Dialogue territorial pour la protection et la valorisation des zones humides, et la création d'un parc national - Rapport de visite de site - n°4 Site de Basse vallée du Doubs et Bresse
GUERY, Bénédicte ;HUBERT, Louis ;LAFAYE-DE-MICHEAUX, Flore ;ROBINET, Olivier ;PARMENTIER, Hervé ;VIRET, Christophe
Auteur moral
France. Inspection générale de l'environnement et du développement durable (IGEDD)
Auteur secondaire
Résumé
<div style="text-align: justify;">Le rapport de visite relatif au site de Basse vallée du Doubs et Bresse est une annexe du rapport de l'IGEDD n° 014422-01, relatif à « la conduite d'un dialogue territorial pour la protection et la valorisation des zones humides, et la création d'un parc national ». Le dialogue territorial a concerné dix-huit sites de zones humides parmi les plus emblématiques de France identifiés à l'issue d'une première mission de l'IGEDD. Ce rapport de visite constitue, avec les dix-sept autres rapports, le volet territorial du rapport principal. Chaque rapport de site peut être lu séparément. Ce document offre un diagnostic général du site et des dynamiques en place, il présente les principaux messages des parties prenantes rencontrées par la mission et propose une analyse des atouts, faiblesses, opportunités et menaces du territoire, aux regards des enjeux de leurs zones humides. Enfin, il préconise des actions opérationnelles à court terme pour leur préservation et valorisation. Celles-ci ont vocation à être soutenues par l'Etat, ses opérateurs et les collectivités territoriales.</div>
Editeur
IGEDD
Descripteur Urbamet
zone humide
;protection de la nature
;milieu naturel
;rivière
;eau superficielle
;restauration
;vallée
;biodiversité
Descripteur écoplanete
pisciculture
;réserve naturelle nationale
;site Natura 2000
;biodiversité
Thème
Environnement - Paysage
;Ressources - Nuisances
Texte intégral
igedd.developpement-durable.gouv.fr
4. Site de Basse vallée du Doubs et Bresse
Dialogue territorial pour la protection et la
valorisation des zones humides, et la création
d?un parc national ? Rapport de visite de site
Flore Lafaye de Micheaux
Hervé Parmentier
Rapport n° 014422-01D
Avril 2023
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Rapport n° 014422-01D
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Dialogue territorial pour la protection et la valorisation des
zones humides, et la création d?un parc national ? Rapport
de visite de site
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Sommaire
1 Introduction ................................................................................................................ 3
2 Fiche de présentation du territoire ........................................................................... 4
3 Enseignements de la visite ....................................................................................... 5
3.1 Eléments de contexte ............................................................................................ 5
3.2 Principaux messages des personnes auditionnées ............................................... 5
3.3 Analyse AFOM relative aux enjeux de protection et valorisation du site ............... 9
3.4 Synthèse des enjeux ........................................................................................... 10
4 Leviers d?actions et outils pour renforcer la protection et la valorisation .......... 11
4.1 Actions prioritaires liées au site ........................................................................... 11
4.2 Enseignements utiles pour la mise en oeuvre nationale de la protection des
milieux humides .................................................................................................. 12
4.3 Appréciation de la mission sur la possibilité d?engager une démarche de parc
national ............................................................................................................... 13
Annexes ........................................................................................................................ 14
Annexe 1 Cartes du territoire ...................................................................................... 15
Annexe 2 - Liste des personnes rencontrées ............................................................ 17
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Rapport n° 014422-01D
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1 Introduction
Ce rapport de visite est une annexe du rapport de l?IGEDD n°014422-01, relatif à « la conduite d?un
dialogue territorial pour la protection et la valorisation des zones humides, et la création d?un parc
national ».
Le dialogue territorial a concerné 18 sites de zones humides parmi les plus emblématiques de
France identifiés à l?issue d?une première mission de l?IGEDD1.
Ce document constitue, avec les 17 autres rapports, le volet territorial du rapport principal. Chaque
rapport de site peut être lu séparément,
Il offre un diagnostic général du site et des dynamiques en place, il présente les principaux
messages des parties prenantes rencontrées par la mission et propose une analyse des atouts,
faiblesses, opportunités et menaces du territoire, au regard des enjeux de leurs zones humides.
Enfin, il préconise des actions opérationnelles à court terme pour leur préservation et leur
valorisation. Celles-ci ont vocation à être soutenues par l?Etat, ses opérateurs et les collectivités
territoriales.
1 https://igedd.documentation.developpement-durable.gouv.fr/notice?id=Affaires-0012595
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2 Fiche de présentation du territoire2
Site 4 : Basse vallée du Doubs et Bresse (voir annexe 1)
Région Bourgogne-France-Comté / Département Jura ? Saône-et-Loire
Superficie estimée du site hu-
mide emblématique (ENSH)3
47 638 ha (7 018 ha pour la partie relative à la Basse vallée du Doubs)
Présentation Le Doubs est une rivière marquée par deux faciès distincts : une vallée relati-
vement encaissée sur les plateaux du Jura, en système karstique, puis une
vallée alluviale qui correspond à l?entrée dans le fossé bressan (rift Nord-Ouest
européen) vers Dole, jusqu?à la confluence avec la Saône. Le site couvre la
vallée du Doubs dans sa partie en aval de Dole. La rivière y présente des
méandres, et sa dynamique latérale est relativement préservée, au moins
dans la zone inter-digues.
La Bresse jurassienne est constituée de milieux humides de plateau, avec de
nombreux étangs intra forestiers alimentés par les écoulements de surface. La
Bresse bourguignonne est constituée d?étangs en milieu ouvert, où s?exerce
encore une pisciculture traditionnelle, en déprise néanmoins.
