraphe IV.2.
PARTIE 4
Procédure de fusion/
scission de site
Natura 2000
Afin d?améliorer les fonctionnalités du site
ou de faciliter leur gestion (diminuer la dis-
tance entre les entités, diminuer la taille
du site pour simplifier la gestion de l?ani-
mateur/trice) il peut être envisagé, à titre
exceptionnel, de modifier les périmètres
initiaux des sites par fusion ou scission. Il est
donc possible de regrouper plusieurs sites
en un seul, ou d?éclater un site en plusieurs
entités.
La procédure à suivre est détaillée dans le
paragraphe IV.3.
21
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
22
Procédures
à suivre
C H A P I T R E 4
22
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
24
CHAPITRE 4
Procédures à suivre
PARTIE 1
Procédure générale de
création ou modification
de site Natura 2000
La procédure décrite dans ce paragraphe est la pro-
cédure générale à suivre dans le cas d?une création
ou d?une modification de site Natura 2000 (cf. fi-
gure 1 et paragraphe III.I.). Lorsqu?une modification
de périmètre de site Natura 2000 comporte des
retraits de surface, cette même procédure est à
suivre, néanmoins l?étape 2 est obligatoire et peut
être réalisée en amont de la procédure. Concer-
nant les procédures propres aux ajustements de
périmètres et aux fusions ou scissions de site, il
convient de se référer aux paragraphes IV.2. et IV.3.
Les procédures de création ou de modification
de site Natura 2000 sont guidées par des motiva-
tions scientifiques et naturalistes. De plus, dans le
contexte actuel de stabilisation du réseau Natura
2000, la création d?un nouveau site ou l?extension
d?un site existant n?est à envisager que s?il est
pressenti ou s?il est possible d?obtenir un relatif
consensus local pour cette désignation, grâce à un
argumentaire solide et convaincant.
POUR LES SITES MAJORITAIREMENT
ET EXCLUSIVEMENT TERRESTRES :
Il convient d'informer à chaque étape de la pro-
cédure le Conseil régional ou la Collectivité de
Corse en tant qu'autorité administrative des sites
exclusivement terrestres et financeur des actions
de gestion des sites majoritairement et exclusive-
ment terrestres.
Pour rappel, une annexe schématique résumant
la procédure à suivre est disponible en annexe I.
Procédure pas à pas
· ÉTAPE 1 : LA DÉCISION DE
CRÉER OU DE MODIFIER UN SITE
NATURA 2000
La décision de créer un nouveau site ou de
modifier un site Natura 2000 existant ré-
sulte de considérations scientifiques, liées
à l?acquisition de connaissances naturalistes
sur le terrain, fondées sur des inventaires
suffisamment récents. Les dossiers de pro-
position ou de modification de site Natura
2000 sont toujours instruits par une DREAL
ou la DRIEAT pour la région Ile-de-France.
Lors de la désignation d'un site Natura 2000,
la proposition est validée par un groupe de
travail dont la composition doit être simi-
laire à celle du futur Comité de pilotage du
site.
Pour les sites majoritairement et exclusive-
ment terrestres, il convient que le conseil
régional ou la collectivité de Corse soit re-
présenté.
Dans le cas d?une modification de péri-
mètre, c?est le COPIL déjà en place (selon les
dispositions des articles L.414-2 et R.414- 8)
qui se charge de proposer un périmètre de
site à valider.
En dehors des membres du groupe de
travail ou des membres du COPIL, des
concertations informelles avec les acteurs
concernés par la zone du projet identifiée
peuvent avoir lieu en amont. Ceci afin de
mener un premier travail sur la définition
du périmètre du site Natura 2000.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
25
· ÉTAPE 2 : LA VALIDATION
SCIENTIFIQUE DU PROJET
(OBLIGATOIRE LORS DE RETRAIT
DE SURFACE)
Lors de la création ou de l?extension simple
d?un site Natura 2000 (sans retrait de sur-
face), un avis scientifique peut être requis
dans certains cas pour évaluer le projet. Il
est donc recommandé de solliciter l?avis de
PatriNat.
En revanche, lorsque le projet de périmètre
défini contient un retrait de surface, même
minime, ce périmètre est systématique-
ment transmis à PatriNat pour avis scienti-
fique. Cet avis est impérativement recueilli
avant toute consultation.
Pour rappel, les retraits de surface sont ac-
ceptés uniquement pour l?un des trois mo-
tifs développés dans le paragraphe III.2. et
tout retrait devra être justifié par :
? la mise à disposition, dans la mesure
du possible, d?une carte de périmètre
« avant/après », de photos, d?anciennes
études naturalistes, etc. ;
? des arguments scientifiques démontrant
l?existence de l?un des 3 motifs de retrait
de surface ;
Dans le cas de retraits de surface qui font
suite à l?utilisation des critères, III.2.b.
évolution naturelle ou III.2.c. application
de l?article 6, paragraphe 4 de la directive
« Habitats », il convient de contrebalancer
les éventuelles pertes de surfaces du site
Natura 2000 en proposant une extension
du site incluant des habitats/espèces d?inté-
rêt communautaire inscrits dans la directive
concernée.
RÉFÉRENCE RÉGLEMENTAIRE :
D?après l?article R.414-3 du Code de l?envi-
ronnement, le projet de désignation d?un
site Natura 2000 est établi :
? par le ou les préfets de département pour
un site exclusivement terrestre ;
? par le préfet maritime pour un site exclu-
sivement marin ;
? par le ou les préfets de département et le
préfet maritime lorsque le site est mixte ;
En l?absence de dispositions spécifiques
du code de l?environnement sur le cas de
la modification d?un site, les dispositions
prévues à l'article R.414-3 et suivants dédiés
à la création de sites s?appliquent.
Il est rappelé que :
? deux sites relevant de la même directive ne
peuvent pas se superposer ;
? la délimitation des sites Natura 2000 s?exprime de
façon homogène par des entités polygonales. Les
représentations linéaires, ponctuelles ou symbo-
liques ne sont pas acceptées. Les sites de type
ponctuel (clocher, entrée de grotte, etc.) seront
représentés par une forme circulaire. Néanmoins,
la pertinence de tel site peut être discutable, il
convient de se référer à l?avis scientifique de Pa-
triNat ;
? la limite de sites situés entre deux régions est
définie par la limite administrative de la BD TOPO
de l?IGN3 ;
? la limite de sites entre l?interface terrestre et
marine est définie par les limites administratives
existantes (limites du domaine public maritime,
limites transversales de la mer dans les estuaires) ;
lorsque ces limites administratives ne sont pas
fixées, elle est définie par le référentiel géoma-
tique limite terre-mer produit par le SHOM et
l?IGN4.