Le Doubs a fait l?objet depuis 2008 de réflexions puis d?actions coordonnées
de restauration morphologique, particulièrement à partir de 2013 à travers le
contrat de rivière porté par l?Etablissement public territorial (EPTB) Saône-
Doubs, et plus récemment, via la mise en oeuvre de la compétence GEMAPI
(Syndicat mixte Doubs-Loue et EPAGE Seille). Les structures animatrices de
Natura 2000 (EPTB, Centre permanent d'initiatives pour l'environnement
(CPIE) Bresse et d?autres acteurs (fédération départementale des chasseurs)
sont également fortement engagés pour la protection des milieux humides du
site.
Intérêt spécial du site et de son
caractère emblématique
La dynamique du système Doubs permet la constitution d?une riche gamme
de milieux naturels alluviaux. Le site présente dans son ensemble un panel
diversifié de zones humides alluviales et d?étangs intérieurs, à fort enjeu au
titre du patrimoine naturel. Le site est néanmoins hétérogène, avec une césure
historique, culturelle et de pratiques entre la partie bourguignonne d?un côté
(duché de Bourgogne) et la partie jurassienne de l?autre (duché de Franche-
Comté).
Principaux enjeux de biodiver-
sité liés aux milieux humides
L?étude du MNHN (2021) met en évidence des contributions fortes de ce site
à la biodiversité globale des milieux humides en France (13 mailles à enjeux
forts). Les étangs de Bresse et la basse vallée du Doubs sont tous deux des
sites susceptibles d?être classés Ramsar, car relevant de plusieurs critères de
la convention Ramsar pour le réseau des sites d?importance internationale.
Types de milieux Vallée alluviale et étangs intérieurs
Evolution de l?état du site Le site a été fortement anthropisé par le passé (chenalisation partielle du
Doubs pour le transport du bois et extraction de granulats). Le changement de
l?occupation du sol dans le lit majeur (conversion des prairies en grandes cul-
tures) se poursuit, en parallèle d?actions positives comme les travaux de re-
conquête du milieu (reconnexion d?annexes hydrauliques).
Les étangs de Bresse sont peu profonds, donc sensibles aux changements
climatiques (évaporation) et aux pollutions diffuses. Ils sont en dégradation
selon l?évaluation nationale des milieux humides emblématiques (2020). Le
déclin de l?activité piscicole prive ces milieux de pratiques de gestion favorisant
le maintien de la biodiversité (par exemple pêche régulière, variation des ni-
veaux d?eau, voire assec prolongé des étangs tous les 6 à 10 ans).
Couverture existante par des
aires protégées
Le site est couvert par deux APPB (au total environ 1840 ha) et trois sites
Natura 2000 (près de 7000 ha). Il existe également une réserve naturelle na-
tionale, l?Ile Du Girard (135 ha).
2 Cette fiche est adaptée du rapport de mission relative à la création d?un parc national de zones humides, IGEDD,
mars 2022.
3 Cette superficie ne préfigure en rien un éventuel périmètre pertinent pour traiter les enjeux écologiques du site.
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3 Enseignements de la visite
3.1 Eléments de contexte
Le déplacement sur le site « basse vallée du Doubs et Bresse » s?est déroulé en deux temps, le
premier dévolu à des visites de terrain, et le second consacré aux auditions d?acteurs locaux. Les
visites de terrain ont été programmées et rendues possibles grâce à l?appui des CEN Franche
Comté et Bourgogne, de l?établissement public territorial de bassin (EPTB) Saône Doubs, du
syndicat mixte Doubs Loue et de l?établissement public d?aménagement et de gestion des eaux
(EPAGE) Seille. Ces visites se sont déroulées le 18 novembre 2022. Elles ont permis de découvrir
les enjeux liés à deux étangs, l?un en Bourgogne, l?autre en Franche-Comté en zone de forêts,
ainsi que deux sites de travaux de renaturation dans la basse vallée du Doubs.
Pour saisir ce site interdépartemental dans un délai restreint, la mission a fait le choix de concentrer
ses entretiens dans le département du Jura, majoritairement concerné. Les entretiens se sont
tenus les 28 et 29 novembre 2022. Certains entretiens ont été menés à distance, avant ou après
le déplacement de la mission, selon ses disponibilités et celles de ses interlocuteurs.
Les entretiens sur site ont été organisés par la Direction départementale des territoires (DDT) du
Jura. La mission n?a pas sollicité les acteurs du territoire de Saône-et ?Loire car ce dernier est peu
concerné par le site, avec un court linéaire du Doubs jusqu?à sa confluence avec la Saône.
Cependant, elle avait été informée du projet de parc naturel régional autour de la Bresse, et a
sollicité un entretien téléphonique avec la députée de la 4ème circonscription de Saône-et-Loire pour
collecter des informations sur ce projet de territoire et son périmètre envisagé. La mission remercie
l?ensemble des acteurs rencontrés (40 personnes, voir liste en annexe 2) qui ont accepté de se
rendre disponibles pour évoquer les enjeux, les difficultés et les actions menées pour la protection
des milieux aquatiques et humides autour de la basse vallée du Doubs et de la Bresse.
3.2 Principaux messages des personnes auditionnées
Les acteurs locaux rencontrés peuvent être regroupés par type d?acteurs (Etablissements publics
de coopération intercommunale (EPCI), monde agricole, monde de la chasse, association de
l?environnement, etc.). Les entretiens étaient parfois bilatéraux (chambre d?agriculture, fédération
des chasseurs, direction départementale des territoires), ou à l?inverse rassemblaient un collectif
de représentants (présidents des EPCI, bureau du syndicat mixte Doubs Loue, gestionnaires de
milieux, etc.).