3 BD TOPO® : https://geoservices.ign.fr/bdtopo
4 Pris comme base de référence pour la décentralisation de la gestion
des sites exclusivement terrestres aux Régions, en application de la
loi relative à la différenciation, la décentralisation, la déconcentra-
tion et portant diverses mesures de simplification de l'action pu-
blique locale (dite loi 3DS). https://geoservices.ign.fr/limite-terre-mer
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
2626
A . INFORMATIONS NÉCESSAIRES
À L?AVIS
Ainsi, lors de la sollicitation de PatriNat pour
avis sur le projet d?un périmètre Natura 2000 qui
comporte des suppressions d?habitats d?intérêt
communautaire ou d?habitats d?espèces d?intérêt
communautaire, il conviendra d?apporter les élé-
ments suivants :
C. DONNÉES ÉCOLOGIQUES,
RÉSULTATS D?INVENTAIRES
ET PUBLICATIONS
NÉCESSAIRES À L?AVIS
B. CARTOGRAPHIE
NÉCESSAIRE À L?AVIS
L?avis de PatriNat ne peut être produit que sur la
base d?informations suffisantes. Un premier argu-
mentaire est donc à fournir systématiquement,
ainsi que l?ensemble des données et informations
disponibles permettant d?exposer de façon détail-
lée le contexte et les enjeux du site dans le but
d?apprécier et d?analyser l?impact de la modifica-
tion du périmètre.
A titre d?exemple, ces informations doivent per-
mettre de répondre sans ambiguïté et de façon
documentée aux questions suivantes :
? Le secteur supprimé abrite-il des surfaces d?ha-
bitats d?intérêt communautaire ou des stations
d?espèces d?intérêt communautaire ?
? Constitue-t-il, pour une ou plusieurs espèces d?in-
térêt communautaire, une zone d?alimentation,
de reproduction ou de déplacement préféren-
tiel ?
? Joue-t-il un rôle significatif dans la fonctionnalité
écologique du site (zone tampon, connectivité,
etc.) ?
? A-t-il été identifié comme pouvant contribuer à
un potentiel de restauration des écosystèmes?
? Son retrait est-il susceptible de complexifier la
gestion du site (possibilité de contractualisation
par exemple) ?
Toutes les informations écologiques jugées
utiles à l?appréciation de l?impact de la mo-
dification du périmètre sont à fournir. En
particulier, une description aussi détaillée
que possible des secteurs retirés devra être
mise à disposition : milieux naturels ou types
d?occupation du sol, données naturalistes
connues et/ou historiques si possible.
Lorsqu?un avis est demandé à PatriNat sur
un périmètre ne comportant pas de retrait
de surface, il convient également de fournir
des informations détaillées sur le contexte
et les enjeux du site, les couches au format
SHP du périmètre et toutes les informations
écologiques jugées utiles.
Les couches au format Shapefile du péri-
mètre actuel et de la proposition de modi-
fication du périmètre.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
27
A . LA CONSULTATION
DES AUTORITÉS MILITAIRES
· ÉTAPE 3 : LES CONCERTATIONS
ET CONSULTATIONS
Pour toute soumission de projet de pé-
rimètre de désignation d?un site Natura
2000 (création ou modification), le(s) com-
mandant(s) de zones concernées doivent
être saisis par les préfets compétents pour
établir le projet de site, le plus tôt possible
pour accord et vérifier avant toute consul-
tation la présence de terrains militaires.
Le formulaire de consultation des autorités mili-
taires est à transmettre et à compléter systémati-
quement par les COMZT et/ou CZM. Il est dispo-
nible en annexe V.
Il est nécessaire d?obtenir une réponse des autori-
tés militaires, sans cela le dossier ne peut pas être
validé.
La liste des bureaux représentant les COMZT et
CZM est mise à jour régulièrement au niveau de l?ad-
ministration centrale. Pour la diffusion, il convient
de prendre contact avec le bureau en charge de la
désignation des sites Natura 2000 du ministère en
charge de l?environnement.
RÉFÉRENCE RÉGLEMENTAIRE :
D?après l?article R.414-3 :
« Lorsque le site inclut tout ou partie
d?un terrain militaire, le ou les pré-
fets compétents pour établir le pro-
jet d?un site Natura 2000 recueillent
l?accord du commandant de la zone
terre sur ce projet.
Lorsque le site comprend des es-
paces marins, ils recueillent l?accord
du commandant de zone maritime
sur la délimitation de ces espaces.»
d?après l?article R.414-6 :
« Lorsque le site inclut tout ou par-
tie d'un terrain militaire ou des es-
paces marins, le ministre chargé de
l'environnement et le ministre de la
défense décident conjointement de
proposer le site à la Commission
européenne dans les conditions
prévues à l'article R.414-4 et de
désigner le site comme site Natura
2000. »
En fonction du type de site Natura 2000
(terrestre, marin, mixte), la procédure de
consultation des autorités militaires varie :
? pour les sites exclusivement marins, il
convient de recueillir systématiquement
l?accord du commandant de zone mari-
time (CZM) ;
? pour les sites mixtes (majoritairement
marins, majoritairement terrestres),
il convient de recueillir systématique-
ment l?accord du commandant de zone
maritime (CZM). Une consultation du
commandant de zone terre (COMZT)
est requise pour déterminer la présence
d?un site militaire sur le projet de péri-
mètre Natura 2000. En présence de site
militaire, l?accord du COMZT est requis,
tandis qu?en absence de site militaire, seul
l?avis sera demandé.
? pour les sites exclusivement terrestres,
la consultation des autorités militaires
permet de déterminer si un site militaire
est présent sur le projet de périmètre Na-
tura 2000. En absence de site militaire,
l?avis des autorités militaires est requis
par l?intermédiaire du formulaire dédié.
En présence de site militaire, l?accord du
COMZT est requis.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
28
B. LES CONSULTATIONS
OBLIGATOIRES
DES COLLECTIVITÉS LOCALES
ET LEURS GROUPEMENTS
RÉFÉRENCE RÉGLEMENTAIRE :
D?après l?article R.414-3 :
? tout projet de périmètre de dé-
signation d?un site Natura 2000
(création ou modification) doit
être soumis pour avis aux com-
munes et établissements publics
de coopération intercommunale
concernés ;
? pour les sites exclusivement
terrestres, une consultation du
conseil régional ou, en Corse, à la
collectivité de Corse est requise ;
? lorsque le projet de périmètre
recouvre l?ensemble ou une par-
tie d?un espace naturel sensible,
l?avis du conseil départemental
est requis ;
? les consultés émettent leur avis
dans un délai de quatre mois à
compter de leur saisine. Sans ré-
ponse dans ce délai de leur part,
ils sont réputés avoir émis un avis
favorable.