Les principaux messages ressortant de ces entretiens sont les suivants :
Acteurs agricoles :
Le monde agricole a fait connaître son opposition au projet de parc national sur la basse vallée du
Doubs et Bresse lors de la session de novembre 2022 de la chambre d?agriculture du Jura, avec
l?adoption d?une délibération en ce sens. Cette délibération affirmait le rejet du parc national et
rappelait les nombreuses actions déjà en cours dans le département en faveur des zones humides.
La chambre d?agriculture, lors d?une audition, a souligné que la sécheresse de l?été 2022 avait eu
pour conséquence d?affecter la constitution du fourrage, bien que l?automne pluvieux ait permis aux
agriculteurs de reconstituer un certain stock. Surtout, les coûts de l?irrigation ont fortement
augmenté. L?épisode de sécheresse a ainsi entraîné une prise de conscience de la nécessité d?être
plus résilient, et les prairies présentent un intérêt évident pour les exploitants en polyculture-
élevage dans ce contexte (baisse des charges). La conversion de prairies en céréales n?a pas
vraiment de sens économiquement dans les zones trop humides car il faut financer du drainage
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lourd. Cependant elle devient plus attractive dans les zones d?intérêts agronomiques supérieurs
qui permettent des cultures à haute valeur ajoutée. Il faut des aides fortes, notamment à travers la
structuration de filières, si l?on souhaite dissuader ces pratiques, notamment pour les zones
intermédiaires (à l?intérêt agronomique moyen). Les plans alimentaires territoriaux, mis en oeuvre
par les pays ou les EPCI- peuvent présenter des opportunités pour avancer dans ce sens.
Il a été rappelé enfin que des mesures trop ponctuelles, par exemple à l?échelle de quelques
exploitations dispersées, ne présentent pas d?effet de levier sur l?objectif recherché. Cela les rend
difficilement acceptables, même aidées financièrement, pour les agriculteurs qui ne perçoivent pas
le sens de ces contraintes. A l?inverse, si des mesures sont portées collectivement (par exemple à
l?échelle d?une aire de protection de captage), les mesures sont plus facilement adoptées par les
agriculteurs. Il faut aussi éviter les mesures trop normées qui ne permettent pas de répondre aux
situations diverses des exploitants, et manquent leur cible ou ne sont pas retenues. Enfin, pour un
agriculteur, les compensations foncières sont plus convaincantes que les compensations
financières ; les approches foncières sont pertinentes, à condition de trouver une organisation à
l?assise financière suffisante.
Acteurs de la chasse :
La fédération des chasseurs dans le Jura s?est fortement engagée dans la protection des milieux
humides depuis 20 ans. Aujourd?hui, elle compte la moitié de ses effectifs engagés dans des
actions d?ingénierie écologique ou d?éducation à l?environnement, et gère près de 600 ha de milieux
naturels dans le département. Elle a été à l?initiative du premier inventaire départemental des zones
humides, et anime le comité départemental des zones humides qui regroupe services de l?état,
opérateurs et gestionnaires de milieux. C?est aujourd?hui un acteur reconnu de terrain qui apporte
une expertise auprès des petites communes et s?associe à diverses organisations dans le
département sur le sujet, notamment autour de travaux de restauration des milieux (mares,
ruisseaux, étangs) pour lesquels la fédération apporte aussi de l?autofinancement. L?eau est un
sujet qui va prendre de plus en plus d?importance car elle est moins abondante.
La fédération des chasseurs n?est pas favorable à un parc national car elle ne souhaite pas voir
créer de nouvelles structures de protection. Elle milite pour le renforcement des dynamiques
positives en place (priorisation des actions via les EPAGE et le Syndicat mixte Doubs Loue,
démarches Natura 2000, suivi des actions menées pour vérifier les progrès réalisés). Elle
recommande d?utiliser les démarches des PAT pour aller plus loin et indique son souhait de
travailler avec les services de l?Etat dont l?activité régalienne et de contrôle est importante pour
décourager les mauvaises pratiques, mais aussi faciliter les projets vertueux.
Acteurs de la pêche :
La fédération départementale de la pêche souligne le travail partenarial mené autour des milieux
humides dans le département du Jura. La sensibilité du département aux milieux naturels,
notamment aux rivières à forte dynamique fluviale (Doubs, Loue) est plus forte que dans le
département voisin de Saône et Loire, où la majorité des rivières présentent un profil très différent
de celui de la basse vallée du Doubs, qui se trouve « minoritaire ».
Le Doubs et la Loue sont des milieux fortement anthropisés dans la mesure où le transit
sédimentaire a été fortement altéré. Une incision importante du lit en a résulté. Il est difficile dans
ce contexte de parvenir à mener des actions de restauration qui parviennent à avoir un effet
biologique au-delà du secteur immédiat des travaux. La basse vallée du Doubs avait été un temps
envisagée pour une labellisation internationale « rivière sauvage » mais l?existence des digues
historiques a rendu ce projet caduc (le label est finalement retenu pour des milieux beaucoup moins
contraints dans l?Est de l?Europe).
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Les étangs présentent des caractéristiques patrimoniales très intéressantes mais ils sont menacés
par une privatisation de ces espaces et de nouveaux modes de gestion qui ne permettent plus
d?assurer leur bon fonctionnement biologique (déprise des activités traditionnelles de pisciculture
extensive qui assuraient une gestion coordonnée inter étangs).
Associations de l?environnement :
Les associations de l?environnement soulignent le différentiel de traditions et de types de cultures
agricoles entre le secteur de la basse vallée du Doubs et les étangs de Bresse, où se trouvent de
multiples propriétaires privés. Sur Natura 2000, l?EPTB Saône Doubs fait travailler un collectif qui
fonctionne très bien. La LPO a soutenu la DREAL et la Région pour l?animation locale et le suivi de
l?APPB sur la vallée du Doubs. Sur les étangs, il est difficile de mener des actions coordonnées.
Pourtant ces étangs sont un atout considérable pour la biodiversité, avec des connexions
fonctionnelles avec la basse vallée du Doubs, par exemple en ce qui concerne l?avifaune. Les
étangs de Bresse sont un habitat naturel qui abritent un chevelu de rivières très développé. C?est
une région humide bordées de prairies naturelles qui mérite d?être dotée d?une institution qui
travaille à sa protection. Il reste cependant à trouver le meilleur outil qui fasse l?objet d?une
acceptabilité sociale. La démarche de parc national il y a dix ans a laissé des traces importantes,
et continue à faire peur. Un parc national est perçu comme inévitablement une source de
contraintes.
Les EPCI sont des acteurs déterminants pour l?évolution du territoire, mais ils doivent encore
progresser dans leur connaissance des milieux et des conséquences des aménagements sur les
milieux; le partenariat avec les associations de l?environnement est à ce titre insuffisant. La prise
en compte des incidences sur les sites Natura 2000 n?est pas toujours respectée. De plus, il y a
des zones hors Natura 2000 qui sont intéressantes sur le plan écologique (nappes perchées, cours
d?eau secondaires rectifiés dans la plaine agricole au-delà de l?inter-digues, etc.) et qui échappent
à ce dispositif.
Elus des EPCI :
L?eau est au coeur de l?identité du territoire, depuis toujours. C?est donc une problématique
particulièrement bien identifiée localement. Plusieurs structures se partagent le sujet : les EPCI qui
portent la GEMAPI, les structures Natura 2000, les EPAGE et le syndicat mixte Doubs Loue qui a
bien intégré la double approche protection des inondations et gestion des milieux aquatiques. De
nombreux travaux de reconnexion de bras morts (« mortes ») et de suppression de certaines
digues pour élargir les zones d?expansion des crues et redonner de la mobilité à la rivière sont déjà
menés. La démarche Natura 2000 a su trouver sa place progressivement grâce à une approche
de terrain, contractuelle. Son périmètre est centré sur la zone inter-digues autour de la rivière, sans
empiéter sur les grandes cultures.
La démarche de parc national, verticale, d?il y a 11 ans, avait immédiatement et unanimement déplu.
Aujourd?hui encore, c?est un projet qui ne paraît pas pertinent. Il y a une cohérence dans les
politiques locales menées grâce à un fonctionnement en collégialité entre les élus. Les élus sont
prêts à faire des propositions pour la stratégie nationale des aires protégées (SNAP), avec l?idée
de faire mûrir les projets pendant le premier cycle de la SNAP. Enfin, les élus soulignent que le
projet de territoire pour la gestion de l?eau (PTGE) et les plans alimentaires territoriaux (PAT) sont
des lieux de discussion importants et des opportunités pour progresser dans le domaine de la
gestion de l?eau et des milieux aquatiques.
Les élus reprochent les retards dans le versement des aides agricoles (mesures agro-
environnementales et climatiques, MAEC) et les délais d?instruction des dossiers de restauration
des milieux, qui se comptent parfois en années. Un nouveau tourisme vert fait son apparition et
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doit être accompagné, notamment l?activité de canoé-kayaks.
Elus du syndicat mixte Doubs Loue (SMDL):
Les élus du syndicat mixte Doubs Loue soulignent les réalisations positives du syndicat pour les
milieux humides. Elles ont exigé un important travail politique de conviction pour rassurer les
riverains, lorsqu?il s?agissait de supprimer certaines digues pour élargir les zones d?expansion des
crues. Ce type d?opérations bute souvent sur un problème de foncier. Le bureau du syndicat pointe
également la difficulté posée par l?annulation par le Conseil d?état du décret de 2020 qui exonérait
les travaux de renaturation de procédure d?autorisation loi sur l?eau. Enfin, il est également évoqué
le montant important des mesures de suivi post-travaux (à échéance 2, 5, 10 ans) qui ne sont pas
toujours financées dans le cadre des projets. Le programme d?investissement du SMDL est de 4,5
M ¤ pour la restauration des milieux pour la période 2020-2024.
EPAGE Seille (président et services) :
Avant la création de l?EPAGE Seille en 2020, l?EPTB suivait le cours d?eau et son bassin, avec le
portage d?un contrat de bassin Seille financé par l?agence de l?eau (l?EPTB faisait de l?assistance à
maîtrise d?ouvrage pour les collectivités ou les syndicats de rivières). Par contre, période orpheline
entre 2010 et 2020. L?émergence de l?EPAGE Seille, à cheval sur trois départements, et sa création
ont demandé un travail politique soutenu pendant trois ans. Le premier programme de travaux
reprend essentiellement les travaux déjà identifiés par les acteurs ; le second aura pour ambition
de renforcer les mesures pour les zones humides, pour faire en sorte de retenir et gérer l?eau,
plutôt que la laisser partir. Un plan de gestion stratégique des zones humides est exigé par l?agence
de l?eau au préalable de financements. Une partie du travail qui incombe à l?EPAGE est de parvenir
à décloisonner le cours d?eau qui est régulièrement cloisonné par des successions d?étangs. Enfin,
un conventionnement avec les EPCI permettra d?obtenir des financements bonifiés sur certains
travaux : restauration morphologique, reméandrage, thématiques zones humides, en plus de
conforter les financements.