Pour rappel, concernant la désignation des sites,
l?article 3 de la Directive Habitats prévoit que le
réseau Natura 2000 est formé par des sites abritant
des types d?habitats et des espèces dont il doit
assurer le maintien dans un état de conservation fa-
vorable au sein de leur aire de répartition naturelle.
A ce titre, les critères de désignation se fondent sur
des éléments scientifiques liés à présence ou non
d?habitats ou d?espèces d?intérêt communautaire.
Traitement des avis motivés :
En France, la notion d?avis motivé n?a pas de défi-
nition juridique à proprement parler.
Dans le cas d?avis motivé provenant d?une collecti-
vité locale ou de son groupement et ne comportant
pas de fondement scientifique, le préfet s?en écarte
en justifiant les raisons et en indiquant les données
scientifiques et/ou objectives qui conduisent à la
désignation du site Natura 2000.
Néanmoins, le préfet a également la possibilité
de suivre les recommandations d?une collectivité,
même si l?avis motivé ne se base pas sur un fonde-
ment scientifique, tant que cela contribue à la mise
en place d?une gestion concertée et volontaire du
site Natura 2000. Ces cas d?acceptation seront à
traiter au cas par cas, l?objectif est la recherche
d?un consensus sur le périmètre final, mais celui-ci
ne devra pas remettre en cause la conservation des
habitats et des sites couverts au titre de Natura
2000.
Dans tous les cas, que l?argumentaire soit
basé sur des fondements scientifiques ou
non, il doit être motivé et aboutir à un texte
expliquant les raisons qui conduisent la col-
lectivité à prendre cette décision.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
29
Les avis sont retranscrits dans la fiche syn-
thèse du site (voir point d) la fiche de syn-
thèse ci-après) transmise au ministère. Pour
un projet de désignation de site, le ou les
préfets compétents pour établir le projet
de désignation d'un site Natura 2000 trans-
mettent au ministère en charge de l'envi-
ronnement ce projet, assorti des avis qu'ils
ont recueillis. S'ils s'écartent des avis moti-
vés issus des consultations obligatoires, ils
doivent apporter des justifications.
Modification de périmètre en cours de pro-
cédure :
Ces consultations permettent également
de réajuster le périmètre suite aux obser-
vations et expériences des acteurs locaux.
Ainsi, le préfet pourra modifier le projet de
périmètre pour retirer une zone sans inté-
rêt patrimonial (exemple : un parking). En
revanche, comme détaillé ci-dessus, une
commune refusant d?intégrer certains sec-
teurs à fort intérêt patrimonial, car elle ne
souhaite pas intégrer le réseau Natura 2000,
pourra voir sa demande refusée.
Dans le cas d?une modification de péri-
mètre décidée à la suite des consultations
locales, une carte faisant apparaître le zo-
nage du périmètre initial proposé et un zo-
nage des évolutions du périmètre décidé
lors des consultations est à fournir à l?ad-
ministration centrale.
Lorsque ces consultations aboutissent à un
éventuel ajout de territoire, de nouvelles
consultations doivent être engagées. De
même, les consultés émettent à nouveau
leur avis dans un délai de quatre mois.
Lorsque les évolutions ne concernent que
des retraits de surface, ces consultations
ne sont pas nécessaires.
Les exigences économiques, sociales, cultu-
relles ainsi que les particularités régionales
et locales qui pourraient apparaître dans
les avis émis, seront prises en compte au
moment d?aborder la gestion des sites Na-
tura 2000, lors de la définition des mesures
de conservation des habitats et espèces.
Ces éléments seront repris dans le cadre
de la réalisation du DOCOB ou encore lors
de l?évaluation des incidences des activités
humaines susceptibles d?affecter les sites.
C. LES CONCERTATIONS (SANS
OBLIGATION RÉGLEMENTAIRE)
Dans le cas d?une désignation de site, il est re-
commandé d?associer tout acteur concerné par
la démarche d?extension du réseau, notamment
d?informer les conseils scientifiques régionaux du
patrimoine naturel (CSRPN). Une concertation avec
les acteurs locaux concernés par le site (filières so-
cio-professionnelles, ONG, gestionnaires de sites
adjacents, les départements et régions littoraux
concernés même dans le cas de sites exclusivement
marins etc.) est fortement encouragée afin de pré-
senter le projet de périmètre validé en COPIL, et
si besoin, de redéfinir les contours. Il convient de
rappeler que les arguments motivés basés sur des
faits scientifiques restent à privilégier. Cette étape
permet également de faire de la pédagogie sur la
politique Natura 2000 car des réticences subsistent
liées à une mauvaise connaissance du dispositif.
Pour les sites majoritairement et exclusivement
terrestres, il est important d'informer le Conseil
régional ou la Collectivité de Corse lorsque des
concertations sans obligation réglementaire sont
menées. La liste des acteurs locaux consultés peut
être partagée avec l'autorité administrative des
sites exclusivement terrestres.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
30
D. LA FICHE DE SYNTHÈSE
Une fiche de synthèse des aboutissants des
consultations est à renseigner et signer par
chaque préfet de département et/ou ma-
ritime concerné par le site Natura 2000.
Dans le cas de site interdépartementaux,
il est également possible d?envoyer simul-
tanément un exemplaire à chaque Préfet
pour signature. Cette fiche doit être rigou-
reusement identique à l?exemplaire joint en
annexe II. Elle sera également utilisée pour
les consultations interministérielles.
Les informations portées sur la fiche de syn-
thèse et sur le FSD doivent être cohérentes
entre elles. La superficie (calculée par SIG),
le paragraphe vulnérabilité, la liste des com-
munes et la liste des espèces et habitats
doivent être rigoureusement identiques
entre les documents. Cette fiche comporte
des éléments d?identification du site, son
historique, ses justifications scientifiques
(citer les références des inventaires ou des
études à l?origine des données figurant dans
le FSD), sa vulnérabilité éventuelle, la pré-
sentation des actions d?information et de
concertation conduites, ainsi que le réca-
pitulatif précis des consultations menées.