Gestionnaires des milieux :
Les gestionnaires des milieux soulignent la diversité des habitats naturels et des espèces sur la
basse vallée du Doubs (prairies de fauches, pâturages, anciens méandres, etc.). Les bras morts
dans la zone inter-digues sont des annexes très importantes, notamment pour permettre le repli
des poissons. Le secteur du Doubs en Saône et Loire est moins artificialisé que celui du Jura. Dans
ce secteur, il est fait mention des programmes réalisés au titre du contrat de rivière (contrat de
bassin sur la Loue), qui sont bien aidés par l?agence de l?eau, en plus des périmètres Natura 2000
et des actions à ce titre. Sur les étangs, compte tenu de la difficulté de faire de l?acquisition en
raison de leur prix, les actions sont plus ponctuelles, essentiellement portées par les CEN ou le
Centre permanent d'initiatives pour l'environnement (CPIE) Bresse. 18 étangs sont dans la zone
Natura 2000. Il s?agit aussi de soutenir ou d?accompagner l?activité piscicole qui est devenue
marginale car le métier est très physique et peu rémunérateur. Il est difficile de parvenir à obtenir
la mise en assec coordonnée des étangs, pour limiter les impacts sur la faune piscicole.
Un partenariat est mené avec la Ligue de protection des oiseaux (LPO) pour la sensibilisation du
public et pour le suivi ornithologique. Des mesures sont prises pour sensibiliser le public aux
mesures réglementaires, mais il y a un manque criant de moyens de police au sein des services
de l?État pour assurer le respect de la réglementation. Se posent des problématiques de
fréquentation, de plantes exotiques envahissantes (Jussie), et dans certains secteurs d?étangs en
déprise, l?émergence de projets de photovoltaïsme flottant, susceptibles de poser des problèmes
pour les habitats et les espèces.
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Services de l?État et opérateurs :
Le projet de parc national est très mal perçu dans le département, l?acceptabilité sociale semble
nulle. La sécheresse de cet été a fortement marqué les esprits, non seulement à cause des effets
de l?arrêté sécheresse (qui a dû limiter les usages : le canoé kayak a été interdit pendant la période
estivale, cela ne s?était jamais produit), mais à cause de ses effets sur les prairies qui ont jauni très
tôt ? des éleveurs ont dû acheter du foin durant l?été. Le secteur irrigué au nord du département
n?a pas été touché mais les frais de l?irrigation ont fortement augmenté avec la hausse du prix de
l?énergie.
Le suivi des mesures de compensation prises au titre de l?instruction des dossiers loi sur l?eau n?est
pas assez fin, il faudrait des ressources et des compétences naturalistes pour mener une analyse
qualitative. Cela permettrait d?être plus efficient sur la thématique zones humides et montrer
l?exemple vis-à-vis des acteurs de l?aménagement du territoire. Le foncier est également un levier
très important. Des recommandations plus générales de la mission sur la question des territoires
de compensation et d?offres de compensation pourraient être utiles.
3.3 Analyse AFOM4 relative aux enjeux de protection et valorisation
du site
L?analyse atouts-faiblesses-opportunités-menaces est construite par la mission sur la base de son
analyse des éléments issus des entretiens :
4 Atouts/faiblesses : endogènes au territoire et/ou actuels ? Opportunités/menaces : extérieures au territoire et/ou
montant en puissance
Atouts Faiblesses
? Ensemble de milieux humides diversifiés, avec une
très forte richesse patrimoniale, et en connexion
fonctionnelle (étangs et basse vallée du Doubs) en
particulier pour l?avifaune
? Dynamique qui fonctionne bien sur le site Natura
2000 Basse vallée du Doubs
? Nombreuses actions de restauration de milieux
aquatiques menées depuis 20 ans, avec le soutien
de l?agence de l?eau
? Bonne intégration de l?approche protection des
inondations et gestion des milieux aquatiques sur
le Doubs
? Cohérence entre les politiques locales grâce à un
fonctionnement en collégialité des élus des collec-
tivités
? Présence d?un Comité départemental des zones
humides qui rassemble des gestionnaires de mi-
lieux (pilotage : fédération départementale des
chasseurs).
? Modification ancienne du lit du Doubs, avec une
forte atteinte à la mobilité du cours d?eau.
? Multiples propriétaires privés sur les étangs, ce qui
rend les actions coordonnées difficiles ; en outre,
césure culturelle et des pratiques entre départe-
ments de Saône-et-Loire et du Jura.
? Impacts pour la qualité de l?eau de l?intensification
des pratiques agricoles dans le lit majeur du
Doubs, notamment suite au Plan Sucre qui a sou-
tenu le développement de l?irrigation dans le sec-
teur nord (intrants et pesticides).
? Aides pour la profession agricole insuffisantes pour
renverser les tendances au retournement des prai-
ries ou à la réduction d?intrants (périmètres, vo-
lumes, délais de versement, etc.).
? Moyens insuffisants de police, de contrôle et de
suivi des mesures compensatoires.
? Milieux humides hors zones Natura 2000 (cours
d?eau secondaires, etc.) peu considérés.
? Effets délétères dans le territoire de l?annonce d?un
projet de parc national (autour de 2010-2011).
Opportunités Menaces
? La sécheresse de 2022 a fait prendre conscience
de l?importance des prairies de fauche pour assu-
rer une autonomie en fourrage (réduction des
charges).
? Réchauffement des eaux et changements hydrolo-
giques liés au dérèglement climatique, et leurs ef-
fets sur les habitats et les espèces.
? Tensions sur la ressource en eau.
? Espèces invasives.
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3.4 Synthèse des enjeux
Selon les propos des acteurs locaux, le site de la basse vallée du Doubs et Bresse présente trois
enjeux principaux :
- Le Doubs est soumis à des pressions anthropiques importantes, sur le plan
hydromorphologique et de la qualité de l?eau. L?une des réponses est, outre l?organisation
d?un partage de l?eau équilibré, d?amplifier les actions de renaturation et de reconnexion des
annexes hydrauliques qui rencontrent cependant plusieurs difficultés (financements, maîtrise
d?ouvrage, complexité des procédures, perte du transit sédimentaire). Le suivi dans le temps
des mesures menées est un aspect important des projets, et doit bénéficier de financements.
- Les étangs de Bresse présentent des potentialités importantes mais difficiles à faire émerger
en l?absence de maîtrise d?ouvrage (dispersion des propriétaires, foncier essentiellement
privés, forte régression de l?activité traditionnelle piscicole).
- Les outils en place pour orienter les pratiques agricoles qui permettent de conforter l?intégrité
et les fonctionnalités des zones humides sont encore largement insuffisants ; en particulier,
les volumes de MAEC ne sont pas à la hauteur des besoins, et en outre, les délais de
versement sont très longs.
Enfin, les acteurs font systématiquement référence aux effets délétères dans le territoire de
l?annonce d?un projet de parc national sur la basse vallée du Doubs en 2010-2011, et s?accordent
à recommander de ne pas mener de nouvelle démarche en ce sens dans le territoire, dans la
mesure où celui-ci s?est organisé pour progresser sur la thématique de la préservation et la
restauration des milieux humides. Il est notamment fait référence à de multiples actions de
renaturation, mais aussi de gestion notamment à travers la démarche Natura 2000, qui s?avère à
la fois positive, dynamique mais encore complexe à décliner, selon les propos recueillis.
? Mise en route de l?EPAGE Seille et succès de cer-
taines opérations récentes de restauration des mi-
lieux aquatiques (confluence Doubs Loue, ruis-
seau de Panesière).
? Des projets ponctuels de protection forte pour-
raient émerger dans le cadre de la SAP
? Les démarches PTGE et PAT en cours offrent des
lieux de discussion entre acteurs et peuvent géné-
rer de nouveaux modes de gestion collective
? Effets de la nouvelle PAC sur l?attractivité des
MAEC en zones Natura 2000.
? Disparition de l?activité piscicole traditionnelle dans
les étangs, conduisant à l?absence d?entretien.
? Rallongement des délais d?instruction des projets
de renaturation des cours d?eau suite à la décision
du conseil d?Etat
? Moyens d?animation et de gestion des milieux en
diminution
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Avril 2023
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4 Leviers d?actions et outils pour renforcer la protection et
la valorisation
4.1 Actions prioritaires liées au site
Parmi les propositions des acteurs rencontrés, la mission a retenu la liste suivante :
1. Soutenir les travaux du PTGE pour un partage équilibré de la ressource en eau
La mission recommande de poursuivre les travaux relatifs au PTGE pour progresser dans la
mise en oeuvre d?un partage équilibré de la ressource en eau. Les études en cours sur les
interconnexions entre cours d?eau et nappes alluviales sont à ce titre essentielles. Elles doivent
intégrer la dimension interdépartementale de la basse vallée du Doubs, ainsi que les impacts
sur les cours d?eau secondaires.
Des financements dédiés pour réduire le reste à charge des collectivités doivent être identifiés,
pour la partie études mais également pour les actions à mener en application des décisions de
la démarche PTGE (voir mesures Interventions dans la section dédiée aux politiques publiques
à l?échelon national).
2. Mettre en place une coalition départementale pour accompagner les stratégies
foncières au bénéfice des zones humides
Animation d?une coalition départementale associant à l?échelle du département les EPCI,
EPAGE, syndicats de rivières, EPTB Saône-Doubs, CEN Franche Comté et Bourgogne,
fédération départementale des chasseurs ainsi que SAFER et EPLF, avec l?Agence de l?eau et
l?ARB (estimée à 50 000 ¤ pour 2024-2025).
Cette action pourrait être initiée dans le cadre des discussions collectives autour de la
territorialisation de la stratégie nationale pour les aires protégées (SNAP). L?objectif serait de
partager régulièrement de l?information et fluidifier les opérations foncières lorsque les
opportunités se présentent, avec le soutien de l?assise financière de l?EPLF ou d?autres acteurs
publics.
La mission préconise de mettre l?accent sur les milieux humides de plaine (étangs, basses
vallées du Doubs et de la Loue) dans le cadre des travaux de la SNAP en cours.
3. Intégrer la thématique préservation des milieux humides aux Plans d?alimentation
territoriaux (PAT)
L?objectif serait de structurer le soutien au pâturage en prairies pour la qualité du lait et de la
viande, à travers le travail collectif mené dans le cadre des PAT. La finalité est de parvenir à
maintenir les zones intermédiaires (à intérêt agronomique moyen) en prairies, et éviter les
retournements pour installer des cultures céréalières. Un financement dédié pourrait être mis
en place et soutenu par le Plan national milieux humides (estimée à 100 000 ¤ pour 2023-
2024).
Un appui à la filière piscicole dans les étangs pourrait être également étudié dans ce cadre
(voir action nationale sur ce sujet, au Chapitre 3) avec l?objectif de développer des productions
locales de poissons à destination des actions de repeuplement (enjeu sanitaire des
importations actuelles de poissons).