· ÉTAPE 4 : ENVOI ET
INSTRUCTION DES DOSSIERS
À LA DEB ET À PATRINAT
Chaque année, deux NAF sont envoyées
à la CE pour transmission des projets de
création ou de modification de site Natura
2000. Ces deux transmissions ont généra-
lement lieu en juin (optionnel) et avant le
15 décembre (obligatoire), un rétroplan-
ning des échéances est envoyé à chaque
DREAL/DRIEAT au cours du mois de mars
ainsi qu?un rappel au cours du mois de sep-
tembre. Afin d?assurer toutes les étapes
nécessaires avant la transmission des sites
Natura 2000 à la CE, il convient d?envoyer
chaque dossier de création ou de modifi-
cation de site à la DEB deux mois avant la
NAF. Pour rappel, le service instructeur d?un
dossier de proposition de site Natura 2000
est toujours une DREAL ou la DRIEAT pour
la région Ile-de-France. Le(s) préfet(s) ont la
possibilité de déléguer au service instruc-
teur la transmission des dossiers complets
au bureau en charge de la désignation des
sites Natura 2000 (Bureau des outils ter-
ritoriaux de la biodiversité, DGALN/DEB/
PRET/ET5)) du ministère en charge de l?en-
vironnement, et à PatriNat pour la vérifi-
cation des données scientifiques. PatriNat
est également identifié par la Commission
européenne comme référent scientifique
des données transmises.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
31
Préparation des dossiers
de création ou
de modification de site
Natura 2000
? Mise à jour du FSD
? Fiche de synthèse
complétée et signée
? Formulaire des autorités
militaires complété
et signé
? Dépôt des cartes au bon
format sur l?application
de saisie des FSD
? Dépôt des couches SIG
sur l?application
Soumission des dossiers
à consultation
interministérielle
Limite de transmission
des dossiers par courrier
électronique
Limite de transmission
des dossiers par courrier
électronique
Transmission de la NAF
de juin à la Commission
européenne
DÉBUT
MARS
DÉBUT MAI MI-JUIN DÉBUT
SEPTEMBRE
DÉBUT
NOVEMBRE
MI-
DÉCEMBRE
Envoi des dossiers Natura 2000
au ministère en charge de l?environnement
Rétroplanning des NAF
transmis aux DREAL/DRIEAT
Préparation
des dossiers complets
Rappel rétroplanning
Fin de transmission
des dossiers au ministère
Fin de transmission
des dossiers au ministère
NAF de juin
Transmission de la NAF de
décembre à la Commission
européenne
Soumission des dossiers
à consultation
interministérielle
NAF de décembre
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
32
? Les couches cartographiques à PatriNat. La digita-
lisation du contour du site proposé est à envoyer
à PatriNat. Les formats d?échange sont : format
SHAPE (projet QGIS, .shp) ou format GEOPAC-
KAGE (.gpkg). Il convient d?utiliser la projection
en Lambert 93 pour la réalisation des différentes
couches cartographiques. Les couches sont à dé-
poser dans l?onglet « Localisation » de l?applica-
tion de saisie des FSD.
? Le formulaire de consultation de l?autorité mili-
taire (voir annexe V).
? L?avis du conseil régional, ou, en l?absence de
réponse, les éléments permettant d?attester de
sa saisine formelle (accusé de réception de trans-
mission du dossier de consultation à la région,
lettre signée, etc.). Cet élément du dossier est
essentiel dans la mesure où le Conseil régional,
en tant qu?autorité administrative, sera en charge
de la gestion du site lorsque celui-ci est exclusive-
ment terrestre et du financement pour les sites
exclusivement terrestres et mixtes.
Le FSD et la carte de proposition, sous format élec-
tronique, constituent les documents par lesquels
les autorités françaises notifient officiellement un
site Natura 2000 à la Commission européenne.
Toutes les informations portées dans les différents
champs du FSD et le tracé du périmètre dans le fi-
chier SIG ont donc un caractère officiel qui engage
les autorités nationales.
Une fois le dossier complet transmis à l?adminis-
tration centrale, les projets de sites font l?objet de
consultations interministérielles. L?interministériali-
sation est obligatoire dans le cadre des NAF, confor-
mément à la circulaire du 21 mars 1994.
Le modèle de fiche synthèse pour la constitution
du dossier est disponible en annexe II.
Le dossier est transmis sous format numé-
rique et doit comporter :
? La fiche de synthèse signée (voir annexe
II). Pour les sites interdépartementaux,
tous les préfets de département concer-
nés signent sur la même fiche de synthèse
(à privilégier). Il est également possible
d?envoyer simultanément un exemplaire
à chaque préfet pour signature dans ce
cas une fiche signée par préfet devra être
transmise.
? Le FSD actualisé du site. Il convient de
mettre à jour le FSD pour la transmission
du dossier et de renseigner avec exacti-
tude les champs tels que les communes,
les espèces et les habitats présents sur
le site. La nouvelle valeur de périmètre
du site est également à mettre à jour.
La superficie indiquée dans le FSD doit
être calculée obligatoirement selon
la méthode cartésienne en utilisant
le système de coordonnées Lambert
93, elle doit être exprimée en nombre
d?hectares. Ceux-ci doivent être définis
avec la précision de deux décimales. La
mise à jour du FSD se fait directement
dans l?application de saisie des FSD :
https://fsd-natura2000.mnhn.fr.
? Les cartes du site au format officiel.
Lorsque l?arrêté ministériel est pris, et
pour accélérer la procédure, les mêmes
cartes envoyées à la NAF seront publiées
sur le site de l?INPN. Il convient de respec-
ter un format précis afin d?uniformiser les
cartes. Le format de carte demandé est
disponible en annexe IV. En cas de modi-
fication de périmètre impliquant des re-
traits ou des ajouts de surface, une carte
avant/après est demandée. Pour infor-
mation, afin d?éviter l?envoi de courriels
volumineux, il est possible de déposer les
cartes sur l?application de saisie des FSD.
32
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
https://fsd-natura2000.mnhn.fr
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
33
· ÉTAPE 5 : TRANSMISSION
DES DOSSIERS À LA CE
Lorsque toutes les consultations ont été ef-
fectuées et que les dossiers sont complets
et validés par la DEB, ces derniers sont en-
voyés à la Commission européenne pour
examen et validation formelle par décision
publiée au journal officiel de l?UE en ce qui
concerne les sites de la directive Habitats.
Pour rappel, il existe deux variantes de pro-
cédures pour une pSIC/SIC/ZSC et pour une
ZPS :
LES PSIC/SIC ET ZSC MODIFIÉES :
Les pSIC/SIC et ZSC modifiées sont notifiés
à la Commission européenne avec le péri-
mètre défini à l?issue des consultations in-
terministérielles. Dans le cas d?une désigna-
tion d?un site ZSC, l?arrêté est élaboré après
la publication de la pSIC en SIC sur une liste
biogéographique (alpine, atlantique, conti-
nentale, méditerranéenne) publiée au Jour-
nal Officiel de l?Union européenne (JOUE).
Cette procédure a une durée supérieure de
12 mois, ainsi, il existe un décalage (environ 2
ans) entre la base de données informatique
prise en compte pour les listes biogéogra-
phiques et la dernière base envoyée par un
État membre. Par exemple, les dernières
listes biogéographiques publiées au JOUE
en février 2024 se basent sur les données
informatiques transmises lors des NAF de
2022.
De la même façon, dans le cas d?une modification
d?un site ZSC existant, l?arrêté de modification est
élaboré après publication du nouveau périmètre
sur une liste biogéographique publiée au JOUE.
Pour information, les listes biogéographiques sont
validées lors des comités habitats qui se déroulent
généralement au dernier trimestre de l?année.
Une fois le nouveau périmètre inscrit sur sa liste
biogéographique l?arrêté et ses annexes sont pro-
posés à la consultation du public puis à la signature
du ministère en charge de l?environnement, et si
concerné, du ministre des Armées. Pour les sites à
composante marine, le texte est également co-si-
gné par le ministre chargé de la mer. Enfin, l?arrê-
té de désignation de la ZSC est publié au Journal
Officiel de la République Française, tandis que les
annexes sont publiées sur le site de l?INPN.
Proposition
de site par
Etat membre
Proposition
de site par
Etat membre
Arrêté
ministériel
Validation par
la Commission
européenne
pSIC
Consultation
interministérielle
Liste
biogéographique
Consultation
du public
ZPS
Notification
à la Comission
européenne
SIC ZSCArrêté
ministériel
DIRECTIVE HABITATS-FAUNE-FLORE
DÉSIGNATION DES ZPS (DIRECTIVE OISEAUX)
Consultation
interministérielle
Consultation
du public
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
34
Proposition
de site par
Etat membre
Proposition
de site par
Etat membre
Arrêté
ministériel
Validation par
la Commission
européenne
pSIC
Consultation
interministérielle
Liste
biogéographique
Consultation
du public
ZPS
Notification
à la Comission
européenne
SIC ZSCArrêté
ministériel
DIRECTIVE HABITATS-FAUNE-FLORE
DÉSIGNATION DES ZPS (DIRECTIVE OISEAUX)
Consultation
interministérielle
Consultation
du public
LES ZPS :
A l?issue des consultations interministérielles pour le périmètre défini, les arrêtés et cartes de ZPS sont
proposés à la consultation du public puis à la signature du ministère en charge de l?environnement,
et si concerné, du ministre des Armées. La ZPS ayant fait l?objet d?un arrêté publié au Journal Officiel
de la République Française est ensuite notifiée à la Commission européenne par une NAF.
A . TRANSMISSION CE
ET APPLICATION CONTRATS
ET CHARTE
Il est à noter que la transmission d?une pSIC ou
d?une ZPS à la Commission européenne permet de
lancer officiellement la rédaction d?un DOCOB. La
constitution du COPIL peut intervenir en amont de
cette transmission. Pour rappel, le DOCOB est mis
en oeuvre par le COPIL Natura 2000 et est soumis
à l?approbation de l?autorité administrative.
Pour les sites issus de la directive « Habitats » ou de
la directive « Oiseaux », dès lors que le site est doté
d'un DOCOB opérationnel, l?ensemble du dispositif
contractuel peut être lancé : contrats et chartes.
B. TRANSMISSION CE
ET APPLICATION DES
ÉVALUATIONS D?INCIDENCES
NATURA 2000
Les évaluations d?incidences Natura 2000
(EIN) sont à réaliser dès l?envoi du périmètre
du site à la CE, qu?il s?agisse d?une création
ou d?une modification de site.
Dans le cas d?une modification de périmètre
aboutissant à des retraits de secteurs, les
EIN restent exigées jusqu?à la publication de
l?arrêté français pour les ZSC et ZPS. Les EIN
ne sont pas strictement conditionnées au
périmètre du site, ainsi une EIN pourra être
exigée pour un plan, projet ou programme
extérieur à ce périmètre mais susceptible
d?avoir une incidence sur les objectifs de
conservation du site.
Application des outils et de la réglementation
Natura 2000 lors de la procédure de désignation
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
3535
· ÉTAPE 6 : RÉDACTION ET
PUBLICATION DES ARRÊTÉS
MINISTÉRIEL
Comme mentionné précédemment, selon
le type de site (ZSC ou ZPS) cette étape in-
tervient avant ou après la transmission des
dossiers à la CE.
Un arrêté ministériel de création de pSIC et
ZPS ou de modification de ZSC et ZPS est
complété d?une annexe listant les habitats
(en ce qui concerne la directive « Habitats »)
et les espèces qui ont justifié la désignation
du site.
Lorsque le site inclut tout ou partie d'un ter-
rain militaire ou des espaces marins, l?arrêté
ministériel de désignation ou de modifica-
tion est signé conjointement par le ministre
chargé de l'environnement, le ministre des
Armées ou le ministre chargé de la mer.
La procédure de signature de ces arrêtés
conjoints est organisée par la Direction de
l'eau et de la biodiversité pour le ministère
en charge de l?environnement et par la Di-
rection des territoires, de l?immobilier et de
l?environnement (DTIE) pour le ministère des
Armées.
Une fois l?ensemble des documents signé
(arrêté, annexe espèces/habitats et carte
d?assemblage), l?article R. 414-7 prévoit la
publication des arrêtés ministériels de dési-
gnation ou modificatifs de site Natura 2000
au Journal Officiel de la République française
(JORF). Les cartes et les annexes listant les
espèces et habitats justifiant la désignation
du site, au format pdf, sont quant à elles pu-
bliées sur le site de l?Inventaire National du
Patrimoine Naturel (INPN) dans le même do-
cument que l?arrêté signé. Le site de l?INPN
diffuse également les périmètres des sites
sous format SIG, soit en téléchargeant les
couches, soit en utilisant le visualisateur car-
tographique des espaces naturels protégés5.
5 Visualisateur cartographique des espaces naturels et pro-
tégés : https://inpn.mnhn.fr/viewer-carto/espaces/
Ensuite, les DREAL/DRIEAT sont informées de la
parution du texte par courrier électronique et se
chargent de transférer l?information aux préfectures
concernées par le site Natura 2000, qui elles-mêmes
se chargent de diffuser l?information aux communes
concernées et à l?autorité administrative du site ;
pour cette dernière la DREAL/DRIEAT peut trans-
mettre les avis reçus dans le cadre de la procédure
de désignation au conseil régional. Les documents
signés sont déposés sur l?application de saisie des
FSD Natura 2000 (https://fsd-natura2000.mnhn.fr)
par les services du ministère en charge de l?environ-
nement qui ont la charge d?actualiser les données
relatives aux dates de proposition et de désignation
des sites.
L?arrêté et ses annexes sont tenus à la disposition du
public dans les services du ministère en charge de
l'environnement, à la préfecture et dans les mairies
des communes situées dans le périmètre du site (ar-
ticle R414-7 du code de l?environnement) en com-
plément de l?INPN.