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Rapport n° 014422-01D
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4. Améliorer la coordination des polices autour des milieux humides en plaine et le
suivi des mesures compensatoires
En application des récentes recommandations nationales, un COLDEN5 pourrait être mis en
place pour coordonner l?action des services de police environnementale, sous l?autorité du
préfet et du procureur et en liaison avec les travaux de la Mission inter-services de l?eau et de
la nature (MISEN). Un focus sur les milieux humides de plaine (milieux alluviaux de la basse
vallée du Doubs, et de ses affluents) serait opportun pour cibler ces milieux à enjeux.
La mission recommande que la stratégie annuelle du COLDEN relative aux milieux aquatiques
et humides soit discutée au préalable et établie en concertation avec l?ensemble des EPCI
(organismes Gemapiens), l?EPAGE Seille, le syndicat mixte Doubs Loue et l?EPTB Saône
Doubs pour bénéficier des retours d?expérience des opérateurs locaux.
La mission recommande également la mise en place d?un dispositif expérimental de soutien au
suivi des mesures compensatoires qui sont fixées par arrêté préfectoral au terme des
procédures loi sur l?eau. Dans cette perspective, le soutien de compétences naturalistes de
gestionnaires de milieux (par exemple CEN) pourrait être sollicité pour mener les inventaires
naturalistes nécessaires, la DDT conservant l?instruction administrative des suites à donner
auprès des pétitionnaires. Une expérimentation sur 2 ans pourrait être menée avec des
financements dédiés du Plan national pour les milieux humides (estimée à 50 000 ¤ pour 2024-
2025).
4.2 Enseignements utiles pour la mise en oeuvre nationale de la
protection des milieux humides
A l?occasion de sa visite, la mission souhaite mettre en exergue quelques actions menées dans le
territoire, qui pourraient utilement inspirer d?autres sites de zones humides, notamment des sites
d?étangs :
- Déploiement d?une étude d?évaluation de l?utilité sociale de projets de restauration de milieux
aquatiques, de préservation de la biodiversité et/ou de protection de la ressource en eau :
accompagnement d?une expérimentation sur les étangs du Bief d?Ainson (Jura). Cette étude
est menée en co-animation par le cabinet ASCA, la fédération départementale de pêche et la
fédération départementale de chasse du Jura ; elle bénéficie de financements de l?Agence
de l?Eau RMC. L?objet est de mieux identifier les perceptions des diverses dimensions de
l?utilité sociale des milieux d?étangs.
- Fourniture d?une ingénierie écologique apportée par les effectifs de la fédération des
chasseurs auprès des petites communes rurales. La structure, qui assure des travaux en
régie, et propose des montages technique et financier, dispose de compétences et d?une
technicité reconnues. Elle anime en outre le comité départemental des zones humides. A
noter que dans le territoire, les collectivités plus importantes (EPCI) ont déjà renforcé leurs
équipes et sont montées en compétence, avec l?appui notamment de l?EPTB Saône Doubs.
5 Comité opérationnel de lutte contre la délinquance environnementale, inspiré du modèle martiniquais qui avait été
mis en place en 2019 sous la co-présidence du préfet et du procureur de la République.
PUBLIÉ
https://www.asca-net.com/utilite-sociale-de-projets-de-restauration-de-milieux-aquatiques-de-preservation-de-la-biodiversite-et-ou-de-protection-de-la-ressource-en-eau-accompagnement-dune-experimentation-sur-les-e/
https://www.asca-net.com/utilite-sociale-de-projets-de-restauration-de-milieux-aquatiques-de-preservation-de-la-biodiversite-et-ou-de-protection-de-la-ressource-en-eau-accompagnement-dune-experimentation-sur-les-e/
https://www.asca-net.com/utilite-sociale-de-projets-de-restauration-de-milieux-aquatiques-de-preservation-de-la-biodiversite-et-ou-de-protection-de-la-ressource-en-eau-accompagnement-dune-experimentation-sur-les-e/
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4.3 Appréciation de la mission sur la possibilité d?engager une
démarche de parc national
La mission a rencontré une certaine unanimité du territoire contre un projet de parc national. La
démarche descendante initiée en 2011-2012 avait créé d?abord un effet de surprise, puis un fort
rejet qui, par diffusion, avait également impacté les démarches Natura 2000 en cours. Il y a une
crainte réelle de voir les dynamiques positives en place être heurtées et entravées par un nouveau
projet de parc national, qui cristallise l?idée d?une mise sous cloche du territoire.
Si le site présente des milieux de grande valeur patrimoniale, le territoire présente la particularité
d?associer deux identités qui paraissent difficilement, même à moyen terme, unifiables, au-delà de
la géographie différenciée entre vallée alluviale (basse vallée du Doubs) et chapelet d?étangs
(Bresse).
Un projet de parc national apporterait une plus-value significative en termes de moyens financiers
et de personnel dans le territoire. Cependant, il aurait du mal à trouver sa place auprès de
structures en place et qui mènent pour certaines depuis plusieurs décennies des actions. A noter
que si la création de l?EPAGE Seille est récente, elle résulte d?un travail politique de plus de trois
ans pour faire émerger la structure. La mission considère qu?il est plus intéressant pour la
dynamique du territoire de conforter les opérateurs locaux. Quelques points d?amélioration
semblent possibles : renforcer les lieux d?échanges et de collégialité entre décideurs, qui
permettent de rechercher les complémentarités, et donner leur place aux associations de
l?environnement dans ces échanges.
Enfin, il a été noté, aux dires des acteurs eux-mêmes, que l?équilibre entre préservation de la
ressource et activités agricoles n?est pas encore atteint. Les mesures Natura 2000 ne sont pas
assez incitatives pour aider au changement de modèle de production. Outre les démarches sur la
gestion équilibrée de la ressource en eau, le renforcement de la protection forte associée à une
gestion adaptée sur davantage de milieux alluviaux, notamment sur le domaine public fluvial, peut-
être une mesure sans regret qui permettra de favoriser l?adaptation au dérèglement climatique.