PARTIE 2
Procédure d?ajustement
de périmètre
Lors d?une procédure d?ajustement, aucune nou-
velle consultation des collectivités et EPCI concer-
nés n?est à réaliser. Ces ajustements ne doivent pas
pouvoir remettre en cause les raisons de la dési-
gnation du site présentées lors des consultations
locales. Ils ne peuvent pas s?appuyer sur des argu-
ments d?ordre biologique (inclusion d?EIC ou HIC),
économique ou politique.
Le nouveau contour du périmètre est à trans-
mettre à PatriNat pour validation technique dans
les mêmes conditions que pour les mises à jour
de FSD, qui est également à actualiser. L?autorité
administrative est également informée du projet
d?ajustement de périmètre.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
36
PARTIE 3
Procédure de fusion/
scission de site Natura
2000
A . FUSION DE SITES
B. SCISSION DE SITES
La fusion de sites doit être considérée et traitée
comme un cas d?extension de périmètre, la pro-
cédure est la même que la procédure générale (cf.
§ IV.1).
Le code du site doit reprendre l?un des anciens co-
des afin de conserver une traçabilité de l?étape de
fusion, il est recommandé de conserver le code du
site le plus vaste. Le nom du site doit être mis à jour
afin de prendre en compte le contexte des anciens
sites proposés. Un des deux FSD doit être maintenu
et doit reprendre l?ensemble des données du site
fusionné avec une mise à jour de ces données en
fonction de l?état des connaissances. Un arrêté de
suppression de site est à réaliser par le ministère
en charge de l?environnement pour le site dont le
code n?a pas été retenu.
Dans le cas d?une scission d?un site, les nou-
veaux contours définis doivent intégrer
l?ensemble des polygones du périmètre pré-
cédemment désigné et la procédure est la
même que la procédure générale (cf. § IV.1)
L?ancien code du site doit être conservé et
attribué à l?un des nouveaux sites créés (ce
code est attribué au site le plus étendu), le(s)
autre(s) site(s) se verront attribuer automati-
quement sur l?application FSD un nouveau
code selon la logique d?incrémentation
régionale. Les noms des sites doivent être
mis à jour afin de prendre en compte les
nouveaux contextes spécifiques à chaque
site. Les FSD devront être mis à jour en dif-
férenciant les informations respectives à
chaque site et en procédant si nécessaire à
une mise à jour de ces données en fonction
de l?état des connaissances.
PARTIE 4
Changement de nom
de site Natura 2000
Les changements de nom de sites ne
peuvent intervenir que lors d?une procé-
dure de modification de périmètre et/ou
lorsqu?une correction majeure des listes
d?espèces ou d?habitats est nécessaire. Pour
les ZSC, la nouvelle appellation du site ne
peut être prise en considération dans un
nouvel arrêté qu?à publication d?une nou-
velle liste biogéographique.
36
Ensuite, la Commission européenne est informée
des procédures d?ajustements effectuées lors de
l?envoi des NAF. En effet, le ministère en charge de
l?environnement est informé en amont des sites
soumis à ajustements par PatriNat. Ces ajustements
sont transmis dans l?envoi de la base de données
Natura 2000 transmise lors de la NAF. Ils font en-
suite l?objet d?une validation par la Commission, les
nouveaux périmètres sont actualisés sur la liste UE
des sites d?intérêts communautaires, par secteur
biogéographique correspondant.
La procédure d?ajustement n?implique pas la si-
gnature d?un nouvel arrêté. Les nouvelles cartes
établies sont mises à jour sur le site de l?INPN, site
qui héberge les cartes annexées à l?arrêté officiel.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
©Sandrine RUITTON
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
39
Mise à jour des
informations
scientifiques
du FSD
C H A P I T R E 5
39
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
40
CHAPITRE 5
Mise à jour
des informations
scientifiques du FSD
Un nouveau guide méthodologique de saisie des FSD Natura 2000 a été rédigé par PatriNat suite à
la refonte de l?application FSD. Ainsi, pour toute question se rapportant à la saisie des champs et
au fonctionnement de l?application, il conviendra de s?y référer. Ce document est disponible dans
les ressources de l?application de saisie des FSD Natura 2000.
La base de données des sites Natura 2000 com-
porte l?ensemble des informations saisies dans
les FSD de chacun des sites du réseau français.
Le renseignement de ces FSD, dont les éléments
relatifs aux parties terrestres peuvent être com-
plétés par les Conseils régionaux ou la Collec-
tivité de Corse, est sous la responsabilité des
DREAL et de la DRIEAT qui transfèrent ces infor-
mations au ministère en charge de l?environne-
ment et à PatriNat grâce à l?application de saisie
dédiée (https://fsd-natura2000.mnhn.fr). Ces
données sont vérifiées par PatriNat avant l?en-
voi à la Commission européenne. Pour rappel,
cette base de données est envoyée deux fois
par an à la CE lors des NAF en juin (optionnel)
et avant le 15 décembre (obligatoire).
Les données des FSD peuvent parfois être
anciennes ou ne pas refléter l?état actuel des
espèces et habitats présents dans le site, elles
nécessitent une mise à jour régulière.
Les seules modifications du FSD ne sont pas
soumises à concertations locales dans la mesure
où elles respectent les conditions ci-dessous :
? les nouvelles données sont intégrées à la base
numérique transmise périodiquement à la
Commission européenne, accompagnées
d?une note des autorités françaises et d?un
tableau synthétique expliquant les modifi-
cations apportées.
? les données scientifiques annexées à un ar-
rêté de désignation sont celles de la dernière
base envoyée à la Commission européenne.
Il importe donc de mettre régulièrement à
jour les FSD via l?application de saisie des FSD
Natura 2000.
? la mise à jour des données implique une pro-
cédure de prise d?arrêté balais.
PARTIE 1
Fonctionnement
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
4141
PARTIE 2
Arrêtés balais
L?actualisation des informations naturalistes conte-
nues dans les FSD, et plus particulièrement des
espèces et habitats ayant justifié la désignation
du site, nécessite une mise à jour des arrêtés de
désignation des sites Natura 2000. Afin d?éviter la
prise simultanée de plusieurs arrêtés modificatifs
visant à intégrer des ajouts ou retraits d?espèces
et d?habitats, un arrêté unique ? dit arrêté balais -
comportant toutes les listes modifiées d?espèces
et d?habitats des sites d?une même région peut
être pris. Le retrait d?une espèce justifiant la prise
d?arrêté balai implique la suppression de toutes ses
mentions dans le FSD, quel que soit son type de
présence sur le site (reproduction, hivernage, etc.).
En ce qui concerne les ajouts, seul l?ajout d?une nou-
velle espèce justifie la prise d?un arrêté balai. L?ajout
d?un nouveau type de présence pour une espèce
déjà répertoriée (par exemple, une espèce signalée
en reproduction à laquelle s?ajoute une présence
en alimentation ou en hivernage) ne relève pas de
la modification de la liste d'espèce justifiant la dé-
signation du site.
Ces arrêtés balais ont l?avantage de permettre une
mise à jour accélérée de la liste des espèces et ha-
bitats sur l?INPN sans devoir attendre la prise d?un
arrêté modificatif (lorsque le site n?est pas impliqué
par une mise à jour de son périmètre) pour les sites
ZPS. En effet, pour les sites issus de la directive « Oi-
seaux », la procédure implique que l?arrêté est pris
avant l?envoi de la base de données Natura 2000,
qui reflète le contenu des FSD, à la CE. Dans ce cas,
il faut forcément attendre la prise d?un arrêté pour
que la base de données soit à jour.
En revanche, pour les sites ZSC, la base de
données est bien transmise à la CE avant
la prise de l?arrêté, dans ce cas les modi-
fications et mises à jour des FSD peuvent
être réalisées avant transmission à la CE.
Ensuite un arrêté modificatif (si modifica-
tion du périmètre) ou un arrêté balai doit
être pris pour modifier officiellement les
annexes modifiées de chaque site Natura
2000 concerné.
En conclusion, les arrêtés balais permettent
de mettre à jour l?annexe de la liste d?es-
pèces et d?habitats modifié de manière
simplifiée et accélérée.
Il est à noter qu?il est également possible
de conduire une révision de la liste d?habi-
tats et d?espèces justifiant la désignation du
site, dans le cadre d?une modification de
périmètre du site (dans ce cas la procédure
visera à réviser le périmètre et actualiser les
annexes).
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
42
ZONE SPÉCIALE DE CONSERVATION (ZCS)
Mise à jour de la liste
des habitats et/ou espèces
présents sur le site
appartenant aux annexes I et II
de la directive Habitats
01
Consultation
du public
02
Notification
à la Commission
européenne
03
Modification
de l?annexe
de désignation :
prise arrêté balai
04
ZONE DE PROTECTION SPÉCIALE (ZPS)
Mise à jour de la liste
des espèces annexe I
de la directive Oiseaux
et les migrateurs non annexe I
présents sur le site
01
Consultation
du public
02
Modification
de l?annexe
de désignation :
prise arrêté balai
03
Notification
à la Commission
européenne
04
Actualisation des FSD
et prise d'arrêté balai
ACTUALISATION DES FSD
(spontanée ou lors de campagne
de mise à jour)
CAS DES SITES ZSC :
Les sites restent classés ZSC pendant la procédure, puis un arrêté balai est édité après la transmission
de la base de données Natura 2000 à la Commission européenne et la phase de consultation du public.
CAS DES SITES ZPS :
Dans le cas de la mise à jour des FSD des sites ZPS, l?arrêté balai est édité en amont de la transmission
de cette nouvelle base de données Natura 2000 informatique à la Commission européenne et après
la phase de consultation du public. Ce nouvel arrêté doit être signé et publié au Journal Officiel de
la République française.
Lors des campagnes de mise à jour des FSD et donc de prise d?arrêtés balais, les actions suivantes
devront être menées pour permettre la prise d?arrêté balai selon le type de site.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
43
ZSC :
1 Le ministère en charge de l?en-
vironnement, en concertation
avec PatriNat, informe les DREAL/
DRIEAT, les Conseils régionaux pour
les sites exclusivement terrestres,
et les services de l?OFB pour les
sites à composition marine, de la
volonté de travailler à la prise d?ar-
rêté balai pour qu?elles procèdent,
le cas échéant, à la modification
des FSD. Les autorités militaires
concernées par le site Natura 2000
peuvent être consultées en amont
à titre informatif.
2 PatriNat transmet au ministère
les sites pour lesquels la liste des
espèces et/ou habitats a été mo-
difiée.
3 Le FSD est mis à jour avec les nou-
velles informations relatives au
nouvel arrêté, les modifications
sont alors visibles. Le ministère
transmet l?actualisation des listes
d?espèces et d?habitat par voie de
NAF.
4 Le ministère en charge de l?environ-
nement est informé des sites avec
cosignature du ministère des Ar-
mées afin de distinguer les arrêtés
à procédure ministérielle et ceux à
procédure interministérielle.
5 Les projets d?arrêtés balais sont
transmis aux DREAL/DRIEAT pour
vérification et la phase de consul-
tation du public peut être lancée.
6 L?arrêté balai signé est publié sur
le JORF.
ZPS :
1 Le ministère en charge de l?environne-
ment, en concertation avec PatriNat,
informe les DREAL/DRIEAT, les Conseils
régionaux pour les sites exclusivement
terrestres, et les services de l?OFB pour
les sites à composition marine, de la vo-
lonté de travailler à la prise d?arrêté balai
pour qu?elles procèdent, le cas échéant,
à la modification des FSD. Les autorités
militaires concernées par le site Natura
2000 peuvent être consultées en amont
à titre informatif.
2 PatriNat transmet au ministère les sites
pour lesquels la liste des espèces et/ou
habitats a été modifiée.
3 Le ministère en charge de l?environne-
ment est informé des sites avec cosi-
gnature du ministère des Armées afin
de distinguer les arrêtés à procédure
ministérielle et ceux à procédure inter-
ministérielle.
4 Les projets d?arrêtés balais sont transmis
aux DREAL/DRIEAT pour vérification et
la phase de consultation du public peut
être lancée.
5 L?arrêté balai signé est publié sur le JORF.
6 La Commission Européenne est informée
des nouvelles informations relatives à la
mise à jour par voie de NAF. Les modifica-
tions sont alors visibles sur l?INPN.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
44
Annexes
C H A P I T R E 6
44
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
46
CHAPITRE 6
Annexes
ANNEXE 1
Schéma procédure
désignation ZPS/ZSC
*Ne comprend pas la procédure pour les ajustements de périmètre
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
47
Proposition de création
d?un SIC (Directive
Habitats-Faune-Flore)
Proposition de création
ou modification
de périmètre d?une ZPS
(Directive Oiseaux)
Accord des autorités
militaires
Elaboration du projet de périmètre, travail conjoint avec animateur du site, conseil régional,
DREAL/DRIEAT, DDT
(appui et validation du périmètre par PatriNat si retrait de surface)
Prise de l?arrêté ministériel
de désignation
ou de modification
de site ZPS
(publication au JORF)
Consultation interministérielle
Transmission de la base de données Natura 2000 à la Commission européenne (NAF)
et mise à jour des FSD
Fin procédure nationale
Site ZSC
Validation site par la Commission européenne
(publication périmètre sur liste biogéographique)
Consultation du public sur le projet d?arrêté ZSC
Prise de l?arrêté ministériel
modificatif ZSC
(publication au JORF)
Prise de l?arrêté ministériel
de désignation ZSC
(publication au JORF)
Fin procédure
Site ZSC
Consultation
interministérielle
et consultation du public
sur le projet d?arrêté ZPS
Procédure de désignation d?un périmètre
de site Natura 2000 (création, extension, retrait)
Proposition de modification
de périmètre d?une ZSC
(Directive
Habitats-Faune-Flore)
Elaboration du dossier des consultations locales obligatoires
Les consultés sont :
? communes et établissements publics de coopération intercommunale concernés
? pour les sites exclusivement terrestres, consultation du conseil régional
ou de la collectivité de Corse
? l?avis du conseil départemental pour les périmètres recouvrant l?ensemble
ou une partie d?un espace naturel sensible (ENS)
Délai de 4 mois pour émettre un avis, réputé favorable sans réponse.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
48
ANNEXE 2
Modèle de fiche
de synthèse
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
49
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
50
Dans le cas où des procédures de consultations ont été conduites simultanément sur un site au
titre des 2 directives, une fiche est à renseigner pour chacun des statuts proposés (pSIC et ZPS)
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
51
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
52
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
53
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
54
ANNEXE 3
Récapitulatif constitution dossier désignation
site Natura 2000
Récapitulatif des éléments à trans-
mettre à l?administration centrale
pour la rédaction des arrêtés de dé-
signation (ZPS/ZSC)
1/ La fiche synthèse signée par le ou les pré-
fets concernés.