Dans la continuité des efforts actuels, il est recommandé le développement d?une animation
collégiale autour de stratégies foncières établies dans les bonnes instances de concertation, à
élaborer et mener en relation directe avec les établissements professionnels dans ce domaine
(SAFER et EPF).
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Annexes
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Annexe 1 Cartes du territoire
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Annexe 2 - Liste des personnes rencontrées
Mission IGEDD : Flore LAFAYE DE MICHEAUX, Hervé PARMENTIER
EPAGE Seille ? 18/11/2022
? Sixtine GEFFROY, directrice
? Carole GERET, technicienne milieux aquatiques
? Benoît OUTREY, technicien de rivière
Syndicat mixte Doubs Loue ? 18/11/2022
? Denis CHAIZE, Directeur du Syndicat mixte Doubs Loue
EPTB Saône Doubs ? 18/11/2022
? Cédric BORGET, directeur
? Sophie HORENT, chargée de mission Natura 2000
CEN Franche-Comté ? 18/11/2022
? Manon GISBERT, responsable Réseaux et programmes
? Alice BUTIN, chargée de mission
CEN Bourgogne ? 18/11/2022
? Cécile BARBIER, chargée de mission
Préfecture du Jura ? 28/11/2022
? Serge CASTEL, préfet du Jura.
? Justin BABILOTTE SG préfecture du Jura
? Natacha VIEILLE, sous-préfète de Dole
? Nicolas FOURRIER, directeur DDT 39
? Jean-Christophe CHOLLEY, directeur adjoint DDT 39
Elus des EPCI ? 28/11/2022
? Etienne ROUGEAUX, président CCVA
? Jean-Pascal FICHERE, président Grand Dôle
? Christian LAGALICE, président Communauté de communes de la Plaine jurassienne
Députée de la 4ème circonscription de Saône-et-Loire ? 28/11/2022
? Cécile UNTERMAIER, députée
Fédération départementale des chasseurs ? 28/11/2022
? Christian LAGALICE, président de la fédération
? Stéphane LAMBERGER, directeur de la fédération
Associations de l?environnement ? 28/11/2022
? Patrick JANIN, administrateur de l?association ornithologique et mammalogique de Saône
et Loire.
? Joseph ABEL, directeur de la LPO BFC
? Alexis REVILLON, chargé de mission LPO BFC
Bureau du Syndicat mixte Doubs Loue ? 28/11/2022
? Etienne CORDIER, président du SMDL, VP Communauté de communes Plaine
Jurassienne, maire de Petit Noir
? Olivier MEUGIN, VP SMDL, VP à l'environnement au Grand Dole, maire de Champdivers,
Grand Dole
? Yves DECOTES, VP SMDL, maire d'Aumont, Communauté de communes d?Arbois Poligny
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Salins
? Christian VUILLET, VP SMDL, maire de Sampans, Communauté de communes du Val
d?Amour
? Emmanuel BARBERET, VP SMDL, Adjoint Evans, Communauté de communes du Jura
Nord
? Lydie PALMER, Cheffe du service Environnement, Communauté d?agglomération du Grand
Dole
? Denis CHAIZE, Directeur du Syndicat mixte Doubs Loue
Chambre d?agriculture ? 29/11/2022
? Estelle WERPILLOD, directrice de la chambre d?agriculture du Jura
Direction départementale des Territoires du Jura ? 29/11/2022
? Nicolas FOURRIER, directeur
? Jean-Christophe CHOLLEY, directeur adjoint
? Delphine BONTHOUX, cheffe de service Environnement et Risques
? Bureau du SIG
Fédération départementale de la pêche ? 07/03/2023
? Mehdi EL BATTAH ? Ingénieur, responsable du pôle technique
En visioconférence, préalablement à la visite de site (23/06/2022, 19/07/2022, 29/07/2022)
? Jean-Pierre LESTOILLE, directeur DREAL BFC
? Olivier PETITGUYOT, directeur adjoint DREAL BFC
? François ROLLIN, directeur de la délégation territoriale Saône Doubs à l?Agence de l?Eau
Rhône Méditerranée Corse
? Anne-Laure BORDERELLE, Directrice régionale adjointe OFB BFC
? Cyril MENIER, chef de l?unité territoriale Nord-Ouest, OFB BFC
? Emmanuel WILQUIN, chargé de contrôles Police de l?eau, OFB BFC
PUBLIÉ
PUBLIÉ
Site internet de l?IGEDD :
« Les rapports de l?inspection »
PUBLIÉ
https://www.igedd.developpement-durable.gouv.fr/spip.php?page=liste-actualites&lang=fr&id_mot=1187&debut_rub_actus=0
https://www.igedd.developpement-durable.gouv.fr/spip.php?page=liste-actualites&lang=fr&id_mot=1187&debut_rub_actus=0
Sommaire
1 Introduction
2 Fiche de présentation du territoire
3 Enseignements de la visite
3.1 Eléments de contexte
3.2 Principaux messages des personnes auditionnées
3.3 Analyse AFOM relative aux enjeux de protection et valorisation du site
3.4 Synthèse des enjeux
4 Leviers d?actions et outils pour renforcer la protection et la valorisation
4.1 Actions prioritaires liées au site
4.2 Enseignements utiles pour la mise en oeuvre nationale de la protection des milieux humides
4.3 Appréciation de la mission sur la possibilité d?engager une démarche de parc national
Annexes
Annexe 1 Cartes du territoire
Annexe 2 - Liste des personnes rencontrées