2/ Le FSD du site doit être mis à jour et
transmis en version pdf. Il est important de
vérifier que les listes d?espèces et d?habitat
s soient complètes, et que la liste des com-
munes concernées par le périmètre du site
correspond bien à la liste des communes
consultées. Pour rappel, la mise à jour du
FSD se fait depuis l?application de saisie des
FSD (https://fsd-natura2000.mnhn.fr), Ces
mises à jour deviennent officielles dès lors
que la base de données est transmise à la
Commission européenne.
3/ Les cartes géographiques du site : la ou
les cartes individuelles au 1/25 000ème (cas
particulier d?échelle pour les sites à com-
posante marine cf. Annexe IV) et la carte
d?assemblage.
/! Une attention particulière doit être por-
tée à la mise en forme des cartes.
4/ Le formulaire de consultation des autorités mi-
litaires (accord).
Cette consultation concerne :
? les sites exclusivement terrestres, l?accord, si site
militaire, du Commandant de Zone Terre ;
? les sites mixtes, l?accord du Commandant de
Zone Terre si site militaire et du Commandant
de Zone Maritime ;
? les sites exclusivement marins, l?accord du Com-
mandant de Zone Maritime.
5/ L?avis du conseil régional, ou, en l?absence de
réponse, les éléments permettant d?attester de sa
saisine formelle (accusé de réception de transmis-
sion du dossier de consultation à la région, lettre
signée, etc.)
Ces cinq documents sont à transmettre au format
électronique au Ministère en charge de l?environ-
nement. Ils sont à envoyer à la boite générique du
bureau ET5 de la DEB et5.deb.dgaln@developpe-
ment-durable.gouv.fr ainsi qu?à le ou la chargé(e)
de mission désignation de site Natura 2000.
6/ La/les couche(s) cartographique(s) du site sont à
déposer sur l?application de saisie des FSD dans l?on-
glet « Localisation ». Les formats d?échanges sont
les formats SHAPE ou GEOPACKAGE. Il convient
d?utiliser la projection en Lambert 93 pour la réali-
sation de la digitalisation du contour du site
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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ANNEXE 4
Format cartographique des périmètres
de site Natura 2000
Rappel :
Pour rappel, dans le cas d?une création ou d?une
modification de périmètre de site Natura 2000 dé-
cidée à la suite des consultations locales, un jeu de
carte(s) est à fournir à l?administration centrale qui
est destiné à la signature des arrêtés de désignation
ou modificatifs de ZPS ou ZSC.
Mise en page des cartes :
Les cartes destinées à la signature des arrêtés dé-
signation ou modification de ZPS ou ZSC doivent
être lisibles.
Pour tous les sites Natura 2000, une cartographie
d?assemblage doit être réalisée selon une échelle et
une qualité acceptable pour visualiser l?ensemble du
site Natura 2000 désigné et permettre une bonne
lisibilité des contours. Pour les sites terrestres ou
mixte, les cartes individuelles doivent être réalisées
au 1/25 000ème. Le nombre de planche dépendra
donc de la superficie du site Natura 2000.
Pour toutes les cartes, le périmètre doit compor-
ter une trame hachurée, les trames pleines ou les
pointillés ne sont pas acceptées. L?épaisseur doit
permettre une lisibilité correcte du fond, sans que
ce soit au détriment de la lisibilité du contour. La
police d?écriture est de taille 11 en Times New Ro-
man.
La superficie du site ne doit pas apparaître
sur la ou les cartes. Ce sont le FSD et la fiche
de synthèse qui indiquent la superficie.
Les informations suivantes doivent figurer
sur les cartes sous forme d?une étiquette :
? intitulé de la carte (il doit préciser si le
site fait l?objet d?une désignation ou d?une
modification) ;
? type de carte (carte d?assemblage ou por-
tion de carte) ;
? sur la carte d?assemblage, il faut indiquer
le nom du ministre et du ministère ainsi
que celui du ministère des armées en cas
de cosignature ;
? nom du ou des départements et de la ou
des régions concernées ;
? code unique du site (FRXXXXXXX) ;
? nom du site ;
? échelle de la carte ;
? fond de carte (IGN Scan de préférence).
Particularités pour les sites à composante
marine :
Pour les sites marins, l?échelle des cartes
individuelles est laissée à l?appréciation du
service instructeur et doit être dans tous
les cas inférieure au 1/100 000ème et être
à l?échelle la plus grande possible pour per-
mettre une bonne lisibilité du contour du
site. Si la carte ne permet pas de localiser le
site par rapport à des repères connus (îles,
villes, cours d?eau, la côte dans le cas des
sites entièrement marin, etc.), il conviendra
d?ajouter au dossier un plan de situation à
une échelle plus petite.
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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Exemple mise en page
carte assemblage
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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Exemple mise en page
carte individuelle
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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Exemple de mise en page carte
d?assemblage de site marin
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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Exemple de mise en page carte
individuelle de site marin
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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ANNEXE 5
Formulaire de consultation des autorités
militaires
Formulaire de consultation réglementaire préalable dans le cadre de la procédure de désignation
ou de modification de sites Natura 2000
GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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GUIDE DESIGNATION NATURA 2000
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Direction générale de l'Aménagement, du Logement
et de la Nature
Direction de l'eau de la biodiversité
Sous-direction de la protection et de la restauration
des écosystèmes terrestres
Bureau des outils territoriaux de la biodiversité
Tour Séquoia - 92055 La Défense Cedex
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